miRNA-ның онкосупрессорлық гендерінің mRNA-сындағы байланысу сайттары. Сайты связывания miRNA в mRNA онкосупрессорных генов
Ключевые слова:
онкосупрессор, mRNA, mіRNA, байланысу сайттары. онкосупрессор, miRNA, сайты связыванияАннотация
MirTarget бағдарламасын пайдалана отырып 18 miRNA-ның адамның 230 mRNA онкосупрессор-гендерімен байланысу сайттарын іздестіру жұмыстары жүргізілді. miR-566, miR-619-5p, miR-1268a, miR-1268b, miR-1273a,miR-1273c, miR-1273d, miR-1273e, miR-1273f, miR-1273g-3p, miR-1273h-5p, miR-1285-3p, miR-1285-5p, miR-1972, miR-5095, miR-5096, miR-5585-3p жəне miR-5585-5p-ның 2-ден 85-ке дейін нысана-гендері бар болатындығы болжалды. mRNA-ның барлық бөлімдерінде гибридизацияның бос энергиясы 90% жəне одан жоғары болатын 510 байланысу сайттары іріктеліп алынды. miRNA байланысу сайттарының кезектесіп орналасу орындары mRNA-ның екінші реттік құрылымында анықталды. miRNA-мен байланысу сайттарының кезектесіп орналасу реттілігінің онкосупрессорлық гендердің экспрессиясын реттеудегі маңызы əлі талқылану үстінде. Провели поиск сайтов связывания 18 miRNA в 230 mRNA генов-онкосупрессоров человека, используя программу MirTarget. Нами предсказано, что miR-566, miR-619-5p, miR-1268a, miR-1268b, miR-1273a, miR- 1273c, miR-1273d, miR-1273e, miR-1273f, in-miR-1273g-3p, in-miR-1273h-5p, miR-1285-3p, in-miR-1285-5p, inmiR-1972, in-miR-5095, miR-5096, miR-5585-3p и miR-5585-5p имеют от 2 до 85 генов-мишеней. Отобрано 510 сайтов связывания со свободной энергией гибридизации равной 90% и более во всех участках mRNA. Упорядоченные группы некоторых сайтов связывания с miRNA выявлены во вторичной структуре mRNA.Роль упорядоченно расположенных сайтов связывания в регуляции экспрессии онкосупрессорных генов обсуждается.Библиографические ссылки
1 Katoh M., Igarashi M., Fukuda H., Nakagama H., Katoh M. Cancer genetics and genomics of human FOX family genes //
Cancer Lett. 2013. – Vol. 328. – No.2. – P.198-206.
2 Lee R.C., Ambros V. An extensive class of small RNAs in Caenorhabditis elegans // Science. 2001.-Vol.294. – No.5543.
– P. 862-864.
3 Fan M., Krutilina R., Sun J., Sethuraman A., Yang C.H., Wu Z.H., et al. Comprehensive Analysis of microRNA
(miRNA) targets in breast cancer cells // J. Biol. Chem. 2013. – Vol. 288. – No.38. – P. 27480-27493.
4 Chen S., Wang H., Ng W.L., Curran W.J., Wang Y. Radiosensitizing effects of ectopic miR-101 on non-small-cell lung
cancer cells depend on the endogenous miR-101 level // Int. J. Radiat. Oncol. Biol. Phys. 2011. – Vol.81. – No.5. – P. 1524-
1529.
5 Romero-Cordoba S., Rodriguez-Cuevas S., Rebollar-Vega R., Quintanar-Jurado V., Maffuz-Aziz A., Jimenez-Sanchez
G., et al. Identification and pathway analysis of microRNAs with no previous involvement in breast cancer // PLoS One.2012. – Vol.7. – No.3. – P. e31904.
6 Shin S., Cha H.J., Lee E.M., Jung J.H., Lee S.J., Park I.C., et al. MicroRNAs are significantly influenced by p53 and
radiation in HCT116 human colon carcinoma cells // Int J Oncol. 2009. – Vol.34. – No.6. – P.1645-1652.
7 Peng Y., Dai Y., Hitchcock C., Yang X., Kassis E.S., Liu L., et al. Insulin growth factor signaling is regulated by
microRNA-486, an underexpressed microRNA in lung cancer // Proceedings of the national academy of sciences, 2013. –Vol.110. – No.37. – P.15043
8 Kool E.T. Hydrogen bonding, base stacking, and steric effects in DNA replication // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct.2001. – Vol. 30. – P. 1-22.
9 Leontis N.B., Stombaugh J., Westhof E. The non-Watson–Crick base pairs and their associated isostericity matrices //
Nucleic Acids Res. 2002. – Vol. 30. – No. 16. – P. 3497-3531.
10 Иващенко А.Т., Берилло О.А., Ниязова Р.Е., Пыркова А.Ю., Атамбаева Ш.А. Особенности сайтов связывания
miR-619-5p, miR-5095, miR-5096 и miR-5585-3p с mRNA генов человека // Вестник КазНУ серия биологическая.
2013. – Т. 3(58) – С. 24-29.
11 Берилло О.А., Иващенко А.Т., Ниязова Р.Е., Пыркова А.Ю., Атамбаева Ш.А. особенности сайтов связывания
miRNA семейства miR-1273 с mRNA генов человека // Вестник КазНУ серия биологическая. 2013. – Т. 3(58) – С. 30-35.
12 Атамбаева Ш.А., Берилло О.А., Иващенко А.Т., Пыркова А.Ю., Ниязова Р.Е. Особенности сайтов связывания
miR-1285-3p, miR-5684 и семейства miR-1273 с mRNA генов человека // Вестник КазНУ серия биологическая. 2013.
– Т. 3(58) – С. 36-41.
Cancer Lett. 2013. – Vol. 328. – No.2. – P.198-206.
2 Lee R.C., Ambros V. An extensive class of small RNAs in Caenorhabditis elegans // Science. 2001.-Vol.294. – No.5543.
– P. 862-864.
3 Fan M., Krutilina R., Sun J., Sethuraman A., Yang C.H., Wu Z.H., et al. Comprehensive Analysis of microRNA
(miRNA) targets in breast cancer cells // J. Biol. Chem. 2013. – Vol. 288. – No.38. – P. 27480-27493.
4 Chen S., Wang H., Ng W.L., Curran W.J., Wang Y. Radiosensitizing effects of ectopic miR-101 on non-small-cell lung
cancer cells depend on the endogenous miR-101 level // Int. J. Radiat. Oncol. Biol. Phys. 2011. – Vol.81. – No.5. – P. 1524-
1529.
5 Romero-Cordoba S., Rodriguez-Cuevas S., Rebollar-Vega R., Quintanar-Jurado V., Maffuz-Aziz A., Jimenez-Sanchez
G., et al. Identification and pathway analysis of microRNAs with no previous involvement in breast cancer // PLoS One.2012. – Vol.7. – No.3. – P. e31904.
6 Shin S., Cha H.J., Lee E.M., Jung J.H., Lee S.J., Park I.C., et al. MicroRNAs are significantly influenced by p53 and
radiation in HCT116 human colon carcinoma cells // Int J Oncol. 2009. – Vol.34. – No.6. – P.1645-1652.
7 Peng Y., Dai Y., Hitchcock C., Yang X., Kassis E.S., Liu L., et al. Insulin growth factor signaling is regulated by
microRNA-486, an underexpressed microRNA in lung cancer // Proceedings of the national academy of sciences, 2013. –Vol.110. – No.37. – P.15043
8 Kool E.T. Hydrogen bonding, base stacking, and steric effects in DNA replication // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct.2001. – Vol. 30. – P. 1-22.
9 Leontis N.B., Stombaugh J., Westhof E. The non-Watson–Crick base pairs and their associated isostericity matrices //
Nucleic Acids Res. 2002. – Vol. 30. – No. 16. – P. 3497-3531.
10 Иващенко А.Т., Берилло О.А., Ниязова Р.Е., Пыркова А.Ю., Атамбаева Ш.А. Особенности сайтов связывания
miR-619-5p, miR-5095, miR-5096 и miR-5585-3p с mRNA генов человека // Вестник КазНУ серия биологическая.
2013. – Т. 3(58) – С. 24-29.
11 Берилло О.А., Иващенко А.Т., Ниязова Р.Е., Пыркова А.Ю., Атамбаева Ш.А. особенности сайтов связывания
miRNA семейства miR-1273 с mRNA генов человека // Вестник КазНУ серия биологическая. 2013. – Т. 3(58) – С. 30-35.
12 Атамбаева Ш.А., Берилло О.А., Иващенко А.Т., Пыркова А.Ю., Ниязова Р.Е. Особенности сайтов связывания
miR-1285-3p, miR-5684 и семейства miR-1273 с mRNA генов человека // Вестник КазНУ серия биологическая. 2013.
– Т. 3(58) – С. 36-41.
Загрузки
Выпуск
Раздел
Физико-химическая биология и нанотехнологии
