Особенности сайтов связывания miR-3960, miR-3620-5p и miR-8072-5p с mRNA генов человека. miR-3960, miR-3620-5p жəне miR-8072-5p-ның адам гендерінің mRNA-мен байланысу сайттарының ерекшеліктері
Ключевые слова:
miRNA, mRNA, нуклеотиды, сайты связывания, гены-мишени. miRNA, нуклеотидтер, байланысу сайттар, нысана гендерАннотация
Проведен поиск сайтов связывания 2037 miRNA в mRNA 12175 генов человека. Выявлена miR-3960,имеющая более тысячи сайтов связывания с высоким сродством к mRNA 333 генов. 565 сайтов связывания расположены в 5'UTR и 515 – в CDS. Нуклеотидные последовательности, выявленных в CDS участков, начала которых расположены через 1-3 нуклеотида, кодируют полиаланин или полипролин. miR-8072 имеет более 80 сайтов связывания в 5'UTR и CDS, которые состоят из высоко гомологичных нуклеотидных последовательностей. Сайты связывания с miR-3620 расположены преимущественно в 5'UTR и CDS. В mRNA многих генов начало нескольких сайтов связывания последовательно расположены через 5 нуклеотидов.Большинство генов-мишеней изученных miRNA кодируют транскрипционные факторы. Обсуждается биологическая роль miRNA. 12175 адам гендерінің mRNA-да 2037 miRNA-дың байланысу сайттарына іздестіру жүргізілді. 333 гендердің mRNA-мен байланысу қабілеті жоғары, мыңнан көп сайттары бар, miR-3960 табылған. 565 байланысу сайттар 5'UTR жəне 515 CDS-те орналасқан. Полиаланин мен полипролинді кодтайтын, басталу нүктелері 1-3 нуклеотидтен кейін орналасқан нуклеотидтік тізбектер CDS-та анықталған. miR-8072-ның 80 астам байланысу сайттары 5'UTR мен CDS анықталған, олар жоғары гомологиялық нуклеотидтік тізбектерден тұрады. miR-3620ның байланысу сайттары негізінен 5'UTR мен CDS, жəне көп гендердің mRNA-да кейбір байланысу сайттардың басталу нүктелері 5 нуклеотидтен кейін орналасқан. Зерттелген miRNA көп нысана гендері транскрипциялық факторларды кодтайды. miR биологиялық ролі қарастырылғанБиблиографические ссылки
1. Tétreault N., De Guire Vol. miRNAs: their discovery, biogenesis and mechanism of action // Clin Biochem. - 2013. -Vol. 46. - No. 10. - P. 842-845.
2. Morin P.Jr. miRNAs in cancer: non-coding RNAs as appealing biomarkers for malignancy // Cancer biomark. -2012. - Vol. 11. - No. 6. - P. 227-238.
3. Zhou P., Xu W. et al. Large-scale screens of miRNA-mRNA interactions unveiled that the 3'UTR of a gene is
targeted by multiple miRNAs // PLoS One. - 2013. - Vol. 9. - No. 7. - P. e68204.
4. Da Sacco L, Masotti A. Recent insights and novel bioinformatics tools to understand the role of microRNAs binding
to 5' untranslated region // Int. J. Mol. Sci. - 2012. - Vol. 14. - No. 1. - P. 480-495.
5. Hausser J., Syed A.P., Bilen B., Zavolan M. Analysis of CDS-located miRNA target sites suggests that they can
effectively inhibit translation // Genome Res. - 2013. - Vol. 23. - No. 4 . - P. 604-615.
6. Wang H., Zhu Y. et al. miRNA-29c suppresses lung cancer cell adhesion to extracellular matrix and metastasis by
targeting integrin β1 and matrix metalloproteinase2. - No. MMP2 // PLoS One. - 2013. - Vol. 8. - No. 8 :e70192.
7. Zhong S, Li W, Chen Z, Xu J, Zhao J. miR-222 and miR-29a contribute to the drug-resistance of breast cancer cells
// Gene. - 2013. - Vol. 531 - No. 1. - P. 8-14.
8. Shi Y., Wang C.Z. et al. Screening of differentially expressed microRNAs in borderline and malignant
gastrointestinal stromal tumors // Zhonghua Bing Li Xue Za Zhi. - 2013. - Vol. 42. - No. 1. - P. 20-25.
9. Finoux A.L., Chartrand P. Oncogenic and tumour suppressor microRNAs // Med Sci . - No. Paris . - 2008. - Vol. 24.- No. 12 . - P. 1049-1054.
10.Leontis N.B., Stombaugh J., Westhof E. The non-Watson-Crick base pairs and their associated isostericity matrices
// Nucleic Acids Res. - 2002. - Vol. 30. - P. 3497-3531.
11. Hu R., Liu W. et al. A Runx2/miR-3960/miR-2861 regulatory feedback loop during mouse osteoblast
differentiation // J. Biol. Chem. - 2011. - Vol. 286. - No. 14 . - P. 12328-12339.
12. Chatterjee S., Sivakamasundari Vol. et al. Making no bones about it: Transcription factors in vertebrate
skeletogenesis and disease. Trends Dev. Biol. - 2012. - Vol. 6. - P. 45-52.
13. Lian J.B., Stein G.S. et al. MicroRNA control of bone formation and homeostasis. Nat. Rev. Endocrinol. - 2012. -
Vol. 8. - No. 4 . - P. 212-227
2. Morin P.Jr. miRNAs in cancer: non-coding RNAs as appealing biomarkers for malignancy // Cancer biomark. -2012. - Vol. 11. - No. 6. - P. 227-238.
3. Zhou P., Xu W. et al. Large-scale screens of miRNA-mRNA interactions unveiled that the 3'UTR of a gene is
targeted by multiple miRNAs // PLoS One. - 2013. - Vol. 9. - No. 7. - P. e68204.
4. Da Sacco L, Masotti A. Recent insights and novel bioinformatics tools to understand the role of microRNAs binding
to 5' untranslated region // Int. J. Mol. Sci. - 2012. - Vol. 14. - No. 1. - P. 480-495.
5. Hausser J., Syed A.P., Bilen B., Zavolan M. Analysis of CDS-located miRNA target sites suggests that they can
effectively inhibit translation // Genome Res. - 2013. - Vol. 23. - No. 4 . - P. 604-615.
6. Wang H., Zhu Y. et al. miRNA-29c suppresses lung cancer cell adhesion to extracellular matrix and metastasis by
targeting integrin β1 and matrix metalloproteinase2. - No. MMP2 // PLoS One. - 2013. - Vol. 8. - No. 8 :e70192.
7. Zhong S, Li W, Chen Z, Xu J, Zhao J. miR-222 and miR-29a contribute to the drug-resistance of breast cancer cells
// Gene. - 2013. - Vol. 531 - No. 1. - P. 8-14.
8. Shi Y., Wang C.Z. et al. Screening of differentially expressed microRNAs in borderline and malignant
gastrointestinal stromal tumors // Zhonghua Bing Li Xue Za Zhi. - 2013. - Vol. 42. - No. 1. - P. 20-25.
9. Finoux A.L., Chartrand P. Oncogenic and tumour suppressor microRNAs // Med Sci . - No. Paris . - 2008. - Vol. 24.- No. 12 . - P. 1049-1054.
10.Leontis N.B., Stombaugh J., Westhof E. The non-Watson-Crick base pairs and their associated isostericity matrices
// Nucleic Acids Res. - 2002. - Vol. 30. - P. 3497-3531.
11. Hu R., Liu W. et al. A Runx2/miR-3960/miR-2861 regulatory feedback loop during mouse osteoblast
differentiation // J. Biol. Chem. - 2011. - Vol. 286. - No. 14 . - P. 12328-12339.
12. Chatterjee S., Sivakamasundari Vol. et al. Making no bones about it: Transcription factors in vertebrate
skeletogenesis and disease. Trends Dev. Biol. - 2012. - Vol. 6. - P. 45-52.
13. Lian J.B., Stein G.S. et al. MicroRNA control of bone formation and homeostasis. Nat. Rev. Endocrinol. - 2012. -
Vol. 8. - No. 4 . - P. 212-227
Загрузки
Выпуск
Раздел
Физико-химическая биология и нанотехнологии
