Features of the binding sites of the miR-1273 family miRNAs with the mRNA of human genes

Abstract

Проведен поиск сайтов связывания 2036 miRNA в mRNA 12175 генов человека, используя программу MirTarget. miR-1273а, miR-1273c, miR-1273d, miR-1273e, miR-1273f, miR-1273g-3p, miR-1273g-5p, miR-1273h-3p и miR-1273h-5p имеют от 33 до 1074 генов-мишеней при свободной энергии гибридизации с мРНК равной 90% и более. Уникальные miRNA (miR-1273e, miR-1273f, miR-1273g-3p) имеют более 400 генов-мишеней.Установлены 100-нуклеотидные участки mRNA, содержащие несколько сайтов связывания с miRNA семейства miR-1273. Выявлена высокая консервативность упорядоченно расположенных сайтов связывания в 5'UTR,CDS и 3'UTR многих mRNA. В 3'UTR mRNA некоторых генов-мишеней выявлено до пяти повторяющихся участков с несколькими сайтами связывания с miRNA семейства miR-1273. Олигонуклеотиды сайтов связывания miRNA семейства miR-1273, расположенные в CDS, кодируют гомологичные олигопептиды в белках генов-мишеней. MirTarget бағдарламасын қолданып, 12175 адам гендерінің mRNA-да 2037 miRNA-дың байланысу сайттарын іздестіру жүргізілген. МiR-1273а, miR-1273c, miR-1273d, miR-1273e, miR-1273f, miR-1273g-3p, miR- 1273g-5p, miR-1273h-3p жəне miR-1273h-5p 33-тен 1074-ке дейін нысана гендері бар, олардың мРНК-мен байланысу энергиясы 90%-дан жоғары. Уникалды miRNA-дың (miR-1273e, miR-1273f, miR-1273g-3p) 400 нысана гендері бар. МiRNA-мен байланысатын бірнеше сайттары бар мRNA-ның 100 нуклеотидтік учаскілері табылған. Көп mRNA-дың 5'UTR, CDS жəне 3'UTR-де орналасқан сайттардың жоғары консервативтілігі анықталған. Кейбір нысана гендердің mRNA-ның 3'UTR-де miR-1273 жиынтығы miRNA-мен байланысатын беске дейін учаскілері бар. СDS орналасқан МiR-1273 жиынтығының байланысу сайттарының олигонуклеотидтері нысана гендердің ақуыздарында гомологиялық олигопептидтерді кодтайды.