АМПЛИФИКАЦИЯ И ПОВЫШЕННАЯ ЭКСПРЕССИЯ ГЕНА ZNF281 ПРИ РАКЕ ПОДЖЕЛУДОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ КОРРЕЛИРУЮТ С НЕГАТИВНЫМ ПРОГНОЗОМ
DOI:
https://doi.org/10.26577/eb.2022.v93.i4.08Ключевые слова:
Polycomb, ZNF281, oncology, pancreatic cancerАннотация
Установление точных паттернов экспрессии генов в разных типах клеток необходимо для правильной дифференцировки и развития многоклеточных организмов. Результирующий уровень транскрипции определяется как генетически нуклеотидной последовательностью ДНК, так и эпигенетическими факторами, модифицирующими хроматин. Группа Polycomb (PcG) представляет собой эволюционно консервативную группу эпигенетических белков, которые контролируют неактивное состояние генов. Нарушение активности белков группы Polycomb приводит к аномалиям развития и к онкологическим заболеваниям. Белки PcG образуют два основных комплекса: Polycomb Repressive Complex 1 (PRC1) и Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2), которые обладают убиквитинлигазной и гистонметилтрансферазной ферментативной активностью, соответственно. Было предложено несколько механизмов для объяснения принципов рекрутирования белков Polycomb у млекопитающих, один из которых включает взаимодействие со специфическими ДНК-связывающими факторами. В то время как нарушение регуляции основных генов PcG при раке хорошо задокументировано, роль ДНК-связывающих партнеров PcG в онкологии остается не ясной.
В настоящем исследовании мы проанализировали общедоступные порталы геномных и транскриптомных баз данных клинических образцов опухолей (cBioPortal, TNMplot, KMplot) для оценки корреляций ДНК-связывающих белков, ассоциированных с Polycomb. Мы обнаружили, что амплификация и повышенная экспрессия гена ZNF281 часто присутствуют при раке поджелудочной железы и коррелируют с негативным прогнозом общей выживаемости.
Библиографические ссылки
Kuroda MI, Kang H, De S, Kassis JA. Dynamic Competition of Polycomb and Trithorax in Transcriptional Programming. Annu Rev Biochem. 2020. 89:235-253. doi: 10.1146/annurev-biochem-120219-103641.
Schuettengruber B, Bourbon HM, Di Croce L, Cavalli G. Genome Regulation by Polycomb and Trithorax: 70 Years and Counting. Cell. 2017. 171(1):34-57. doi: 10.1016/j.cell.2017.08.002.
Di Croce L, Helin K. Transcriptional regulation by Polycomb group proteins. Nat Struct Mol Biol. 2013. 20(10):1147-55. doi: 10.1038/nsmb.2669.
Chetverina D.A., Lomaev D.V., Georgiev P.G., Erokhin M.M. Genetic Impairments of PRC2 Activity in Oncology: Problems and Prospects. Russian Journal of Genetics. 2021. 57(3), 258-272.
Parreno V, Martinez AM, Cavalli G. Mechanisms of Polycomb group protein function in cancer. Cell Res. 2022. 32(3):231-253. doi: 10.1038/s41422-021-00606-6.
Erokhin M, Chetverina O, Győrffy B, Tatarskiy VV, Mogila V, Shtil AA, Roninson IB, Moreaux J, Georgiev P, Cavalli G, Chetverina D. Clinical Correlations of Polycomb Repressive Complex 2 in Different Tumor Types. Cancers (Basel). 2021. 13(13):3155. doi: 10.3390/cancers13133155.
Chetverina DA, Lomaev DV, Erokhin MM. Polycomb and Trithorax Group Proteins: The Long Road from Mutations in Drosophila to Use in Medicine. Acta Naturae. 2020. 12(4):66-85. doi: 10.32607/actanaturae.11090.
Straining R, Eighmy W. Tazemetostat: EZH2 Inhibitor. J Adv Pract Oncol. 2022 13(2):158-163. doi: 10.6004/jadpro. 2022. 13.2.7.
Hoy SM. Tazemetostat: First Approval. Drugs. 2020 80(5):513-521. doi: 10.1007/s40265-020-01288-x.
Kassis JA, Brown JL. Polycomb group response elements in Drosophila and vertebrates. Adv Genet. 2013. 81:83-118. doi: 10.1016/B978-0-12-407677-8.00003-8.
Chetverina DA, Elizar’ev PV, Lomaev DV, Georgiev PG, Erokhin MM. [Control of the gene activity by polycomb and trithorax group proteins in Drosophila]. Genetika. 2017. 53(2):133-54. Russian.
Erokhin M, Georgiev P, Chetverina D. Drosophila DNA-Binding Proteins in Polycomb Repression. Epigenomes. 2018. 2(1):1. doi: 10.3390/epigenomes2010001.
Oughtred R, Rust J, Chang C, Breitkreutz BJ, Stark C, Willems A, Boucher L, Leung G, Kolas N, Zhang F, et al. The BioGRID database: A comprehensive biomedical resource of curated protein, genetic, and chemical interactions. Protein Sci. 2021. 30(1):187-200. doi: 10.1002/pro.3978.
Bartha Á, Győrffy B. TNMplot.com: A Web Tool for the Comparison of Gene Expression in Normal, Tumor and Metastatic Tissues. Int J Mol Sci. 2021. 22(5):2622. doi: 10.3390/ijms22052622.
Nagy Á, Munkácsy G, Győrffy B. Pancancer survival analysis of cancer hallmark genes. Sci Rep. 2021. 11(1):6047. doi: 10.1038/s41598-021-84787-5.
Cerami E, Gao J, Dogrusoz U, Gross BE, Sumer SO, Aksoy BA, Jacobsen A, Byrne CJ, Heuer ML, Larsson E, et al. The cBio cancer genomics portal: an open platform for exploring multidimensional cancer genomics data. Cancer Discov. 2012. 2(5):401-4. doi: 10.1158/2159-8290.CD-12-0095.
Fedotova AA, Bonchuk AN, Mogila VA, Georgiev PG. C2H2 Zinc Finger Proteins: The Largest but Poorly Explored Family of Higher Eukaryotic Transcription Factors. Acta Naturae. 2017. 9(2):47-58.
Itoh Y, Takada Y, Yamashita Y, Suzuki T. Recent progress on small molecules targeting epigenetic complexes. Curr Opin Chem Biol. 2022. 67:102130. doi: 10.1016/j.cbpa.2022.102130.
Eich ML, Athar M, Ferguson JE 3rd, Varambally S. EZH2-Targeted Therapies in Cancer: Hype or a Reality. Cancer Res. 2020. 80(24):5449-5458. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-20-2147.
Wassef M, Rodilla V, Teissandier A, Zeitouni B, Gruel N, Sadacca B, Irondelle M, Charruel M, Ducos B, Michaud A, et al. Impaired PRC2 activity promotes transcriptional instability and favors breast tumorigenesis. Genes Dev. 2015. 29(24):2547-62. doi: 10.1101/gad.269522.115.
Veneti Z, Gkouskou KK, Eliopoulos AG. Polycomb Repressor Complex 2 in Genomic Instability and Cancer. Int J Mol Sci. 2017. 18(8):1657. doi: 10.3390/ijms18081657.
Kim J. Cell Dissemination in Pancreatic Cancer. Cells. 2022. 11(22):3683. doi: 10.3390/cells11223683.
Ilic M, Ilic I. Epidemiology of pancreatic cancer. World J Gastroenterol. 2016. 22(44):9694-9705. doi: 10.3748/wjg.v22.i44.9694.
Kamisawa T, Wood LD, Itoi T, Takaori K. Pancreatic cancer. Lancet. 2016. 388(10039):73-85. doi: 10.1016/S0140-6736(16)00141-0.
