SARS-COV-2 АШЫҚ ОҚУ ШЕҢБЕРЛЕРІН КЛОНДАУ, ОЛАРДЫҢ ESСHERICHIA COLI ЖАСУШАЛАРЫНДА ЭКСПРЕССИЯСЫ ЖӘНЕ РЕКОМБИНАНТТЫ SARS-S-6HIS, SARS-S1-6HIS, SARS-N-6HIS, SARS-M-6HIS ЖӘНЕ SARS-E SARS-E-6HIS АҚУЫЗДАРЫН БӨЛІУ
DOI:
https://doi.org/10.26577/eb.2023.v94.i1.08Кілттік сөздер:
COVID-19, SARS-CoV-2, клондау, рекомбинатты ақуыз.Аннотация
Жаңа SARS-CoV-2 коронавирусы атипикалық пневмония COVID-19 пандемиясын тудырды және бүкіл әлемде денсаулық сақтау мен әлеуметтік-экономикалық саладағы дағдарысқа әкелді. Эпидемияға қарсы тиімді күресу, оның халық арасында таралуын болдырмау үшін қоздырғышты анықтаудың тиімді диагностикалық жүйесі қажет. COVID-19 диагностикасында ELISA көмегімен SARS-CoV-2 антигендері мен антиденелерін анықтау үлкен маңызға ие болғандықтан, біз SARS-CoV-2 вирусының негізгі құрылымдық ақуыздарының рекомбинантты ақуыздарын синтездедік. Ол үшін біз вирустың төрт құрылымдық ақуызының ашық оқу шеңберлерін pET23c экспрессиялық векторына клондадық, атап айтқанда, беттік гликопротеин (S), кішкене мембраналық ақуыз (M), конвертті ақуыз (E) және нуклеокапсидті ақуыз (N). Біз S-6His, M-6His, E-6His және N-6His рекомбинантты ақуыздарын экспрессиялайтын Escherichia coli BL21 (DE3) штамдарын алдық. Рекомбинантты ақуыздарды жасуша суспензиясынан тазарту процедурасы оңтайландырылды. Диализ арқылы тазартылып, концентрацияланған N-6His ақуызы жеткілікті мөлшерде алынды. Алынған N ақуыздың таза препаратын (қажетті ақуыздың мөлшері 80% құрайды), оның антигендік белсенділігін зерттеу үшін жалғасты зерттеулерге қолдануға болады.
Библиографиялық сілтемелер
“COVID-19: Laboratory and diagnosis. Antigen-detection in the diagnosis of SARS-CoV-2 infection using rapid immu- noassays. Interim guidance”. World Health Organization. Retrieved 11 September 2020. https://www.who.int/publications/i/item/ antigen-detection-in-the-diagnosis-of-sars-cov-2infection-using-rapid-immunoassays
“Weekly epidemiological update on COVID-19 – 27 July 2021”. World Health Organization. Retrieved 28 July 2021. https:// www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update-on-covid-19 27-july-2021.
“WHO Director-General’s opening remarks at the media briefing on COVID-19 – 11 March 2020”. World Health Organization. 11 March 2020. Retrieved 12 March 2020.
Akin A., Lin T.L., Wu C.C., Bryan T.A., Hooper T., Schrader D. (2001) Nucleocapsid protein gene sequence analysis re- veals close genomic relationship between Turkey coronavirus and avian infectious bronchitis virus. Acta. Virol., vol. 45, pp. 31–38.
Alsharif W., Qurashi A. (2021) Effectiveness of COVID-19 diagnosis and management tools: A review. Radiography (Lond), vol. 27, no 2. pp. 682-687.
Bai Z., Cao Y., Liu W., Li J. (2021) The SARS-CoV-2 Nucleocapsid Protein and Its Role in Viral Structure, Biological Functions, and a Potential Target for Drug or Vaccine Mitigation. Viruses, vol. 13, no 6, pp. 1115.
Baro B., Rodo P., Ouchi D., Bordoy A.E., Saya Amaro E.N., Salsench S.V., et al. (2021) Performance characteristics of five antigen-detecting rapid diagnostic test (Ag-RDT) for SARS-CoV-2 asymptomatic infection: a head-to-head benchmark comparison. J Infect., vol. 82, no 6, pp. 269-275.
Casal J.I., Rodriguez M.J., Sarraseca J., Garcia J., Plana-Duran J., Sanz A. (1998) Identification of a common antigenic site in the nucleocapsid protein of European and North American isolates of porcine reproductive and respiratory syndrome virus. Adv. Exp. Med. Biol., vol. 440, pp. 469–477.
Collisson E.W., Pei J., Dzielawa J., Seo S.H. (2000) Cytotoxic T lymphocytes are critical in the control of infectious bron- chitis virus in poultry. Dev. Comput. Immunol., vol. 24, pp. 187–200.
Dutta N.K., Mazumdar K., Gordy J.T. (2020) The Nucleocapsid Protein of SARS-CoV-2: a Target for Vaccine Develop- ment. J. Virol., vol. 94, no 13, e00647-20.
Fehr A.R., Perlman S. Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis. Coronaviruses. New York: Spring- er, 2015. pp. 1–23.
Hiscox J.A., Caavanagh D., Britton P. (1995) Quantification of individual subgene- mic mRNA species during replication of the coronavirus transmissible gastroenteritis. Virus. Res., vol. 36, pp. 119–130.
Keck J.G., Hogue B.G., Brian D.A., Lai M.M.C. (1988) Temporal regulation of bovine coronavirus RNA synthesis. Virus. Res., vol. 9, pp. 343–356.
La Marca A., Capuzzo M., Paglia T., Roli L., Trenti T., Nelson S.M. (2020) Testing for SARS-CoV-2 (COVID-19): a sys- tematic review and clinical guide to molecular and serological in-vitro diagnostic assays. Reprod. Biomed. Online., vol. 41, no 3, pp. 483-499.
Laemmli U.K. (1970) Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature, vol. 227, pp. 680-685.
Liao Y., Lescar J., Tam J.P., Liu D.X. (2004) Expression of SARS-coronavirus envelope protein in Escherichia coli cells alters membrane permeability. Biochem. Biophys. Res. Commun., vol. 325, no 1, pp. 374-380.
Oliveira S.C., de Magalhães M.T.Q., Homan E.J. (2020) Immunoinformatic Analysis of SARS-CoV-2 Nucleocapsid Protein and Identification of COVID-19 Vaccine Targets. Front. Immunol., vol. 11, pp. 587615.
Pal M., Berhanu G., Desalegn C., Kandi V. (2020) Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2): An Update. Cureus, vol. 12, no 3, e7423.
Peña M., Ampuero M., Garcés C., Gaggero A., García P., Velasquez M.S., et al. (2021) Performance of SARS-CoV-2 rapid antigen test compared with real-time RT-PCR in asymptomatic individuals. Int J Infect Dis., vol. 107, pp. 201-204.
Sambrook J., Russel D.W. Molecular cloning: A laboratory manual: 3 volumes. – Third edition. New-York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001. 2100 pp.
Schoeman D., Fielding B.C. (2019) Coronavirus envelope protein: current knowledge. Virol. J., vol. 16, pp.69.
Tsoi H., Li L., Chen Z.S., Lau K-F., Tsui S.K.W., Chan H.Y.E. (2014) The SARS-coronavirus membrane protein induces apoptosis via interfering with PDK1-PKB/Akt signalling. Biochem. J., vol. 464, pp. 439–447.
ul Qamar M.T., Alqahtani S.M., Alamri M.A., Chen L-L. (2020) Structural basis of SARS-CoV-2 3CLpro and anti-COV- ID-19 drug discovery from medicinal plants. J. Pharm. Anal., vol. 10, no 4, pp. 313-319.
Wage H., Schliephake A., Korner H., Flory E., Wage H. (1993) An immunodomi- nant CD4+ T cells site on the nucleocap- sid protein of murine coronavirus contributes to protection against encephalomyelitis. J. Gen. Virol., vol. 74, pp. 1287–1294.
Yoshimoto F.K. (2020) The Proteins of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS CoV-2 or n-COV19), the Cause of COVID-19. Protein J., vol. 39, pp. 198–216.
