Особенности сайтов связывания miRNA с mRNA генов, участвующих в апоптозе. Апоптозға қатысатын miRNA-ның mRNA гендерімен байланысу сайттарының ерекшеліктері
Ключевые слова:
mRNA, miRNA, сайты связывания, апоптоз.mRNA, байланысу сайттары, апоптозАннотация
Проведен поиск сайтов связывания 18 miRNA в mRNA 41 генов участвующих в апоптозе клеток человека.Используя программу MirTarget отобраны сайты связывания со свободной энергии гибридизации miRNA с mRNA равной 90% и более. Установлено, что miR-566, miR-619-5p, miR-1268a, miR-1268b, miR-1273a, miR-1273c, miR-1273d, miR-1273e, miR-1273f, miR-1273g-3p, miR-1273h-5p, miR-1285-3p, miR-1285-5p, miR-1972,miR-5095, miR-5096, miR-5585-3p и miR-5585-5p имеют от 2 до 21 генов-мишеней. Выявлено упорядоченное расположение нескольких групп сайтов связывания. В 2D-структуре mRNA гена SPN установлено расположение упорядоченных групп сайтов связывания в 3'UTR. Адам клеткаларының апоптозына қатысатын 18 miRNA-ның mRNA 41 гендерімен байланысу сайттарын іздестіру жұмыстары жүргізілді. MirTarget бағдарламасын пайдалана отырып miRNA-ның mRNA-мен гибридизацияның бос энергиясы 90% жəне одан жоғары болатын байланысу сайттары іріктеліп алынды. miR-566, miR-619-5p, miR-1268a, miR-1268b, miR-1273a, miR-1273c, miR-1273d, miR-1273e, miR-1273f, miR-1273g-3p, miR-1273h-5p, miR-1285-3p, miR-1285-5p, miR-1972, miR-5095, miR-5096, miR-5585-3p жəне miR-5585-5p-ларының 2-ден 21-ге дейін нысана-гендерінің болатындығы анықталды. Бірнеше байланысу сайттарының кезектесіп орналасу орындары белгілі болды. mRNA-ның SPN генінің екінші реттік құрылымында 3'UTR-де байланысу сайттары топтарының кезектесіп орналасу реттілігі анықталды.Библиографические ссылки
1 Li CY, Wang Y, Wang HL, Shi Z, An N, Liu YX, et al. Molecular mechanisms of Lycoris aurea agglutinininduced
apoptosis and G2/M cell cycle arrest in human lung adenocarcinoma A549 cells, both in vitro and in vivo //
Cell Prolif. 2013. - Vol. 46. - No. 3. - P. 272-282.
2 Berge EO, Knappskog S, Geisler S, Staalesen V, Pacal M, Børresen-Dale AL, Puntervoll P, Lillehaug JR, Lønning
PE. Identification and characterization of retinoblastoma gene mutations disturbing apoptosis in human breast cancers
// Mol Cancer. 2010. - Vol. 9. - P. 173.
3 Chen, Kevin; Rajewsky, Nikolaus. The evolution of gene regulation by transcription factors and microRNAs //
Nature Reviews Genetics 2007. - Vol. 8. - No. 2. - P. 93–103.
4 Bartel DP. MicroRNAs: target recognition and regulatory functions // Cell 2009. 136. - Vol. 2. - No. P. 215–233.
5 Blondal T, Jensby Nielsen S, Baker A, Andreasen D, Mouritzen P, Wrang Teilum M, Dahlsveen IK. Assessing
sample and miRNA profile quality in serum and plasma or other biofluids // Methods. 2013. - Vol. 59. - No. 1. – P.1-6.
6 Guan P, Yin Z, Li X, Wu W, Zhou B. Meta-analysis of human lung cancer microRNA expression profiling studies
comparing cancer tissues with normal tissues // J Exp Clin Cancer Res. 2012. - Vol. 6. - No. 31 – P. 54.
7 Sun Y, Wang M, Lin G, Sun S, Li X, Qi J, Li J. Serum microRNA-155 as a potential biomarker to track disease in
breast cancer // PLoS One. 2012. - 7. - No. 10 – P. e47003.
8 Jang JS, Simon VA, Feddersen RM, Rakhshan F, Schultz DA, Zschunke MA, Lingle WL, Kolbert CP, Jen
J.Quantitative miRNA expression analysis using fluidigm microfluidics dynamic arrays // BMC Genomics. 2011. -Vol. 9. - No. 12. – P. 144.
9 Kool E.T. Hydrogen bonding, base stacking, and steric effects in DNA replication // Annu. Rev. Biophys. Biomol.Struct. 2001. - Vol. 30. - P. 1-22.
10 Leontis N.B., Stombaugh J., Westhof E. The non-Watson–Crick base pairs and their associated isostericity
matrices // Nucleic Acids Res. 2002. - Vol. 30. - No. 16. - P. 3497-3531.
apoptosis and G2/M cell cycle arrest in human lung adenocarcinoma A549 cells, both in vitro and in vivo //
Cell Prolif. 2013. - Vol. 46. - No. 3. - P. 272-282.
2 Berge EO, Knappskog S, Geisler S, Staalesen V, Pacal M, Børresen-Dale AL, Puntervoll P, Lillehaug JR, Lønning
PE. Identification and characterization of retinoblastoma gene mutations disturbing apoptosis in human breast cancers
// Mol Cancer. 2010. - Vol. 9. - P. 173.
3 Chen, Kevin; Rajewsky, Nikolaus. The evolution of gene regulation by transcription factors and microRNAs //
Nature Reviews Genetics 2007. - Vol. 8. - No. 2. - P. 93–103.
4 Bartel DP. MicroRNAs: target recognition and regulatory functions // Cell 2009. 136. - Vol. 2. - No. P. 215–233.
5 Blondal T, Jensby Nielsen S, Baker A, Andreasen D, Mouritzen P, Wrang Teilum M, Dahlsveen IK. Assessing
sample and miRNA profile quality in serum and plasma or other biofluids // Methods. 2013. - Vol. 59. - No. 1. – P.1-6.
6 Guan P, Yin Z, Li X, Wu W, Zhou B. Meta-analysis of human lung cancer microRNA expression profiling studies
comparing cancer tissues with normal tissues // J Exp Clin Cancer Res. 2012. - Vol. 6. - No. 31 – P. 54.
7 Sun Y, Wang M, Lin G, Sun S, Li X, Qi J, Li J. Serum microRNA-155 as a potential biomarker to track disease in
breast cancer // PLoS One. 2012. - 7. - No. 10 – P. e47003.
8 Jang JS, Simon VA, Feddersen RM, Rakhshan F, Schultz DA, Zschunke MA, Lingle WL, Kolbert CP, Jen
J.Quantitative miRNA expression analysis using fluidigm microfluidics dynamic arrays // BMC Genomics. 2011. -Vol. 9. - No. 12. – P. 144.
9 Kool E.T. Hydrogen bonding, base stacking, and steric effects in DNA replication // Annu. Rev. Biophys. Biomol.Struct. 2001. - Vol. 30. - P. 1-22.
10 Leontis N.B., Stombaugh J., Westhof E. The non-Watson–Crick base pairs and their associated isostericity
matrices // Nucleic Acids Res. 2002. - Vol. 30. - No. 16. - P. 3497-3531.
Загрузки
Выпуск
Раздел
Физико-химическая биология и нанотехнологии
