Взаимодействие miRNA с mRNA генов транскрипционных факторов семейства MYB арабидопсиса. Арабидопсис miRNA-дарымен MYB транскрипция факторлары тұқымдас гендерінің әрекеттесуі
Ключевые слова:
miRNA, mRNA, MYB, сайт связывания, арабидопсис, , байланысу сайты, арабидопсис.Аннотация
Установлены сайты связывания 40 miRNA с mRNA генов семейства MYB арабидопсиса. Для miR828 и miR858 имеется 14 и 13 генов-мишеней, соответственно. Мишенями miR 5021 и miR 5658 являются 16 и 20 генов семейства MYB, соответственно. В их mRNA выявлены множественные сайты связывания, начала которых локализованы последовательно через 1-3 нуклеотида. Семейства miR159 и miR319 имеют общие сайты связывания в mRNA шести генах MYB. 26 miRNA имеют по одному сайту связывания в mRNA 23 генов MYB. Все сайты связывания miRNA локализованы в белок кодирующей области mRNA генов-мишеней. Нуклеотидные последовательности сайтов связывания каждой miRNA гомологичны и кодируют гомологичные олигопептиды. Арабидопсис 40 miRNA-ның MYB тұқымдас гендерінің mRNA-дарымен байланысу сайттары анықталған. miR828 және miR858 үшін 14 және 13 гендер нысаналары болып табылады. 16 және 20 MYB гендері miR5021 және miR5658-дің нысаналары ретінде анықталған. Олардың mRNA-дарында басталуы біртіндеп 1-3 нуклеотидтен кейін орналасқан көптік байланысу сайттары айқындалған. miR159 және miR319 тұқымдастарының алты MYB гендер mRNA-дарында ортақ байланысу сайттары табылған. 26 miRNA 23 MYB гендер mRNA- дарымен бір сайт арқылы байланысады. Барлық байланысу сайттары нысана mRNA-дардың ақуыз кодтайтың аймағында орналасқан. Әрбір miRNA байланысу сайтының нуклеотидтік тізбектері гомологикалы болып табылады және гомологикалы олигопептидтерді кодтайдыБиблиографические ссылки
1 Mitsuda N. and Ohme-Takagi M. Functional Analysis of Transcription Factors in Arabidopsis // Plant Cell Physiol. – 2009. – Vol. 50. – P. 1232-1248.
2 Riano-Pachon D.M., Ruzicic S., Dreyer I. and Mueller-Roeber B. PlnTFDB: an integrative plant transcription factor database // BMC Bioinformatics. 2007. – Vol. 8. – P. 42.
3 Dubos C., Stracke R., Grotewold E., Weisshaar B., Martin C., Lepiniec L. MYB transcription factors in Arabidopsis // Trends in Plant Science. – 2010. – Vol. 15. – P. 573–581.
4 Zhang Y., Liang W., Shi J., Xu J., Zhang D. MYB56 Encoding a R2R3 MYB Transcription Factor Regulates Seed Size in Arabidopsis thaliana // Journal of Integrative Plant Biology. – 2013. – Vol. 55. – P. 1166-1178.
5 Li Y., Sawada Y., Hirai A., Sato M., Kuwahara A., Yan X., Hirai M.Y. Novel insights into the function of Arabidopsis R2R3- MYB transcription factors regulating aliphatic glucosinolate biosynthesis // Plant Cell Physiol. – 2013. – Vol. 54. – P. 1335-1344.
6 Liu S., Wang X., Li E., Douglas C.J., Chen J., Wang S. R2R3 MYB transcription factor PtrMYB192 regulates flowering time in Arabidopsis by activating FLOWERING LOCUS C // Journal of Plant Biology. – 2013. – Vol. 56. – P. 243-250.
7 Wang, R.-K., Cao, Z.-H. and Hao, Y.-J. Overexpression of a R2R3 MYB gene MdSIMYB1 increases tolerance to multiple stresses in transgenic tobacco and apples // Physiologia Plantarum. – 2014. – Vol. 150. – P. 76–87.
8 Seo P.J., Park C.M. MYB96-mediated abscisic acid signals induce pathogen resistance response by promoting salicylic acid biosynthesis in Arabidopsis // New Phytol. – 2010. – Vol. 186. – P. 471–483
9 Xia R., Zhu H., An Y.-G., Beers E.P., Liu Z. Apple miRNAs and tasiRNAs with novel regulatory networks // Genome Biol. – 2012. – Vol.13. – P. 47.
10 Zhou M., Luo H. MicroRNA-mediated gene regulation: potential applications for plant genetic engineering // Plant Mol Biol. – 2013. – Vol. 83. – P. 59-75.
11 Fu C., Sunkar R., Zhou C., Shen H., Zhang J-Y., Matts J., Wolf J., Mann D.G.J., Stewart C.N., Tang Y., Wang Z.Y. Overexpression of miR156 in switchgrass (Panicum virgatum L.) results in various morphological alterations and leads to improved biomass production
// Plant Biotechnol. J. – 2012. – Vol. 10. – P. 443–452.
12 Schommer C., Bresso E., Spinelli S.V., Palatnik J.F. MicroRNAs in Plant Development and Stress Responses. – Signaling and Communication in Plants 15. – H.: Springer, 2012. – 296 p.
13 Allen R.S., Li J., Alonso-Peral M.M., White R., Gubler F. and Millar A.A. MicroR159 regulation of most conserved targets in Arabidopsis has negligible phenotypic effects // Silence. – 2010. – Vol. 1. – P. 18.
14 Katiyar A., Smita S., Lenka S.K., Rajwanshi R., Chinnusamy V., Bansal K.C. Genome-wide classification and expression analysis of MYB transcription factor families in rice and Arabidopsis // BMC Genomics. – 2012. – Vol. 13. – P. 1471–2164.
15 Bari A.A., Orazova S.B., Ivashchenko A.T. miR156- and miR171-Binding Sites in the Protein-Coding Sequence of Some Plant Genes // BioMed Res. Int. – 2013. – Vol. 2013. – P. 1-7.
16 Сагайдак А.И., Пинский И.В., Иващенко А.Т., Ренье М., Бари А.А. Связывание miRNA с mRNA генов рост-регулирующих транскрипционных факторов арабидопсиса, риса и кукурузы // Вестник. Серия биологическая. – 2013. – Т.3, №59. – С. 289-292.
2 Riano-Pachon D.M., Ruzicic S., Dreyer I. and Mueller-Roeber B. PlnTFDB: an integrative plant transcription factor database // BMC Bioinformatics. 2007. – Vol. 8. – P. 42.
3 Dubos C., Stracke R., Grotewold E., Weisshaar B., Martin C., Lepiniec L. MYB transcription factors in Arabidopsis // Trends in Plant Science. – 2010. – Vol. 15. – P. 573–581.
4 Zhang Y., Liang W., Shi J., Xu J., Zhang D. MYB56 Encoding a R2R3 MYB Transcription Factor Regulates Seed Size in Arabidopsis thaliana // Journal of Integrative Plant Biology. – 2013. – Vol. 55. – P. 1166-1178.
5 Li Y., Sawada Y., Hirai A., Sato M., Kuwahara A., Yan X., Hirai M.Y. Novel insights into the function of Arabidopsis R2R3- MYB transcription factors regulating aliphatic glucosinolate biosynthesis // Plant Cell Physiol. – 2013. – Vol. 54. – P. 1335-1344.
6 Liu S., Wang X., Li E., Douglas C.J., Chen J., Wang S. R2R3 MYB transcription factor PtrMYB192 regulates flowering time in Arabidopsis by activating FLOWERING LOCUS C // Journal of Plant Biology. – 2013. – Vol. 56. – P. 243-250.
7 Wang, R.-K., Cao, Z.-H. and Hao, Y.-J. Overexpression of a R2R3 MYB gene MdSIMYB1 increases tolerance to multiple stresses in transgenic tobacco and apples // Physiologia Plantarum. – 2014. – Vol. 150. – P. 76–87.
8 Seo P.J., Park C.M. MYB96-mediated abscisic acid signals induce pathogen resistance response by promoting salicylic acid biosynthesis in Arabidopsis // New Phytol. – 2010. – Vol. 186. – P. 471–483
9 Xia R., Zhu H., An Y.-G., Beers E.P., Liu Z. Apple miRNAs and tasiRNAs with novel regulatory networks // Genome Biol. – 2012. – Vol.13. – P. 47.
10 Zhou M., Luo H. MicroRNA-mediated gene regulation: potential applications for plant genetic engineering // Plant Mol Biol. – 2013. – Vol. 83. – P. 59-75.
11 Fu C., Sunkar R., Zhou C., Shen H., Zhang J-Y., Matts J., Wolf J., Mann D.G.J., Stewart C.N., Tang Y., Wang Z.Y. Overexpression of miR156 in switchgrass (Panicum virgatum L.) results in various morphological alterations and leads to improved biomass production
// Plant Biotechnol. J. – 2012. – Vol. 10. – P. 443–452.
12 Schommer C., Bresso E., Spinelli S.V., Palatnik J.F. MicroRNAs in Plant Development and Stress Responses. – Signaling and Communication in Plants 15. – H.: Springer, 2012. – 296 p.
13 Allen R.S., Li J., Alonso-Peral M.M., White R., Gubler F. and Millar A.A. MicroR159 regulation of most conserved targets in Arabidopsis has negligible phenotypic effects // Silence. – 2010. – Vol. 1. – P. 18.
14 Katiyar A., Smita S., Lenka S.K., Rajwanshi R., Chinnusamy V., Bansal K.C. Genome-wide classification and expression analysis of MYB transcription factor families in rice and Arabidopsis // BMC Genomics. – 2012. – Vol. 13. – P. 1471–2164.
15 Bari A.A., Orazova S.B., Ivashchenko A.T. miR156- and miR171-Binding Sites in the Protein-Coding Sequence of Some Plant Genes // BioMed Res. Int. – 2013. – Vol. 2013. – P. 1-7.
16 Сагайдак А.И., Пинский И.В., Иващенко А.Т., Ренье М., Бари А.А. Связывание miRNA с mRNA генов рост-регулирующих транскрипционных факторов арабидопсиса, риса и кукурузы // Вестник. Серия биологическая. – 2013. – Т.3, №59. – С. 289-292.
Загрузки
Выпуск
Раздел
Биоинформатика, геномика и протеомика. Физико-химическая биология
