АССОЦИАЦИИ miRNA И mRNA ГЕНОВ, УЧАСТВУЮЩИХ В РАЗВИТИИ НЕМЕЛКОКЛЕТОЧНОГО РАКА ЛЕГКИХ /
156 53
Ключевые слова:
miRNA, mRNA, ген, немелкоклеточный рак легких, субтипы, өкпенің ұсақ емес жасушалы обыры, субтиптер.Аннотация
Адам өкпесінің ұсақ емес жасушалы обырдың түрлі субтиптерінің дамуына қатысатын гендердің mRNA-мен miRNA-дың байланысуы зерттелген. Гендердің mRNA-мен miRNA-дың байланысу сайттарын жоғары анықтықпен көрсететін компьютерлік бағдарлама зертханада өңделді. Бағдарлама ΔG/ΔGm қатынасты, анықтық мәнін, microRNA сайттың 5'-транслирленбейтін учаскіде (5'UTR), белок-кодтайтын бөлігінде (СDS) немесе 3'-транслирленбейтін учаскіде (3'UTR) орналасуын анықтайды. miRNA-ның нысана гендерін MirTarget бағдарлама бойынша іздестірдік. Жалпақжасушалы және іріжасушалы карциноманың дамуына қатысатын гендердің базалары құрастырылған. Осы гендердің mRNA-мен эффективті байланысатын miRNA-лар анықталған. Өкпенің жалпақжасушалы обыры кезінде жоғары және төмен экспрессиялайтын гендердің mRNA-мен miRNA-дың арнайы ассоциациялары анықталған. Ассоциацияларға қатысатын mRNA-мен miRNA-дың ең жоғары нысана гендердің саны келесі уникалды miRNA-лар үшін анықталған: miR-1273g-3p, miR-1273h-5p, miR-1273f, miR-1322, miR-1285-5p, miR-619-5p. miRNA-дың онкогенезге қатысатын гендер экспрессиясына әсер ету бойынша алынған нәтижелер ұсақ емес жасушалы обырдың субтиптерін ерте диагностикалау әдістерін өндеу үшін негіз болып келеді. Изучено связывание miRNA с mRNA генов, участвующих в развитии различных субтипов немелкоклеточного рака легких человека. Разработана компьютерная программа предсказывающая с высокой достоверностью сайты связывания miRNA с mRNA генов. Программа рассчитывает отношение ΔG/ΔGm, значение достоверности, определяет область расположения сайта microRNA в 5'-нетранслируемом участке (5'UTR), белок-кодирующей части (СDS) или 3'-нетранслируемом участке (3'UTR). Поиск генов-мишеней для miRNA проводили по программе MirTarget. Созданы базы генов, участвующих в развитии плоскоклеточного рака и крупноклеточной карциномы. Выявлены miRNA эффективно связывающиеся с mRNA этих генов мишеней. Установлены специфические ассоциации miRNA с mRNA генов повышенно и пониженно экспрессирующихся при плоскоклеточном раке легких. Среди участвующих в ассоциациях miRNA с mRNA наибольшее число генов мишеней установлено для уникальных miRNA: miR-1273g-3p, miR-1273h-5p, miR-1273f, miR-1322, miR-1285-5p, miR-619-5p. Полученные результаты влияния miRNA на экспрессию генов, участвующих в онкогенезе, служат основой разработки методов ранней диагностики субтипов немелкоклеточного рака легких.Библиографические ссылки
Литература
1) Travis W., Brambilla E., Mueller-Hermelink H., Harris C. World health organization classification of tumors. Pathology and genetics: tumors of the lung, pleura, thymus and heart // World health organization. - Geneva, 2004. - P. 341.
2) Тажединов И. Cовременные аспекты развития ядерной медицины в онкологии Казахстана // Общие вопросы диагностики и лечения в онкологии. Материалы Съезда онкологов и радиологов Казахстана. - Алматы, 2014. - 143с.
3) Koyi H., Hillerdal G., Branden E. A prospective study of a total material of lung cancer from a county in Sweden 1997-1999: gender, symptoms, type, stage, and smoking habits // Lung Cancer. - 2002. - Vol. 36. - P. 39.
4) Visbal A.L., Williams B.A., Nichols F.C. et al. Gender differences in non-small-cell lung cancer survival: an analysis of 4,618 patients diagnosed between 1997 and 2002 // The Annals of Thoracic Surgery. - 2004. - Vol. 78. - P. 209–215.
5) Li Q., Li X., Guo Zh., et al. MicroRNA-574-5p was pivotal for TLR9 signaling enhanced tumor progression via down-regulating checkpoint suppressor 1 in human lung cancer // Plos One. - 2012. - Vol. 7. - e48278.
6) Ivashchenko А., Berillo О., Pyrkova A., Niyazova R., Atambayeva S. Binding sites of mir-1273 family on the mRNA of target genes // Biomed Research International. - 2014. - Vol. 2014. - P. 620530.
7) Ivashchenko A., Berillo O., Pyrkova A., Niyazova R., Atambayeva Sh. The properties of binding sites of miR-619-5p, miR-5095, miR-5096 and miR-5585-3p in the mRNAs of human genes // Biomed Research International. - 2014. - Vol. 2014. - P. 720715.
8) Ivashchenko A., Berillo O., Pyrkova A., Niyazova R., Atambayeva Sh. MiR-3960 binding sites with mRNA of human genes // Bioinformation. - 2014. - Vol. 10(7). - P. 423-427.
9) Cheng Q., Yi B., Wang A., Jiang X. Exploring and exploiting the fundamental role of microRNAs in tumor pathogenesis // Onco Targets Ther. - 2013. - Vol. 6. - P. 1675-1684.
10) Guz M., Rivero-Muller A., Okon E., et al. MicroRNAs-role in lung cancer // Disease Markers. - 2014. - Vol. 2014. - P. 218169.
11) Gao Y., Gao F., Ma J.L., et al. The potential clinical applications and prospects of microRNAs in lung cancer // Journal of Onco Targets and Therapy. - 2014. - Vol. 7. - P. 901-906.
12) Waters P.S., Dwyer R.M., Brougham C., et al. Impact of tumour epithelial subtype on circulating microRNAs in breast cancer patients // Plos one. - 2014. - Vol. 9(3). - e90605.
13) Zhang X., Wei J., Zhou L., et al. A functional BRCA1 coding sequence genetic variant contributes to risk of esophageal squamous cell carcinoma // Carcinogenesis. - 2013. - Vol. 34(10). - P. 2309-2313.
14) Chan W.L., Yuo C.Y., Yang W.K., Hung S.Y., Chang Y.S., Chiu C.C., Yeh K.T., Huang H.D., Chang J.G. Transcribed pseudogene ψPPM1K generates endogenous siRNA to suppress oncogenic cell growth in hepatocellular carcinoma // Nucleic Acids Research. - 2013. - Vol. 41(6). - P. 3734-3747.
15) Li X., Chen Y.T., Josson S., Mukhopadhyay N.K., Kim J., Freeman M.R., et al. MicroRNA-185 and 342 inhibit tumorigenicity and induce apoptosis through blockade of the SREBP metabolic pathway in prostate cancer cells // PLoS One. - 2013. - Vol. 8. - No. 8.- e70987.
16) He L., Thomson J.M., Hemann M.T., Hernando-Monge E., Mu D., Goodson S., Powers S., Cordon-Cardo C., Lowe S.W., Hannon G.J., et al. A microRNA polycistron as a potential human oncogene // Nature. - 2005. - Vol. 435. - P. 828-833.
17) Griffiths-Jones S., Enright A.J., Farazi T.A. et al. MicroRNA research // The 2008 Collection booklet: Exiqon. - 2008. - P. 36.
18) Berillo O., Regnier M., Ivashchenko A.T. miRAFinder and GeneAFinder scripts: large-scale searching for microRNA and related information in indexed literature abstracts // Bioinformation. - 2014. - Vol. 10(8). - P. 539-543.
19) Berillo O., Regnier M., Ivashchenko A.T. TmiRUSite and TmiROSite scripts: searching for mRNA fragments with microRNA binding sites and their encoded for amino acid sequences // Bioinformation. - 2014. - Vol. 10(7). - P. 472-473.
1) Travis W., Brambilla E., Mueller-Hermelink H., Harris C. World health organization classification of tumors. Pathology and genetics: tumors of the lung, pleura, thymus and heart // World health organization. - Geneva, 2004. - P. 341.
2) Тажединов И. Cовременные аспекты развития ядерной медицины в онкологии Казахстана // Общие вопросы диагностики и лечения в онкологии. Материалы Съезда онкологов и радиологов Казахстана. - Алматы, 2014. - 143с.
3) Koyi H., Hillerdal G., Branden E. A prospective study of a total material of lung cancer from a county in Sweden 1997-1999: gender, symptoms, type, stage, and smoking habits // Lung Cancer. - 2002. - Vol. 36. - P. 39.
4) Visbal A.L., Williams B.A., Nichols F.C. et al. Gender differences in non-small-cell lung cancer survival: an analysis of 4,618 patients diagnosed between 1997 and 2002 // The Annals of Thoracic Surgery. - 2004. - Vol. 78. - P. 209–215.
5) Li Q., Li X., Guo Zh., et al. MicroRNA-574-5p was pivotal for TLR9 signaling enhanced tumor progression via down-regulating checkpoint suppressor 1 in human lung cancer // Plos One. - 2012. - Vol. 7. - e48278.
6) Ivashchenko А., Berillo О., Pyrkova A., Niyazova R., Atambayeva S. Binding sites of mir-1273 family on the mRNA of target genes // Biomed Research International. - 2014. - Vol. 2014. - P. 620530.
7) Ivashchenko A., Berillo O., Pyrkova A., Niyazova R., Atambayeva Sh. The properties of binding sites of miR-619-5p, miR-5095, miR-5096 and miR-5585-3p in the mRNAs of human genes // Biomed Research International. - 2014. - Vol. 2014. - P. 720715.
8) Ivashchenko A., Berillo O., Pyrkova A., Niyazova R., Atambayeva Sh. MiR-3960 binding sites with mRNA of human genes // Bioinformation. - 2014. - Vol. 10(7). - P. 423-427.
9) Cheng Q., Yi B., Wang A., Jiang X. Exploring and exploiting the fundamental role of microRNAs in tumor pathogenesis // Onco Targets Ther. - 2013. - Vol. 6. - P. 1675-1684.
10) Guz M., Rivero-Muller A., Okon E., et al. MicroRNAs-role in lung cancer // Disease Markers. - 2014. - Vol. 2014. - P. 218169.
11) Gao Y., Gao F., Ma J.L., et al. The potential clinical applications and prospects of microRNAs in lung cancer // Journal of Onco Targets and Therapy. - 2014. - Vol. 7. - P. 901-906.
12) Waters P.S., Dwyer R.M., Brougham C., et al. Impact of tumour epithelial subtype on circulating microRNAs in breast cancer patients // Plos one. - 2014. - Vol. 9(3). - e90605.
13) Zhang X., Wei J., Zhou L., et al. A functional BRCA1 coding sequence genetic variant contributes to risk of esophageal squamous cell carcinoma // Carcinogenesis. - 2013. - Vol. 34(10). - P. 2309-2313.
14) Chan W.L., Yuo C.Y., Yang W.K., Hung S.Y., Chang Y.S., Chiu C.C., Yeh K.T., Huang H.D., Chang J.G. Transcribed pseudogene ψPPM1K generates endogenous siRNA to suppress oncogenic cell growth in hepatocellular carcinoma // Nucleic Acids Research. - 2013. - Vol. 41(6). - P. 3734-3747.
15) Li X., Chen Y.T., Josson S., Mukhopadhyay N.K., Kim J., Freeman M.R., et al. MicroRNA-185 and 342 inhibit tumorigenicity and induce apoptosis through blockade of the SREBP metabolic pathway in prostate cancer cells // PLoS One. - 2013. - Vol. 8. - No. 8.- e70987.
16) He L., Thomson J.M., Hemann M.T., Hernando-Monge E., Mu D., Goodson S., Powers S., Cordon-Cardo C., Lowe S.W., Hannon G.J., et al. A microRNA polycistron as a potential human oncogene // Nature. - 2005. - Vol. 435. - P. 828-833.
17) Griffiths-Jones S., Enright A.J., Farazi T.A. et al. MicroRNA research // The 2008 Collection booklet: Exiqon. - 2008. - P. 36.
18) Berillo O., Regnier M., Ivashchenko A.T. miRAFinder and GeneAFinder scripts: large-scale searching for microRNA and related information in indexed literature abstracts // Bioinformation. - 2014. - Vol. 10(8). - P. 539-543.
19) Berillo O., Regnier M., Ivashchenko A.T. TmiRUSite and TmiROSite scripts: searching for mRNA fragments with microRNA binding sites and their encoded for amino acid sequences // Bioinformation. - 2014. - Vol. 10(7). - P. 472-473.
Загрузки
Как цитировать
Niyazova, R. Y., Atambayeva, S. A., Pyrkova, A. Y., & Ivashchenko, A. T. (2016). АССОЦИАЦИИ miRNA И mRNA ГЕНОВ, УЧАСТВУЮЩИХ В РАЗВИТИИ НЕМЕЛКОКЛЕТОЧНОГО РАКА ЛЕГКИХ /. Вестник КазНУ. Серия биологическая, 65(3), 142–148. извлечено от https://bb.kaznu.kz/index.php/biology/article/view/1110
Выпуск
Раздел
МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ И ГЕНЕТИКА
