Характеристики взаимодействия miRNA c mRNA кандидатных генов немелкоклеточного рака легкого

Аннотация

Рак легких является одним из наиболее распространенных злокачественных заболеваний. В развитии немелкоклеточного рака легкого предполагается участие более 200 кандидатных генов. Целью исследования было изучить характеристики взаимодействия 137 кандидатных генов немелкоклеточного рака легкого и miRNA. Полученные данные показывают, что значительное число генов являются мишенями двух и более miRNA. mRNA некоторых генов содержат сайты связывания нескольких miRNA с наложением нуклеотидных последовательностей, которые были названы кластерами. Впервые изучены свойства кластеров генов немелкоклеточного рака легкого, содержащие сайты связывания нескольких miRNA. Рассмотрены свойства кластеров с большим числом сайтов связывания miRNA в 5'UTR. mRNA генов CHKA, E2F1, HMGA2, PTEN, HTRA2, ING1, MTA3, SMARCA4, NFATC2 содержат кластеры сайтов связывания для наибольшего количества miRNA. Несколько кластеров имеется в CDS mRNA генов CEBPA, NOTCH3, TRIO, LATS2, RB1 и ZBTB7A. 32 гена являются мишенями 49 miRNA, сайты связывания с которыми локализованы на участке 3'UTR. Гены CDK6 и IRS1 обладают кластерами с наибольшим числом сайтов связывания miRNA. В генах AKT1, EMP и HMGA2 имеются кластеры длиной 34 нт, 40 нт and 41 нт, соответственно, из сайтов связывания трёх miRNA. Каждая mRNA генов BCAR1, ITGA11, MYLK, PTK6, PXN, SOX2 и SSX2 имеют кластеры из сайтов связывания двух miRNA. Предполагается что экспрессия рассмотренных генов будет зависеть в большей степени от miRNA взаимодействующей с mRNA с большей свободной энергией связи.

Ключевые слова: miRNA, mRNA, немелкоклеточный рак легкого, гены мишени.