Характеристики взаимодействия miRNA c mRNA кандидатных генов аденокарциномы пищевода

Аннотация

miRNA класс нано-размерных, не кодирующих РНК которые регулируют экспрессию генов, и связаны со многими физиологическими и патологическими процессами, в частности с раком. Экспрессия многих генов регулируется связыванием их mRNA с miRNA, поэтому требуется выявить, какие кандидатные гены онкогенеза и в какой степени могут взаимодействовать с miRNA. Цель настоящей работы заключалась в установлении характеристик взаимодействия известных 3707 miRNA с mRNA 38 кандидатных генов аденокарциномы пищевода. Установлено что, 84 miRNA имеют сайты связывания в 31 mRNA генов в 5'UTR, CDS, и 3'UTR, а средняя свободная энергия связывания (ΔG) этих miRNAs с mRNA составила -121 кДж/моль, -118 кДж/моль и -113 кДж/моль, соответственно. 19 ассоциаций miRNA с mRNA генов со свободной энергией взаимодействия более -120 кДж/моль рекомендуются для диагностики аденокарциномы пищевода. mRNAs большинства генов, содержащих два или более сайтов связывания miRNA с наложением их нуклеотидных последовательностей, образуют кластеры. На основании полученных результатов, ассоциации miRNA с mRNA генов-кандидатов рекомендуются для разработки метода ранней диагностики аденокарциномы пищевода.

Ключевые слова: mRNA, miRNA, гены, онкологические заболевания, аденокарцинома пищевода.