Оценка различных схем генотипирования казахстанских штаммов M.tuberculosis по 24MIRU-VNTR локусам на основе анализа числа тандемных повторов. Тандемді қайталанулар санының анализі негізінде 24 MIRU-VNTR локустары бойынша қазақстандық M.tuberculosis штаммд
58 41
Ключевые слова:
туберкулез, генотипирование, MIRU-VNTR анализ, схемы типирования, микобактерии туберкулеза, генотиптеу, MIRU-VNTR анализі, типтеу сызбанұсқалары, туберкулез микобактериялары,Аннотация
Молекулярно-генетический метод MIRU-VNTR типирования является простым и быстрым в выполнении, представляется достаточно интересным и перспективным для изучения генетического разнообразия M.tuberculosis, а так же для решения актуальных задач современной клинической микробиологии и эпидемиологии туберкулеза. В статье представлены результаты генотипир ования на основе MIRU-VNTR анализа числа тандемных повторов по 12, 15 и 24 локусам для 81 клинического изолята M.tuberculosis, собранного из 7 различных областей Казахстана. MIRU-VNTR типтеу әдісі орындауда қарапайым және жылдам әдіс болып табылады. Бұл әдістің M.tuberculosis генетикалық түрлілігін анықтауда, сонымен қатар заманауи клиникалық микробиология және туберкулез эпидемиологиясының өзекті мәселелерін шешуде келешегі зор. Мақалада Қазақстанның 7 облысынан жиналған 81 M. tuberculosis клиникалық изоляттарын 12, 15 және 24 локустар бойынша MIRU-VNTR анализі негізінде генотиптеудің нәтижелері көрсетілген.Библиографические ссылки
1 Global tuberculosis report 2014. – Geneva, World Health Organization (WHO/HTM/TB/2014.8). – 2014. – 171 p.
2 Абильдаев Т.Ш. Статический обзор по туберкулезу в Республике Казахстан. – Алматы, 2014. – 68c.
3 Groenen P. M., Bunschoten A. E., van Soolingen D., and van Embden J. D. Nature of DNA polymorphism in the direct repeat cluster of Mycobacterium tuberculosis; application for strain differentiation by a novel typing method // Mol. Microbiol. – 1993. – Vol.10. – P. 1057–1065.
4 Brudey K., Driscoll J. R., Rigouts L. et. al. Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity: mining the fourth international spoligotyping database (SpolDB4) for classification, population genetics and epidemiology // BMC Microbiol. – 2006. – Vol. 6. – P. 23.
5 Kremer K., Glynn J. R., Lillebaek T., Niemann S., Kurepina N. E., Kreiswirth B. N., Bifani P. J., and van Soolingen D.. Definition of the Beijing/W lineage of Mycobacterium tuberculosison the basis of genetic markers // J. Clin. Microbiol. – 2004. – Vol. 42. – P. 4040–4049.
6 Suresh N., Arora J., Pant H., Rana T. and Singh U. B. Spoligotyping of Mycobacterium tuberculosi sDNA from Archival Ziehl–Neelsen -stained sputum smears // J. Microbiol. Meth. -2007. – Vol. 68(2). – P. 291-295.
7 Hawkey P.M., Smith E.G., Evans J.T., Monk P., Bryan G., Mohamed H.H., Bardhan M. and Pugh R.N.. Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit Typing of Mycobacterium tuberculosis Compared to IS6110-Based Restriction Fragment Length Polymorphism Analysis for Investigation of Apparently Clustered Cases of Tuberculosis // J. Clin. Microbiol. – 2003. – Vol. 41. – P. 3514-3520.
8 Poynten M., Andresen D. N., Gottlieb T. Laboratory cross-contamination of Mycobacterium tuberculosis: an investigation and analysis of causes and consequences // Intern. Med. J. – 2002. – Vol. 32. – P. 511-512.
9 Allix-Béguec C., Supply P., and Fauville-Dufaux M. Utility of fast mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat genotyping in clinical mycobacteriological analysis // Clin. Infect. Dis. – 2004. – Vol. 39. – P. 783–789.
10 Frothingham R., Meeker-O’Connell W.A. Genetic diversity in the Mycobacterium tuberculosis complex based on variable numbers of tandem DNA repeats // Microbiol. – 1998. – Vol. 144. – P. 1189-1196.
11 Mazars E., Lesjean S., Banuls A.L., Gilbert M., Vincent V., Gicquel B., Tibayrenc M., Locht C., and Supply P. High-resolution minisatellite-based typing as a portable approach to global analysis of Mycobacterium tuberculosis molecular epidemiology // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. – 2001. – Vol. 98(4). – P. 1901–1906.
12 Supply P., Mazars E., Lesjean S., Vincent V., Gicquel B. and Locht C. Variable human minisatellite-like regions in the Mycobacterium tuberculosis genome // Molecular Microbiology. – 2000. – 36(3). – Р. 762-771.
13 Allix-Béguec C., Supply P., and Fauville-Dufaux M. Utility of fast mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat genotyping in clinical mycobacteriological analysis // Clin. Infect. Dis. – 2004. – Vol. 39. – P. 783–789.
14 Supply P., Allix C., Lesjean S., Cardoso-Oelemann M., Rusch-Gerdes, S., Willery E., Savine E., de Haas P., van Deutekom H., Roring S., Bifani P., Kurepina N., Kreiswirth B., Sola C., Rastogi N., Vatin V., Gutierrez M. C., Fauville M., Niemann S., Skuce R., Kremer K., Locht C., D. van Soolingen. Proposal for Standardization of Optimized Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit-Variable-Number Tandem Repeat Typing of Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. – 2006. – Vol. 44. –P. 4498-4510.
15 Jiao W., Mokrousov I., Sun G., Guo Y., Vyazovaya A., Narvskaya O. and Shen A. Evaluation of New Variable-Number Tandem-Repeat Systems for Typing Mycobacterium tuberculosis with Beijing Genotype Isolates from Beijing, China // J. Clin. Microbiol. – 2008. – Vol. 46(3). – P. 1045–1049.
2 Абильдаев Т.Ш. Статический обзор по туберкулезу в Республике Казахстан. – Алматы, 2014. – 68c.
3 Groenen P. M., Bunschoten A. E., van Soolingen D., and van Embden J. D. Nature of DNA polymorphism in the direct repeat cluster of Mycobacterium tuberculosis; application for strain differentiation by a novel typing method // Mol. Microbiol. – 1993. – Vol.10. – P. 1057–1065.
4 Brudey K., Driscoll J. R., Rigouts L. et. al. Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity: mining the fourth international spoligotyping database (SpolDB4) for classification, population genetics and epidemiology // BMC Microbiol. – 2006. – Vol. 6. – P. 23.
5 Kremer K., Glynn J. R., Lillebaek T., Niemann S., Kurepina N. E., Kreiswirth B. N., Bifani P. J., and van Soolingen D.. Definition of the Beijing/W lineage of Mycobacterium tuberculosison the basis of genetic markers // J. Clin. Microbiol. – 2004. – Vol. 42. – P. 4040–4049.
6 Suresh N., Arora J., Pant H., Rana T. and Singh U. B. Spoligotyping of Mycobacterium tuberculosi sDNA from Archival Ziehl–Neelsen -stained sputum smears // J. Microbiol. Meth. -2007. – Vol. 68(2). – P. 291-295.
7 Hawkey P.M., Smith E.G., Evans J.T., Monk P., Bryan G., Mohamed H.H., Bardhan M. and Pugh R.N.. Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit Typing of Mycobacterium tuberculosis Compared to IS6110-Based Restriction Fragment Length Polymorphism Analysis for Investigation of Apparently Clustered Cases of Tuberculosis // J. Clin. Microbiol. – 2003. – Vol. 41. – P. 3514-3520.
8 Poynten M., Andresen D. N., Gottlieb T. Laboratory cross-contamination of Mycobacterium tuberculosis: an investigation and analysis of causes and consequences // Intern. Med. J. – 2002. – Vol. 32. – P. 511-512.
9 Allix-Béguec C., Supply P., and Fauville-Dufaux M. Utility of fast mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat genotyping in clinical mycobacteriological analysis // Clin. Infect. Dis. – 2004. – Vol. 39. – P. 783–789.
10 Frothingham R., Meeker-O’Connell W.A. Genetic diversity in the Mycobacterium tuberculosis complex based on variable numbers of tandem DNA repeats // Microbiol. – 1998. – Vol. 144. – P. 1189-1196.
11 Mazars E., Lesjean S., Banuls A.L., Gilbert M., Vincent V., Gicquel B., Tibayrenc M., Locht C., and Supply P. High-resolution minisatellite-based typing as a portable approach to global analysis of Mycobacterium tuberculosis molecular epidemiology // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. – 2001. – Vol. 98(4). – P. 1901–1906.
12 Supply P., Mazars E., Lesjean S., Vincent V., Gicquel B. and Locht C. Variable human minisatellite-like regions in the Mycobacterium tuberculosis genome // Molecular Microbiology. – 2000. – 36(3). – Р. 762-771.
13 Allix-Béguec C., Supply P., and Fauville-Dufaux M. Utility of fast mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat genotyping in clinical mycobacteriological analysis // Clin. Infect. Dis. – 2004. – Vol. 39. – P. 783–789.
14 Supply P., Allix C., Lesjean S., Cardoso-Oelemann M., Rusch-Gerdes, S., Willery E., Savine E., de Haas P., van Deutekom H., Roring S., Bifani P., Kurepina N., Kreiswirth B., Sola C., Rastogi N., Vatin V., Gutierrez M. C., Fauville M., Niemann S., Skuce R., Kremer K., Locht C., D. van Soolingen. Proposal for Standardization of Optimized Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit-Variable-Number Tandem Repeat Typing of Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. – 2006. – Vol. 44. –P. 4498-4510.
15 Jiao W., Mokrousov I., Sun G., Guo Y., Vyazovaya A., Narvskaya O. and Shen A. Evaluation of New Variable-Number Tandem-Repeat Systems for Typing Mycobacterium tuberculosis with Beijing Genotype Isolates from Beijing, China // J. Clin. Microbiol. – 2008. – Vol. 46(3). – P. 1045–1049.
Загрузки
Как цитировать
Kozhamkulov, U., Аkhmetova А., Bismilda, V., Chingissova, L., Zholdybayeva Е., & Akilzhanova А. (2015). Оценка различных схем генотипирования казахстанских штаммов M.tuberculosis по 24MIRU-VNTR локусам на основе анализа числа тандемных повторов. Тандемді қайталанулар санының анализі негізінде 24 MIRU-VNTR локустары бойынша қазақстандық M.tuberculosis штаммд. Вестник КазНУ. Серия биологическая, 62(3), 55–60. извлечено от https://bb.kaznu.kz/index.php/biology/article/view/367
Выпуск
Раздел
МИКРОБИОЛОГИЯ
