ХАРАКТЕРИСТИКИ СВЯЗЫВАНИЯ МЕЖГЕННЫХ, ИНТРОННЫХ И ЭКЗОННЫХ miRNA С mRNA ГЕНОВ, КОДИРУЮЩИХ ИНТРОННЫЕ miRNA
73 31
Ключевые слова:
miRNA, ген,Аннотация
Изучены сайты связывания 784 межгенных miRNA, 686 интронных miRNA и 49 экзонных miRNA с mRNA 52 генов, кодирующих интронные miRNA. Выявлены особенности связывания miRNA с 5'UTR, CDS и 3'UTR mRNA каждого гена. Установлено повышенное сродство miRNA к 5'UTR mRNA по сравнению с CDS и 3'UTR участками. mRNA 52 генов значительно отличаются по плотности расположения сайтов взаимодействия и числу связываемых miRNA. Выявлены различные типы взаимодействия miRNA с mRNA, отличающиеся по вкладу в энергию взаимодействия 5'- и 3'-участков miRNA. Интронные miRNA не связываются с mRNA генов, кодирующих эти интронные miRNA. Полученные данные способствуют пониманию механизма взаимодействия miRNA с mRNA. 784 генаралық miRNA, 686 интронды miRNA мен 49 экзонды miRNA байланысу сайттары 52 интронды miRNA кодтайтын гендерде зерттелді. miRNA-ның əрбір геннің mRNA-ның 5'UTR, CDS мен 3'UTR-мен байланысу ерекшеліктері анықталды. miRNA-лар mRNA-ның 5'UTR-не CDS пен 3'UTR салыстырғанда туыстығы жоғары. 52 геннің mRNA байланысу сайттарының орналасу тығыздығы жəне байланысатын miRNA саны бойынша ерекшеленеді. miRNA-ның 5'- пен 3'- соңының байланысу энергиясына қосқан үлесі бойынша miRNA мен mRNA бірнеше байланысу түрлері анықталған. Интронды miRNA өздерін кодтайтын гендердің mRNA реттемейді. Алынған нəтижелер miRNA мен mRNA байланысу механизмін түсінуге көмектеседі.Библиографические ссылки
1. Liu J., Jennings S.F., Tong W., Hong H. Next generation sequencing for profiling expression of miRNAs: technical progress and applications in drug development // J. Biomedical Science and Engineering. – 2011. – Vol. 4. – P. 666-676.
2. Grimson A., Fahr K.K., Johnston W.K., Garrett-Engele P., Lim L.P., Bartel D.P. MicroRNA targeting specificity in mammals: determinants beyond seed pairing. // Mol. Cell. – 2007. – Vol. 27. – P. 91-105.
3. Lee I., Ajay S., Yook J. et al. New class of microRNA targets containing simultaneous 5′-UTR and 3′-UTR interaction sites. // Genome Research. – 2009. – Vol. 19. – P. 1175-1183.
4. Tay Y., Zhang J., Thompson A., Lim B. et al. MicroRNAs to Nanog, Oct4 and Sox2 coding regions modulate embryonic stem cell differentiation. // Nature. – 2008. – Vol. 455. – P. 1124-1128.
5. Tsai N.-P. et al., MicroRNA mir-346 targets the 5'UTR of RIP140 mRNA and up-regulates its protein expression. // Biochem J. – 2009. – Vol. 424. – P. 411-418.
6. Shirdel E.A., Xie W., Mak T.W., Jurisica I. NAViGaTing the micronome-using multiple microRNA prediction databases to identify signaling pathway-associated microRNAs. // PLoS ONE. – 2011. – Vol. 6 (2). – e17429. doi:10.1371/journal.pone.0017429.
7. Lewis B.P., Burge C.B., Bartel1 D.P. Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets // Cell. – 2005. – Vol. 120. – Р. 15-20.
8. Kowarsch A., Marr C., Schmidl D., Ruepp A., Theis F.J. Tissue-specific target analysis of disease-associated microRNAs in human signaling pathways. // PLoS ONE. – 2010. – Vol. 5 (6). – e11154. doi:10.1371/journal.pone.0011154.
9. Patel N., Sauter E.R. Body fluid micro(mi)RNAs as biomarkers for human cancer. // J. Nucl. Acids Investigation. – 2011. –Vol. 2. – e1.
10. Qiu W., Wu B., Wang X., Buchanan M.E., Regueiro M.D. et al., PUMA-mediated intestinal epithelial apoptosis contributes to ulcerative colitis in humans and mice. // J. Clin. Invest. – 2011. – Vol. 121. – Р. 1722-1732.
2. Grimson A., Fahr K.K., Johnston W.K., Garrett-Engele P., Lim L.P., Bartel D.P. MicroRNA targeting specificity in mammals: determinants beyond seed pairing. // Mol. Cell. – 2007. – Vol. 27. – P. 91-105.
3. Lee I., Ajay S., Yook J. et al. New class of microRNA targets containing simultaneous 5′-UTR and 3′-UTR interaction sites. // Genome Research. – 2009. – Vol. 19. – P. 1175-1183.
4. Tay Y., Zhang J., Thompson A., Lim B. et al. MicroRNAs to Nanog, Oct4 and Sox2 coding regions modulate embryonic stem cell differentiation. // Nature. – 2008. – Vol. 455. – P. 1124-1128.
5. Tsai N.-P. et al., MicroRNA mir-346 targets the 5'UTR of RIP140 mRNA and up-regulates its protein expression. // Biochem J. – 2009. – Vol. 424. – P. 411-418.
6. Shirdel E.A., Xie W., Mak T.W., Jurisica I. NAViGaTing the micronome-using multiple microRNA prediction databases to identify signaling pathway-associated microRNAs. // PLoS ONE. – 2011. – Vol. 6 (2). – e17429. doi:10.1371/journal.pone.0017429.
7. Lewis B.P., Burge C.B., Bartel1 D.P. Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets // Cell. – 2005. – Vol. 120. – Р. 15-20.
8. Kowarsch A., Marr C., Schmidl D., Ruepp A., Theis F.J. Tissue-specific target analysis of disease-associated microRNAs in human signaling pathways. // PLoS ONE. – 2010. – Vol. 5 (6). – e11154. doi:10.1371/journal.pone.0011154.
9. Patel N., Sauter E.R. Body fluid micro(mi)RNAs as biomarkers for human cancer. // J. Nucl. Acids Investigation. – 2011. –Vol. 2. – e1.
10. Qiu W., Wu B., Wang X., Buchanan M.E., Regueiro M.D. et al., PUMA-mediated intestinal epithelial apoptosis contributes to ulcerative colitis in humans and mice. // J. Clin. Invest. – 2011. – Vol. 121. – Р. 1722-1732.
Загрузки
Как цитировать
Берилло, О. А., Исабекова, А. С., Хайленко, В. А., & Иващенко, А. Т. (2017). ХАРАКТЕРИСТИКИ СВЯЗЫВАНИЯ МЕЖГЕННЫХ, ИНТРОННЫХ И ЭКЗОННЫХ miRNA С mRNA ГЕНОВ, КОДИРУЮЩИХ ИНТРОННЫЕ miRNA. Вестник КазНУ. Серия биологическая, 56(4), 292–300. извлечено от https://bb.kaznu.kz/index.php/biology/article/view/733
Выпуск
Раздел
Физико-химическая биология
