Characteristics of miRNA interaction with 5’UTR, CDS, 3’UTR mRNA candidate genes of breast cancer subtypes

D. Aisina; R. Niyazova; Sh. Atambayeva; E. Imyanitov; A. Ivashchenko

doi:10.26577/eb-2018-2-1326

Авторлар

D. Aisina әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университетінің Биология және биотехнология мәселелерінің ғылыми-зерттеу институты, Қазақстан Республикасы, Алматы қ.
R. Niyazova әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университетінің Биология және биотехнология мәселелерінің ғылыми-зерттеу институты, Қазақстан Республикасы, Алматы қ.
Sh. Atambayeva әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университетінің Биология және биотехнология мәселелерінің ғылыми-зерттеу институты, Қазақстан Республикасы, Алматы қ.
E. Imyanitov Н.Н. Петров атындағы онкология ұлттық медициналық-зерттеу орталығы, Ресей, Санкт-Петербург қ.
A. Ivashchenko әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университетінің Биология және биотехнология мәселелерінің ғылыми-зерттеу институты, Қазақстан Республикасы, Алматы қ.

DOI:

https://doi.org/10.26577/eb-2018-2-1326

Аңдатпа

Сүт безі қатерлі ісігінің түрлі субтиптері осы аурудың дамуына қатысатын кандидатты гендер жиынтығымен ерекшеленеді. Көптеген гендердің экспрессиясы олардың mRNA-ның miRNA байланыстыруымен реттеледі, сондықтан онкогенездің кандидатты гендерін және олардың miRNA-мен әрекеттесу дәрежесін анықтау керек. Бұл жұмыстың мақсаты сүт безі қатерлі ісігінің субтиптерінің 92 кандидаты генінің mRNA-мен белгілі 3701 miRNA-ның өзара әрекеттесу сипаттамаларын анықтау болды. 25 кандидатты гендердің ішінде 19 ген miRNA нысаналары болып келді. 67 miRNA-дың байланыстыру сайттары 5’UTR, CDS, 3’UTR және mRNA мен miRNA орташа бос байланысу энергиясы (ΔG) -120,2 ± -7,6 kJ/mole, -123,6 ± -9,8 kJ/mole, -110,4 ± -9,8 kJ/mole тең болды, тиісінше. Her2 субтиптің диагностикасы үшін байланысудың бос энергиясы

-120 kJ/mole жоғары, mRNA мен miRNA 31 ассоциациялары ұсынылады. Triple-negative субтиптің 47 кандидатты гендерінен 33 ген miRNA-ның нысаналары болды. 90 miRNA-дың байланыстыру сайттары mRNA-ның 5’UTR, CDS, 3’UTR орналасқан және miRNA мен mRNA байланысуының орташа ΔG мәні -123,5 ± -7,0 kJ/mole, -114,1 ± –7,9 kJ/mole, -106,9 ± –4,9 kJ/mole тең болды, тиісінше. Triple-negative субтипті диагностикалау үшін 36 mRNA мен miRNA ассоциациялары ұсынылады. А және В luminal субтиптерді диагностикалау үшін 20 геннің ішінде 14 ген miR- NA нысандары болып келді. 86 miRNA байланыстыру сайттары 5’UTR, CDS, 3’UTR орналасқан және miRNA мен mRNA байланысуының орташа ΔG мәні -121.2 ± -9,5 kJ/mole, 120,4 ± -7,8 kJ/ mole, -118,9 ± -8,1 kJ/mole тең болды, тиісінше. А және В luminal субтиптерді диагностикалау үшін mRNA мен miRNA 51 ассоциациялары ұсынылады. Көптеген гендердің mRNA-да екі немесе одан да көп miRNA байланыстыру сайттары бар учаскілер анықталған, олардың нуклеотидтік тізбектері қабаттасқан, бұл 5’UTR, CDS және 3’UTR нуклеотидтер құрамында байланыстыру сайттардың үлесін бірнеше ретке дейін азайтады. Алынған нәтижелердің негізінде сүт безі қатерлі ісігінің субтиптерін диагностикалау әдістерін өңдеу үшін кандидатты гендердің mRNA мен miRNA ассоциациялар топтары ұсынылады.

Түйін сөздер: miRNA, mRNA, сүт безінің қатерлі ісігінің субтиптері, нысана гендер.