ХАРАКТЕРИСТИКИ СВЯЗЫВАНИЯ МЕЖГЕННЫХ, ИНТРОННЫХ И ЭКЗОННЫХ miRNA С mRNA ГЕНОВ УЧАСТВУЮЩИХ В ОНКОГЕНЕЗЕ
76 27
Кілттік сөздер:
miRNA, онкогенез, mRNA,Аннотация
Исследовано взаимодействие 784 межгенных miRNA, 686 интронных miRNA и 49 экзонных miRNA с mRNA 54 генов участвующих в онкогенезе. Выявлены особенности взаимодействия miRNA с 5'UTR, CDS и 3'UTR mRNA каждого гена. Установлена повышенная способность miRNA связываться с 5'UTR по сравнению с CDS и 3'UTR участками mRNA. mRNA изученных генов значительно отличаются по плотности расположения сайтов взаимодействия и числу связываемых miRNA. Основной вклад в энергию взаимодействия miRNA с mRNA вносят нуклеотиды центрального участка, либо 5'- и 3'-участков miRNA. Полученные данные демонстрируют возможность регуляции с помощью miRNA экспрессии генов участвующих в онкогенезе. 784 генаралық, 686 интронды miRNA мен 49 экзонды miRNA-ның 54 онкогенезде қатысатын генмен байланысуы зерттелді. miRNA-ның əрбір геннің mRNA-ның 5'UTR, CDS жəне 3'UTR-мен байланысу ерекшеліктері анықталды. miRNA-лар mRNA-ның 5'UTR-мен, CDS пен 3'UTR салыстырғанда байланысу қабілеті жоғарырақ екені көрсетілді. Зерттелген гендердің mRNA сайттардың орналасу тығыздығы мен байланысатын miRNA саны бойынша бір-бірінен өзгешеленеді. miRNA мен mRNA байланысындағы энергиясын құрауда miRNA-ның орталық бөлігі немесе 5'- мен 3'-бөлігі негізгі үлес алуы мүмкін. Алынған нəтижелер онкогенезге қатысатын гендердің экспрессиясының miRNA-мен реттелу мүмкіндіктерін көрсетеді.Библиографиялық сілтемелер
1. Liu J., Jennings S.F., Tong W., Hong H. Next generation sequencing for profiling expression of miRNAs: technical progress and applications in drug development. J. Biomedical Science and Engineering, 2011, Vol.4, P.666-676.
2. Grimson A., Fahr K.K., Johnston W.K., Garrett-Engele P., Lim L.P., Bartel D.P. MicroRNA targeting specificity in mammals: determinants beyond seed pairing. Mol. Cell., 2007. Vol.27. P. 91-105
3. Lee I., Ajay S., Yook J. et al. New class of microRNA targets containing simultaneous 5′-UTR and 3′-UTR interaction sites. Genome Research, 2009, Vol.19, P.1175-1183.
4. Tay Y., Zhang J., Thompson A., Lim B. et al. MicroRNAs to Nanog, Oct4 and Sox2 coding regions modulate embryonic stem cell differentiation. Nature, 2008, Vol.455, P.1124-1128.
5. Tsai N.-P. et al., MicroRNA mir-346 targets the 5'UTR of RIP140 mRNA and up-regulates its protein expression. Biochem J., 2009, Vol.424, P.411-418.
6. Shirdel E.A., Xie W., Mak T.W., Jurisica I. NAViGaTing the micronome–using multiple microRNA prediction databases to identify signaling pathway-associated microRNAs. PLoS ONE, 2011, Vol.6 (2): e17429.
doi:10.1371/journal.pone.0017429.
7. Lewis B.P., Burge C.B., Bartel1 D.P. Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets. Cell, 2005, Vol.120, Р.15–20.
8. Kowarsch A., Marr C., Schmidl D., Ruepp A., Theis F.J. Tissue-specific target analysis of disease-associated microRNAs in human signaling pathways. PLoS ONE, 2010, Vol.5(6): e11154. doi: 10.1371/ journal. pone. 0011154.
9. Patel N., Sauter E.R. Body fluid micro(mi)RNAs as biomarkers for human cancer. J.Nucl.Acids Investigation, 2011, Vol.2, e1.
10. Sakamaki J., Daitoku H., Ueno K., Yamagata K., Fukamizu A. Arginine methylation of BCL-2 antagonist of cell death (BAD) counteracts its phosphorylation and inactivation by Akt. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2011, Vol.108(15), P.6085-6090.
2. Grimson A., Fahr K.K., Johnston W.K., Garrett-Engele P., Lim L.P., Bartel D.P. MicroRNA targeting specificity in mammals: determinants beyond seed pairing. Mol. Cell., 2007. Vol.27. P. 91-105
3. Lee I., Ajay S., Yook J. et al. New class of microRNA targets containing simultaneous 5′-UTR and 3′-UTR interaction sites. Genome Research, 2009, Vol.19, P.1175-1183.
4. Tay Y., Zhang J., Thompson A., Lim B. et al. MicroRNAs to Nanog, Oct4 and Sox2 coding regions modulate embryonic stem cell differentiation. Nature, 2008, Vol.455, P.1124-1128.
5. Tsai N.-P. et al., MicroRNA mir-346 targets the 5'UTR of RIP140 mRNA and up-regulates its protein expression. Biochem J., 2009, Vol.424, P.411-418.
6. Shirdel E.A., Xie W., Mak T.W., Jurisica I. NAViGaTing the micronome–using multiple microRNA prediction databases to identify signaling pathway-associated microRNAs. PLoS ONE, 2011, Vol.6 (2): e17429.
doi:10.1371/journal.pone.0017429.
7. Lewis B.P., Burge C.B., Bartel1 D.P. Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets. Cell, 2005, Vol.120, Р.15–20.
8. Kowarsch A., Marr C., Schmidl D., Ruepp A., Theis F.J. Tissue-specific target analysis of disease-associated microRNAs in human signaling pathways. PLoS ONE, 2010, Vol.5(6): e11154. doi: 10.1371/ journal. pone. 0011154.
9. Patel N., Sauter E.R. Body fluid micro(mi)RNAs as biomarkers for human cancer. J.Nucl.Acids Investigation, 2011, Vol.2, e1.
10. Sakamaki J., Daitoku H., Ueno K., Yamagata K., Fukamizu A. Arginine methylation of BCL-2 antagonist of cell death (BAD) counteracts its phosphorylation and inactivation by Akt. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2011, Vol.108(15), P.6085-6090.
Жүктелулер
Как цитировать
Исабекова, А. С., Берилло, О. А., Хайленко, В. А., & Иващенко, А. Т. (2015). ХАРАКТЕРИСТИКИ СВЯЗЫВАНИЯ МЕЖГЕННЫХ, ИНТРОННЫХ И ЭКЗОННЫХ miRNA С mRNA ГЕНОВ УЧАСТВУЮЩИХ В ОНКОГЕНЕЗЕ. ҚазҰУ Хабаршысы. Биология сериясы, 53(1), 18–23. вилучено із https://bb.kaznu.kz/index.php/biology/article/view/236
Шығарылым
Бөлім
БИОТЕХНОЛОГИЯ, БИОХИМИЯ И ФИЗИОЛОГИЯ РАСТЕНИЙ
