Особенности сайтов связывания miRNA семейства miR-1273 с mRNA генов человека. miR-1273 жиынтығының адам гендерінің mRNA-мен байланысу сайттарының ерекшеліктері
Ключевые слова:
mRNA, miR-1273, miRNA, сайты связывания.miRNA, байланысу сайттар, нысана гендерАннотация
Проведен поиск сайтов связывания 2036 miRNA в mRNA 12175 генов человека, используя программу MirTarget. miR-1273а, miR-1273c, miR-1273d, miR-1273e, miR-1273f, miR-1273g-3p, miR-1273g-5p, miR-1273h-3p и miR-1273h-5p имеют от 33 до 1074 генов-мишеней при свободной энергии гибридизации с мРНК равной 90% и более. Уникальные miRNA (miR-1273e, miR-1273f, miR-1273g-3p) имеют более 400 генов-мишеней.Установлены 100-нуклеотидные участки mRNA, содержащие несколько сайтов связывания с miRNA семейства miR-1273. Выявлена высокая консервативность упорядоченно расположенных сайтов связывания в 5'UTR,CDS и 3'UTR многих mRNA. В 3'UTR mRNA некоторых генов-мишеней выявлено до пяти повторяющихся участков с несколькими сайтами связывания с miRNA семейства miR-1273. Олигонуклеотиды сайтов связывания miRNA семейства miR-1273, расположенные в CDS, кодируют гомологичные олигопептиды в белках генов-мишеней. MirTarget бағдарламасын қолданып, 12175 адам гендерінің mRNA-да 2037 miRNA-дың байланысу сайттарын іздестіру жүргізілген. МiR-1273а, miR-1273c, miR-1273d, miR-1273e, miR-1273f, miR-1273g-3p, miR- 1273g-5p, miR-1273h-3p жəне miR-1273h-5p 33-тен 1074-ке дейін нысана гендері бар, олардың мРНК-мен байланысу энергиясы 90%-дан жоғары. Уникалды miRNA-дың (miR-1273e, miR-1273f, miR-1273g-3p) 400 нысана гендері бар. МiRNA-мен байланысатын бірнеше сайттары бар мRNA-ның 100 нуклеотидтік учаскілері табылған. Көп mRNA-дың 5'UTR, CDS жəне 3'UTR-де орналасқан сайттардың жоғары консервативтілігі анықталған. Кейбір нысана гендердің mRNA-ның 3'UTR-де miR-1273 жиынтығы miRNA-мен байланысатын беске дейін учаскілері бар. СDS орналасқан МiR-1273 жиынтығының байланысу сайттарының олигонуклеотидтері нысана гендердің ақуыздарында гомологиялық олигопептидтерді кодтайды.Библиографические ссылки
1. Lagos-Quintana M., Rauhut R., Lendeckel W., Tuschl T. Identification of novel genes coding for small expressed
RNAs // Science. 2001. - Vol. 294. - No. 5543. - P.853-858.
2. Chen P.Y., Meister G. microRNA-guided posttranscriptional gene regulation // Biol Chem. - 2005. - Vol. 386. - No.
12. - P.1205-1218.
3. Mendell J.T. MicroRNAs: critical regulators of development, cellular physiology and malignancy // Cell Cycle. -2005. - Vol. 4. - No. 9. - P.1179-84.
4. Sun Y., Wang M., Lin G., Sun S., Li X., Qi J., Li J. Serum microRNA-155 as a potential biomarker to track disease
in breast cancer // PLoS One. 2012. - Vol. 7. - No. 10. - P. e47003.
5.Subramaniam S., Thakur R.K., Yadav V.K., Nanda R., Chowdhury S., Agrawal A. Lung cancer biomarkers: State
of the art // J Carcinog. 2013. - Vol. 28. - P. 12-13.
6. Yang I.P., Tsai H.L., Huang C.W., Huang M.Y., Hou M.F., Juo S.H., Wang J.Y. The functional significance of
microRNA-29c in patients with colorectal cancer: a potential circulating biomarker for predicting early relapse // PLoS
One. 2013. - Vol. 8. - No. 6. - P. e66842.
7. Rotkrua P., Shimada S., Mogushi K., Akiyama Y., Tanaka H., Yuasa Y. Circulating microRNAs as biomarkers for
early detection of diffuse-type gastric cancer using a mouse model // Br J Cancer. 2013. - Vol. 108. - No. 4. - P. 932-
940.
8. Takeshita N., Hoshino I., Mori M., Akutsu Y., Hanari N., Yoneyama Y. et al. Serum microRNA expression profile:
miR-1246 as a novel diagnostic and prognostic biomarker for oesophageal squamous cell carcinoma // Br J Cancer.
2013. - Vol. 108. - No. 3. - P. 644-652.
9. Berillo O. A., Baidildinova G.K., Ivashchenko А.Т. MiRNAs as Regulators of Tumour Suppressor Expression //
WASET. - 2013. - Vol. 73. - P. 82-86
10. Kang J., Lee S.Y., Lee S.Y., Kim Y.J., Park J.Y., Kwon S.J. Et al. microRNA-99b acts as a tumor suppressor in
non-small cell lung cancer by directly targeting fibroblast growth factor receptor 3 // Exp. Ther. Med. - 2012. - Vol. 3. -
No. 1. - P. 149-153.
11. Kool E.T. Hydrogen bonding, base stacking, and steric effects in DNA replication // Annu. Rev. Biophys. Biomol.
Struct. 2001. - Vol. 30. - P. 1-22.
12. Leontis N.B., Stombaugh J., Westhof E. The non-Watson-Crick base pairs and their associated isostericity matrices
// Nucleic Acids Res. 2002. - Vol. 30. - No. 16. - P. 3497-3531.
RNAs // Science. 2001. - Vol. 294. - No. 5543. - P.853-858.
2. Chen P.Y., Meister G. microRNA-guided posttranscriptional gene regulation // Biol Chem. - 2005. - Vol. 386. - No.
12. - P.1205-1218.
3. Mendell J.T. MicroRNAs: critical regulators of development, cellular physiology and malignancy // Cell Cycle. -2005. - Vol. 4. - No. 9. - P.1179-84.
4. Sun Y., Wang M., Lin G., Sun S., Li X., Qi J., Li J. Serum microRNA-155 as a potential biomarker to track disease
in breast cancer // PLoS One. 2012. - Vol. 7. - No. 10. - P. e47003.
5.Subramaniam S., Thakur R.K., Yadav V.K., Nanda R., Chowdhury S., Agrawal A. Lung cancer biomarkers: State
of the art // J Carcinog. 2013. - Vol. 28. - P. 12-13.
6. Yang I.P., Tsai H.L., Huang C.W., Huang M.Y., Hou M.F., Juo S.H., Wang J.Y. The functional significance of
microRNA-29c in patients with colorectal cancer: a potential circulating biomarker for predicting early relapse // PLoS
One. 2013. - Vol. 8. - No. 6. - P. e66842.
7. Rotkrua P., Shimada S., Mogushi K., Akiyama Y., Tanaka H., Yuasa Y. Circulating microRNAs as biomarkers for
early detection of diffuse-type gastric cancer using a mouse model // Br J Cancer. 2013. - Vol. 108. - No. 4. - P. 932-
940.
8. Takeshita N., Hoshino I., Mori M., Akutsu Y., Hanari N., Yoneyama Y. et al. Serum microRNA expression profile:
miR-1246 as a novel diagnostic and prognostic biomarker for oesophageal squamous cell carcinoma // Br J Cancer.
2013. - Vol. 108. - No. 3. - P. 644-652.
9. Berillo O. A., Baidildinova G.K., Ivashchenko А.Т. MiRNAs as Regulators of Tumour Suppressor Expression //
WASET. - 2013. - Vol. 73. - P. 82-86
10. Kang J., Lee S.Y., Lee S.Y., Kim Y.J., Park J.Y., Kwon S.J. Et al. microRNA-99b acts as a tumor suppressor in
non-small cell lung cancer by directly targeting fibroblast growth factor receptor 3 // Exp. Ther. Med. - 2012. - Vol. 3. -
No. 1. - P. 149-153.
11. Kool E.T. Hydrogen bonding, base stacking, and steric effects in DNA replication // Annu. Rev. Biophys. Biomol.
Struct. 2001. - Vol. 30. - P. 1-22.
12. Leontis N.B., Stombaugh J., Westhof E. The non-Watson-Crick base pairs and their associated isostericity matrices
// Nucleic Acids Res. 2002. - Vol. 30. - No. 16. - P. 3497-3531.
Загрузки
Выпуск
Раздел
Физико-химическая биология и нанотехнологии
