Разработка метода пцр для выявления днк Salmonella Еnteriса

  • S. M. Barmak Казахский национальный университет имени аль-Фараби, Казахстан, Алматы
  • A. B. Berdygaliyev Казахская академия питания, г. Алматы
  • Yu. A. Sinyavskiy Казахская академия питания, г. Алматы
  • A. A. Serikbay Казахский Национальный Университет им. аль-Фараби, Казахстан, г. Алматы
  • I. S. Savitskaya Казахский Национальный Университет им. аль-Фараби, Казахстан, г. Алматы
  • T. Sh. Sharmanov Казахская академия питания, г. Алматы
  • I. H. Mendenhall Медицинская школа Duke-NUS, Сингапур
  • E. V. Zholdybayeva Национальный центр биотехнологии, г. Астана

Аннотация

Для улучшения клинической и лабораторной диагностики сальмонеллеза наиболее перспективным является практическое применение методов молекулярно-генетической диагностики и прежде всего полимеразной цепной реакции (ПЦР), которая позволит обнаруживать ДНК на ранних стадиях заболевания. Целью данной работы является разработка ПЦР метода для выявления ДНК бактерии Salmonella еnteriса, определение чувствительности и специфичности разработанного метода. Создание диагностического метода на основе классической ПЦР позволит с высокой точностью в короткие сроки выявлять возбудитель сальмонеллеза и может быть использован для контроля и мониторинга распространения данной инфекции на территории Республики Казахстан. 
Одним из основных компонентов ПЦР являются олигонуклеотидные праймеры. При разработке метода ПЦР для выявления ДНК бактерии Salmonella еnteriса нами конструированы праймеры – S Inv -1F и S Inv -1R. Разработанный ПЦР метод отличается высокой специфичностью и чувствительностью (10 микробных клеток/мл) и позволяет выявлять ДНК бактерии Salmonella еnteriса в пробе за 3-4 часа. Результаты представленных исследований указывают на возможность использования полимеразной цепной реакции для обнаружения ДНК бактерии Salmonella enterica в образцах из чистой культуры, а также в биологическом материале. Информативность ПЦР была показана при анализе пищевых продуктов, что в реальных условиях позволяет выявить возбудителя бактерий Salmonella enterica на ранних стадиях заражения. Создание отечественной ПЦР тест-системы, адаптированной к Salmonella еnteriса, циркулирующей на территории Казахстана может использоваться в разработке мероприятий по улучшению эпидемиологической и эпизоотической обстановки по сальмонеллезной инфекции.
Ключевые слова: Salmonella еnteriса, ДНК, ПЦР, специфичность, чувствительность

Литература

1. Terleckij V.P., Tyshchenko V.I., Novikova O.B., Borisenkova A.N., Belash D.E., YAkovlev A.F. (2013) Effektivnyj molekulyarno-geneticheskij metod identifikacii shtammov sal'monell i proteya // Doklady rossijskoj akademii sel'skohozyajstvennyh nauk. - №5. - S. 60-63
2. ZHebrun A.B., Mukomolov S.A., Narvskaya O.V. (2009) Genotipirovanie i subtipirovanie patogennyh mikroorganizmov v razvitii tekhnologij epidemiologicheskogo nadzora // Medicinskij akademicheskij zhurnal. - №4. - S. 59-67.
3. Terletskiy, V., Tyshchenko, V., Martinez-Ballesteros, I., Garaizar, J., & Bikandi, J. (2009) Validation of double digest selective label database for sequenced prokaryotic genomes. Bioinformatics. - 26(3). - 417–418.
4. Terleckij V.P., Tyshchenko V.I., Novikova I.I., Bojkova I.V., Tyulebaev S.D., SHahtamirov I.YA. (2016) Effektivnyj metod geneticheskoj pasportizacii shtammov Bacillus subtilis – perspektivnyh producentov biopreparatov // Mikrobiologiya - T. 85 №1.- S. 50-55.
5. Korenberg, E. I. (2010) Natural focality of infections: Current problems and prospects of research. Biology Bulletin. - 37(7). - 665–676.
6. Maunsell, F., & Donovan, G. A. (2008) Biosecurity and Risk Management for Dairy Replacements. Veterinary Clinics of North America: Food Animal Practice - 24(1). 155–190.
7. Kostenko YU.G., Hramov M.V., Davleev A.D. (2012) Problema pishchevogo sal'monelleza v Rossii: ob"ektivnyj vzglyad i puti resheniya // Vse o myase. - №1. - S. 34-37
8. Parfenchik I.V., Cyrkunov V.M., Vasil'ev A.V., Bogdanovich T.I. (2010) Lechenie i sanaciya bol'nyh sal'monellezom, vyzvannym shtammami S. infantis i S. Mission // Recept. - №5. - S. 82-91
9. Mezencev S.V., Razumovskaya V.V. (2014) Rasprostranenie sal'monell v produkcii zhivotnovodstva // Vestnik Altajskogo gosudarstvennogo agrarnogo universiteta. №7, S. 118-125
10. N. Starodub, J. (2012) Ogorodnijchuk Efficiency of immune biosensor based on total internal reflection ellipsometry at the determination of Salmonella // 14th International Meeting on Chemical Sensors - IMCS P. 884 - 887
11. Salautin V.V. (2004) Patomorfologiya i differencial'naya diagnostika sal'monelleza ptic, vyzvannogo razlichnymi serovariantami vozbuditelya: avt. dis. … dokt. vet. nauk. - Saratov, - 28 s.
12. CHugunova E.O., Tatarnikova N.A., Prohorova T.S., Maul' O.G. (2014) Zarazhennost' sal'monellami produkcii pticevodstva // Sovremennye problemy nauki i obrazovaniya, №6 S. 18-23
13. Scharff R. L. (2012) Economic burden from health losses due to foodborne illness in the United States. Journal of Food Protection 75:123-131.
14. Carrasco, E., Morales-Rueda, A., & García-Gimeno, R. M. (2012). Cross-contamination and recontamination by Salmonella in foods: A review. Food Research International, 45(2), 545–556.
15. Alali W. Q., Gaydashov R., Petrova E., Panin A., Tugarinov O., Kulikovskii A., Mamleeva D., Walls I., Doyle M. P. (2012) Prevalence of Salmonella on retail chicken meat in Russian Federation. Journal of Food Protection 75:1469-73.
16. Lay K. S., Vuthy Y., SongP., Phol K., Sarthou J.L. (2011) Prevalence, numbers and antimicrobial susceptibilities of Salmonella serovars and Campylobacter spp. in retail poultry in Phnom Penh, Cambodia. Journal of Veterinary Medical Science 73:325-329.
17. Old D. C., Chisholm S. A., Crichton P. B., Taylor A. (2000) Grouping of Salmonella enterica serotype Montevideo strains by ribotyping and IS200 profiling. Epidemiology andInfection 124:375-382.
18. Ortolani, M. B. T., Yamazi, A. K., Moraes, P. M., Viçosa, G. N., & Nero, L. A. (2010). Microbiological Quality and Safety of Raw Milk and Soft Cheese and Detection of Autochthonous Lactic Acid Bacteria with Antagonistic Activity Against Listeria monocytogenes, Salmonella Spp., and Staphylococcus aureus. Foodborne Pathogens and Disease, 7(2), 175–180.
19. E.O. CHugunova, N.A. Tatarnikova. (2013) Opredelenie bakterij roda Salmonella v myase i myasnyh polufabrikatah // Permskij agrarnyj vestnik №1 S. 41-44
20. Ruchnova O.I, Kurkina E.S. (2014) Biologicheskie svojstva izolyatov bakterij roda Salmonella // Evrazijskij soyuz uchenyh №30-1 S. 11-14
21. Kriger O.V., Soldatova L.S., Kravchenko A.YU., Novoselova M.V. (2012) Osnovnye aspekty konstruirovaniya prajmerov dlya opredeleniya vidovoj prinadlezhnosti DNK krupnogo rogatogo skota metodom polimeraznoj cepnoj reakcii // Sovremennye problemy nauki i obrazovaniya. – № 2.
22. Horreo, J. L., Ardura, A., Pola, I. G., Martinez, J. L., & Garcia-Vazquez, E. (2012). Universal primers for species authentication of animal foodstuff in a single polymerase chain reaction. Journal of the Science of Food and Agriculture, 93(2), 354–361.
23. Laube, I., Hird, H., Brodmann, P., Ullmann, S., Schöne-Michling, M., Chisholm, J., & Broll, H. (2010). Development of primer and probe sets for the detection of plant species in honey. Food Chemistry, 118(4), 979–986.
24. Strelkov A.A. (2011) Razrabotka uskorennogo immunologicheskogo metoda indikacii sal'monell v prodovol'stvennom syr'e i kormah. Avtoreferat kandidata biologicheskih nauk po VAK RF 06.02.05, , Moskva.
25. YAcyshina S.B. (2003) Vyyavlenie i tipirovanie vozbuditelej sal'monelleza molekulyarno-geneticheskimi metodami. Avtoreferat kandidata biologicheskih nauk po VAK RF 16.00.03, Moskva.
26. Otchet «Genotipirovanie patogennyh mikroorganizmov v pishchevom syr'e i produktah pitaniya, realizuemyh na rynkah i supermarketah Respubliki Kazahstan, razrabotka rekomendacij dlya snizheniya riska zabolevaemosti detej doshkol'nogo i shkol'nogo vozrasta.
27. EFSA. (2007) Report of the Task Force on Zoonoses Data Collection on the Analysis of the baseline study on the prevalence of Salmonella in holdings of laying hen flocks of Gallus gallus. Parma, Italy: EFSA, 21February. Available at: http://www.efsa.europa.eu/en/science/monitoring_zoonoses/reports/report_finlayinghens.html
28. Snow, L. C., Davies, R. H., Christiansen, K. H., Carrique-Mas, J. J., Cook, A. J. C., & Evans, S. J. (2010). Investigation of risk factors for Salmonella on commercial egg-laying farms in Great Britain, 2004-2005. Veterinary Record, 166(19), 579–586.
29. CARRIQUE-MAS, J. J., BRESLIN, M., SNOW, L., McLAREN, I., SAYERS, A. R., & DAVIES, R. H. (2008). Persistence and clearance of different Salmonella serovars in buildings housing laying hens. Epidemiology and Infection, 137(06), 837.
30. Gunn, J. S., Marshall, J. M., Baker, S., Dongol, S., Charles, R. C., & Ryan, E. T. (2014) Salmonella chronic carriage: epidemiology, diagnosis, and gallbladder persistence // Trends in Microbiology, 22(11), 648–655.
Опубликована
2020-07-13
Как цитировать
BARMAK, S. M. et al. Разработка метода пцр для выявления днк Salmonella Еnteriса. Experimental Biology, [S.l.], v. 83, n. 2, p. 94-104, july 2020. ISSN 2617-7498. Доступно на: <https://bb.kaznu.kz/index.php/biology/article/view/1470>. Дата доступа: 21 sep. 2020 doi: https://doi.org/10.26577//eb.2020.v83.i2.10.
Раздел
ГЕНЕТИКА И МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ

Наиболее читаемые статьи этого автора (авторов)

Особенность: этот модуль требует, что бы был включен хотя бы один модуль статистики/отчетов. Если ваши модули статистики возвращают больше одной метрики, то пожалуйста также выберите главную метрику на странице настроек сайта администратором и/или на страницах настройки управляющего журналом.