Сайты связывания miRNA с генами транскрипционных факторов Camelus ferus / MiRNAдың CAMELUS FERUS транскрипциялық факторлардың гендерімен байланысу сайттары
159 74
Ключевые слова:
mRNA, miRNA, транскрипциялық факторлар, Camelus ferus, транскрипционные факторы, Camelus ferus.Аннотация
Camelus ferus Zinc finger отбасы транскрипциялық факторларының 157 ген ішінен 63 геннің mRNA-сында 239 miRNA-мен байланысу сайттар анықталған. 5'UTR-де 19 сайт, CDS-те 64 сайт және 3'UTR-де 156 сайттар орналасқан. GLI2 геннің mRNA-мен сегіз miRNA-ның байланысу сайттар бар. ΔG/ΔGm дәрежесі 90-нан 100% дейін өзгереді. miR-1322-ң GLI1, HINFP, HIVEP1, MTF1, SALL4, SP1, ZNF335 и ZNF451 нысана-гендерінің mRNA-да бір, ZNF142-да екі, EGR1 генінде үш байланысу сайты бар. ΔG мөлшері -114,6 кДж/моль-дан -129,5 кДж/моль дейін өзгеріп отырды. Алынған Camelus ferus Zinc finger тұқымдасы транскрипциялық факторының гендерінің mRNA-мен miRNA-ң байланысу сайтарының сипаттамасы олардың көпшілігінің биосинтезі miRNA көмегімен ретттелуі мүмкін екендігін дәлелдейді. B mRNA 63 генов из 157 генов транскрипционных факторов семейства zinc finger Camelus ferus предсказаны 239 сайтов связывания miRNA. В 5'UTR расположено 19 сайтов, в CDS имеется 64 сайта и в 3'UTR локализовано 156 сайтов. С mRNA гена GLI2 могут связываться восемь miRNA. Величина отношения ΔG/ΔGm, характеризующая степень сродства miRNA к mRNA, изменялась от 90 до 100%. miR-1322 имеет по одному сайту связывания в mRNA генов-мишеней GLI1, HINFP, HIVEP1, MTF1, SALL4, SP1, ZNF335 и ZNF451, два сайта в ZNF142, три сайта в гене EGR1. Величина ΔG варьировала от -114,6 кДж/моль до -129,5 кДж/моль. Полученные характеристики сайтов связывания miRNA с mRNA генов транскрипционных факторов семейства zinc finger Camelus ferus свидетельствуют о том, что биосинтез большинства из них может регулироваться с помощью miRNA.Библиографические ссылки
1. Chen P.Y., Meister G. MicroRNA-guided posttranscriptional gene regulation // Biol Chem. - 2005. - Vol. 386. - No.12. - P. 1205-1218.
2. Kaczensky P., Adiya Y., Von Wehrden H., Mijiddorj B., Walzer C., et al. Space and habitat use by wild camels in the Transaltai Gobi of Southern Mongolia // Biol. Conservation. - 2014. - Vol. 169. - P. 311-318.
3. Ivashchenko A., Berillo O., Pyrkova A., Niyazova R., Atambayeva S. MiR-3960 binding sites with mRNA of human genes // Bioinformation. - 2014. - Vol. 10(7). - P. 423-427.
4. Zhuang Y., Li D., Fu J., Shi Q., Lu Y., et al. Overexpression of AIOLOS inhibits cell proliferation and suppresses apoptosis in Nalm-6 cells // Oncol Rep. - 2014. - Vol. 31(3). - P. 1183-1190.
5. Huang L., Walter V., Hayes D.N., Onaitis M. Hedgehog-GLI signaling inhibition suppresses tumor growth in squamous lung cancer // Clin Cancer Res. - 2014. - Vol. 20(6). - P. 1566-1575.
6. Wang G., Jiang L., Song J., Zhou SF., Zhang H., et al. Mipu1 protects H9c2 myogenic cells from hydrogen peroxide-induced apoptosis through inhibition of the expression of the death receptor Fas // Int J Mol Sci. - 2014. - Vol. 15(10). - P. 18206-18220.
7. Gizard F., Robillard R., Barbier O., Quatannens B., Faucompré A., et al. TReP-132 controls cell proliferation by regulating the expression of the cyclin-dependent kinase inhibitors p21WAF1/Cip1 and p27Kip1 // Mol Cell Biol. - 2005. - Vol. 25(11). - P. 4335-4348.
8. Funke B., Puech A., Saint-Jore B., Pandita R., Skoultchi A., et al. Isolation and characterization of a human gene containing a nuclear localization signal from the critical region for velo-cardio-facial syndrome on 22q11 // Genomics. - 1998. - Vol. 53(2). - P.146-154.
9. Nomura N., Zhao M.J., Nagase T., Maekawa T., Ishizaki R., et al. HIV-EP2, a new member of the gene family encoding the human immunodeficiency virus type 1 enhancer-binding protein. Comparison with HIV-EP1/PRDII-BF1/MBP-1 // Biol Chem. - 1991. - Vol. 5. - P. 4.
10. Bard-Chapeau E.A., Gunaratne J., Kumar P., Chua B.Q., Muller J., et al. EVI1 oncoprotein interacts with a large and complex network of proteins and integrates signals through protein phosphorylation // Proc Natl Acad Sci USA. - 2013. - Vol. 30. - P. 2885-2894.
11. Yang H.Y., Kim S.H., Kim S.H., Kim D.J., Kim S.U., et al. The suppression of zfpm-1 accelerates the erythropoietic differentiation of human CD34+ cells // Biochem Biophys Res Commun. - 2007. - Vol. 353(4). - P. 978-984.
12. Zins K., Pomyje J., Hofer E., Abraham D., Lucas T., et al. Egr-1 upregulates Siva-1 expression and induces cardiac fibroblast apoptosis // Int J Mol Sci. - 2014. - Vol. 15(1). - P. 1538-1553.
13. Sekimata M., Homma Y. Regulation of Rb gene expression by an MBD2-interacting zinc finger protein MIZF during myogenic differentiation // Biochem Biophys Res Commun. - 2004. - Vol. 325(3). - P. 653-659.
14. Kumar R., Selth L.A., Schulz R.B., Tay B.S., Neilsen P.M., et al. Genome-wide mapping of ZNF652 promoter binding sites in breast cancer cells // Cell Biochem. - 2011. - Vol. 112(10) . - P. 2742-2747.
15. Spörl F., Korge S., Jürchott K., Wunderskirchner M., Schellenberg K., et al. Krüppel-like factor 9 is a circadian transcription factor in human epidermis that controls proliferation of keratinocytes // Proc Natl Acad Sci USA. - 2012. - Vol. 109(27). - P. 903-908.
16. Li J., Wang Y., Fan X., Mo X., Wang Z., et al. ZNF307, a novel zinc finger gene suppresses p53 and p21 pathway // Biochem Biophys Res Commun. - 2007. - Vol. 363(4). - P. 895-900.
2. Kaczensky P., Adiya Y., Von Wehrden H., Mijiddorj B., Walzer C., et al. Space and habitat use by wild camels in the Transaltai Gobi of Southern Mongolia // Biol. Conservation. - 2014. - Vol. 169. - P. 311-318.
3. Ivashchenko A., Berillo O., Pyrkova A., Niyazova R., Atambayeva S. MiR-3960 binding sites with mRNA of human genes // Bioinformation. - 2014. - Vol. 10(7). - P. 423-427.
4. Zhuang Y., Li D., Fu J., Shi Q., Lu Y., et al. Overexpression of AIOLOS inhibits cell proliferation and suppresses apoptosis in Nalm-6 cells // Oncol Rep. - 2014. - Vol. 31(3). - P. 1183-1190.
5. Huang L., Walter V., Hayes D.N., Onaitis M. Hedgehog-GLI signaling inhibition suppresses tumor growth in squamous lung cancer // Clin Cancer Res. - 2014. - Vol. 20(6). - P. 1566-1575.
6. Wang G., Jiang L., Song J., Zhou SF., Zhang H., et al. Mipu1 protects H9c2 myogenic cells from hydrogen peroxide-induced apoptosis through inhibition of the expression of the death receptor Fas // Int J Mol Sci. - 2014. - Vol. 15(10). - P. 18206-18220.
7. Gizard F., Robillard R., Barbier O., Quatannens B., Faucompré A., et al. TReP-132 controls cell proliferation by regulating the expression of the cyclin-dependent kinase inhibitors p21WAF1/Cip1 and p27Kip1 // Mol Cell Biol. - 2005. - Vol. 25(11). - P. 4335-4348.
8. Funke B., Puech A., Saint-Jore B., Pandita R., Skoultchi A., et al. Isolation and characterization of a human gene containing a nuclear localization signal from the critical region for velo-cardio-facial syndrome on 22q11 // Genomics. - 1998. - Vol. 53(2). - P.146-154.
9. Nomura N., Zhao M.J., Nagase T., Maekawa T., Ishizaki R., et al. HIV-EP2, a new member of the gene family encoding the human immunodeficiency virus type 1 enhancer-binding protein. Comparison with HIV-EP1/PRDII-BF1/MBP-1 // Biol Chem. - 1991. - Vol. 5. - P. 4.
10. Bard-Chapeau E.A., Gunaratne J., Kumar P., Chua B.Q., Muller J., et al. EVI1 oncoprotein interacts with a large and complex network of proteins and integrates signals through protein phosphorylation // Proc Natl Acad Sci USA. - 2013. - Vol. 30. - P. 2885-2894.
11. Yang H.Y., Kim S.H., Kim S.H., Kim D.J., Kim S.U., et al. The suppression of zfpm-1 accelerates the erythropoietic differentiation of human CD34+ cells // Biochem Biophys Res Commun. - 2007. - Vol. 353(4). - P. 978-984.
12. Zins K., Pomyje J., Hofer E., Abraham D., Lucas T., et al. Egr-1 upregulates Siva-1 expression and induces cardiac fibroblast apoptosis // Int J Mol Sci. - 2014. - Vol. 15(1). - P. 1538-1553.
13. Sekimata M., Homma Y. Regulation of Rb gene expression by an MBD2-interacting zinc finger protein MIZF during myogenic differentiation // Biochem Biophys Res Commun. - 2004. - Vol. 325(3). - P. 653-659.
14. Kumar R., Selth L.A., Schulz R.B., Tay B.S., Neilsen P.M., et al. Genome-wide mapping of ZNF652 promoter binding sites in breast cancer cells // Cell Biochem. - 2011. - Vol. 112(10) . - P. 2742-2747.
15. Spörl F., Korge S., Jürchott K., Wunderskirchner M., Schellenberg K., et al. Krüppel-like factor 9 is a circadian transcription factor in human epidermis that controls proliferation of keratinocytes // Proc Natl Acad Sci USA. - 2012. - Vol. 109(27). - P. 903-908.
16. Li J., Wang Y., Fan X., Mo X., Wang Z., et al. ZNF307, a novel zinc finger gene suppresses p53 and p21 pathway // Biochem Biophys Res Commun. - 2007. - Vol. 363(4). - P. 895-900.
Загрузки
Как цитировать
Alybaeva, A., Niyazova, R., Faye, B., & Ivashchenko, A. (2016). Сайты связывания miRNA с генами транскрипционных факторов Camelus ferus / MiRNAдың CAMELUS FERUS транскрипциялық факторлардың гендерімен байланысу сайттары. Вестник КазНУ. Серия биологическая, 65(3), 94–98. извлечено от https://bb.kaznu.kz/index.php/biology/article/view/1102
Выпуск
Раздел
МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ И ГЕНЕТИКА
