Основы функционирования и использования биосенсоров

Авторы

  • Z. M. Biyasheva Казахский национальный университет имени аль-Фараби, г. Алматы
  • M. N. Temirbekova Әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университеті, Алматы қ.
  • L. V. Omel'yanchuk Институт молекулярной и клеточной биологии, г. Новосибирск Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, г. Новосибирск

Ключевые слова:

биосенсор, фермент, ДНК, иммобилизация, окружающая среда, токсикант, GFP, люцифераза.

Аннотация

Жұмыс қоршаған ортаның ластануын бақылау үшін пайдаланылатын қолданыстағы түрлі биосенсорларға арналған. Биосенсорлар түрлерінің тізімі келтірілген. Ферментті, микробтық және ДНКлық сенсорлердің физикалық жұмыс істеу қағидалары қарастырылған. Эртүрлі ластаушы заттарға сәйкес жауап беретін экспрессияланатын гендердің спектрінің айырмашылықтарына әдебиет мәлеметтері келтірілген. Бұл ұлпаның флуоресцентті сигналы арқылы өзгеше ластаушыға жауап беретін желілер жинагын жасауға және осылайша жоғары эукариот негізіндегі оптосенсорын жүзеге асыруына мүмкіндік береді. Шынында да, қазіргі уақытта дрозофиланың P-элемент кірістіруі (соның ішінде энхансерлік және GFP- белоктық аулағыштар) арқылы гендердің белсенділігін тіркеу болатын генетикалық жинағы өте кең. Drosophila melanogaster генетикалық құрылымының негізінде, микробиологиялық оптосенсорларға жақын немесе оларданың сезімталдығы мен ерекшеліктерінен асып түсетін биосенсерлер құру мүмкіндігі жайлы қорытынды жасалды. Работа посвящена рассмотрению существующего разнообразия биосенсоров, используемых для контроля загрязнений окружающей среды. Представлен перечень типов биосенсоров. Рассмотрены физические принципы действия ферментных, микробных и ДНК-сенсоров. Представлены литературные данные о различиях в спектре экспрессирующихся генов в ответ на различные загрязнители. Это дает возможность создать коллекцию линий, отвечающих на специфический загрязнитель с помощью флуоресцентного сигнала тканей и тем самым реализовать оптосенсор на основе высших эукариот. Действительно, в настоящее время генетические коллекции P-элементных инсерций (в частности энхансерных и GFP-белковых ловушек) дрозофилы, с помощью которых можно регистрировать активность генов, очень широк. Сделано заключение, что возможно создание биосенсоров на основе генетических конcтрукций Drosophila melanogaster, близких по свойствам к микробиологическим оптосенсорам или превосходящих их по чувствительности и специфичности. The work is devoted to the existing variety of biosensors used to control environmental pollution. Provides a list of types of biosensors. The physical principles of enzymatic, microbial and DNA-sensors have been studied. Literature data about the differences in the spectrum of expressed genes in response to various pollutants. This makes it possible to create a collection of lines corresponding to a specific contaminant through the fluorescent signal of tissue and thereby realize Optosensor by higher eukaryotes. Indeed, now genetic collections P-element insertion (in particular enhancer protein and GFP-trap) of Drosophila, via which it is possible to register the activity of genes greatly. According to the conclusion that it is possible to create biosensors based on Drosophila melanogaster genetic constructs, that are similar to the properties of microbiological optosensors or exceeding their sensivity and specoficity.

Биографии авторов

Z. M. Biyasheva, Казахский национальный университет имени аль-Фараби, г. Алматы

Бияшева Зарема Маратқызы Биология ғылымдарының кандидаты, Әл-Фараби атындағы ҚазҰУ молекулалық биология және генетика кафедрасының доценті, проф.м.а. e-mail: zarbiya@mail.ru

M. N. Temirbekova, Әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университеті, Алматы қ.

Темірбекова Маржан Нұрланқызы Әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университетінің Биология және биотехнология факультеті 4-ші курс студенті. e-mail: marjana_93@mail.ru

L. V. Omel'yanchuk, Институт молекулярной и клеточной биологии, г. Новосибирск Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, г. Новосибирск

Омельянчук Леонид Владимирұлы Биология ғылымдарының докторы, доцент Молекулалық және клеткалық биология институты СБ РҒА, Жасуша Циклі зертханасының меңгерушісі тел. 330-91-19, 8-913-205-5802, Новосибирск 630090, Золотодолинская 21-34, e-mail: ome@mcb.nsc.ru

Библиографические ссылки

Литература:

1 Евтюгин Г.А., Будников Г.К., Стойкова Е.Е. Основы биосенсорики: Учебное пособие. – Казань: Казанский гос. Ун-т, 2007. – 80 с.
2 Будников Г.К., Майстренко В.Н. Вяселев М.Р. Основы современного еьлектрохимического анализа ( Методы в химии). М.: Мир-БИНОМ, -2003. – 592 с.
3 Будников Г.К., Майстренко В.Н., Муринов Ю.И. Вольтампериметрия с модифицированными и ультрамикроэлектродами. М.: Наука, -1994. -239 с.
4 Варфоломеев С.Д. Химическая энзимология. М.: Академия, -2005. – 480 с.
5 http://www.gastroscan.ru/literature/authors/4789
6 Rickert J., Hayward G.L., Cavic-Vlasak B.A., Thompson M.,Gopel W. In: Sensors Update 5. Weinheim: Wiley-VCH,-1999. -P. 105.
7 Будников Г. К. Биосенсоры как новый тип аналитических устройств// Соросовский образовательный журн. -1996.-№12(26) –С. 26-32.
8 Clark L.C., Lyons C. // Ann N.Y Acad. Sci. -1962. –Vol.102. -P. 29-45.
9 Березин И.В., Богдановская В.А., Варфоломеев С.Д. и др. // Докл. АН СССР.-1978. -Т.240. -С. 615-619.
10 Корпан Я.И., Ельская А.В. // Биохимия. -1995. -Т.60. -С. 1988-1998.
11 Lozinsky V.I. et al. // Biotechnol. Lett. -1984.- Vol.2. –P. 43-48.
12 Евтюгин Г.A. Разработка электрохимических биосенсоров для чувствительного обнаружения специфических взаимодействий ДНК. -Дортмунд, - 2002. - С.90.
13 Стойкова Е.Е, Гольдфарб О.Э., Белякова С.В.,Евтюгин Г.А.,Будников Г.К. // Вестник ТО РЭА.//- 2003.- №3.- С. 51-55.
14 Будников Г.К, Голдфарб О.Е., Белякова С.В., // 17 Международный симпозиум по Биоэлектрохимия и биоэнергетики. Флоренция, Италия, 19-24 июня, 2003.- С. 198.
15 Евтюгин Г.А, Голдфарб О.Е, Абдуллин Т.И., Будников Г.К. // "Новые тенденции в биосенсоров нуклеиновых кислот на основе", - 2003.- С. 25.
16 D’Souza S.F. Microbial biosensors // Biosens. Bioelectron. -2001. –Vol.16. -P. 337–353.
17 Bourgeois W., Burgess J.E., Stuetz R.M. On-line monitoring of wastewater quality: a review // Journal of Chemical Technology and Biotechnology. -2001. –Vol. 76. –P. 337-348.
18 Yu Lei., Wilfred Chen., Ashok Mulchandani //Microbial Biosensors/ Analytica Chimica Acta -2006. –P. 200-210.
19 Merkoci A. // Biosensing Using Nanomaterials. – Hoboken: Wiley, 2009. –P. 499.
20 Karyakin A.A. / Electrochemical sensors, Biosensors and their Biomedical Applications. N.Y., -2008. -P. 411.
21 Farre M., Barcelo D., Characterizationof wastewater toxicity by means of a whole-cell bacterial biosensor, using Pseudomonas putida in conjunction with chemical analysis // J. basic Microbiol. -2006. -Vol.46 №5. -P. 339-347.
22 Будников Г.К., Евтюгин Г.А., Майстренко В.Н. Модифицированные электроды для вольтамперометрии в химии,биологии и медицине. -2010. – 416 с.
23 Manukhov I.V., Melkina O.E., Goryanin I.I, Zavilgelsky G.B. The N-terminal domain of the Aliivibrio fischeri LuxR is a target of the GroEL chaperon in. // Journal of Bacteriology. – 2010. – Vol. 192. – № 20. – P. 5549-5551.
24 Мелькина О. Е., Горянин И.И. GroEL шаперон необходим для фолдинга N-концевого домена LuxR – активатора транскрипции lux-оперона Vibrio fischeri. // Материалы V съезда Вавиловского общества генетиков и селекционеров. – Москва. – 2009. – С. 71.
25 Горянин И.И., Мелькина О.Е., Манухов И.В., Завильгельский Г.Б. Сравнительный анализ активности Триггер Фактора из мезофильных и психрофильных бактерий в процессе ренатурации люцифераз. // VI Съезд ВОГиС и ассоциированные генетические симпозиумы. – Новосибирск – 2014. – С. 45.
26 Хрульнова С.А., Марышев И.В., Манухов И.В., Горянин И.И., Васильева А., Салихова А., Завильгельский Г.Б. Механизмы Quorum Sensing у психрофильных бактерий Aliivibrio logei: сравнительный анализ активности белков-регуляторов LuxR1 и LuxR2. // VI Съезд ВОГиС и ассоциированные генетические симпозиумы. – Новосибирск. – 2014. – С. 178.
27 Li Y.F., Li F.Y., Ho C.L., Liao V.H. Construction and comparison of fluorescence and bioluminescence bacterial biosensors for the detection of bioavailable toluene and related compounds / Y.F. Li [et al.] // Environ Pollut. -2008. -Vol.152. -№1. -P. 123–132.
28 Ormö M, Cubitt AB, Kallio K, Gross LA, Tsien RY, Remington SJ. Crystal Structure of the Aequorea victoria Green Fluorescent Protein. Science -1996. -№273(5280) http://www.sciencemag.org/content/273/5280/1392.long.
29 Osamu Shimomura - Nobel Lecture: Discovery of Green Fluorescent Protein, GFP: Nobelprize.org http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2008/shimomura-lecture.html.
30 Tsien R.Y., The Green Fluorescent Protein. Annual Reviews of Biochemistry. -1998.;-№67.-P.509-544. http://www.annualreviews.org/doi/pdf/10.1146/annurev.biochem.67.1.509.
31 Moskalev A., Shaposhnikov M., Snezhkina, A., Kogan V., Plyusnina E., Peregudova D., Melnikova N., Uroshlev L., Mylnikov S., DmitrievA., Plusnin S., Fedichev P., Kudryavtseva A., Mining Gene Expression Data for Pollutants (Dioxin, Toluene, Formaldehyde) and Low Dose of Gamma-Irradiation PLOS ONE 2014 | Volume 9 | Issue 1 | e86051.

References:

1 Evtjugin G.A., Budnikov G.K., Stojkova E.E. Osnovy biosensoriki: Uchebnoe posobie. – Kazan': Kazanskij gos. Un-t, 2007. – 80 s.
2 Budnikov G.K., Majstrenko V.N. Vjaselev M.R. Osnovy sovremennogo e'lektrohimicheskogo analiza ( Metody v himii). M.: Mir-BINOM, -2003. – 592 s.
3 Budnikov G.K., Majstrenko V.N., Murinov Ju.I. Vol'tamperimetrija s modificirovannymi i ul'tramikrojelektrodami. M.: Nauka, -1994. -239 s.
4 Varfolomeev S.D. Himicheskaja jenzimologija. M.: Akademija, 2005. – 480 s.
5 http://www.gastroscan.ru/literature/authors/4789
6 Rickert J., Hayward G.L., Cavic-Vlasak B.A., Thompson M.,Gopel W. In: Sensors Update 5. Weinheim: Wiley-VCH,-1999. -P. 105.
7 Budnikov G. K. Biosensory kak novyj tip analiticheskih ustrojstv// Sorosovskij obrazovatel'nyj zhurn. -1996.-№12(26) –S. 26-32.
8 Clark L.C., Lyons C. // Ann N.Y Acad. Sci. -1962. –Vol.102. -P. 29-45.
9 Berezin I.V., Bogdanovskaja V.A., Varfolomeev S.D. i dr. // Dokl. AN SSSR.-1978. -T.240. -S. 615-619.
10 Korpan Ja.I., El'skaja A.V. // Biohimija. -1995. -T.60. -S. 1988-1998.
11 Lozinsky V.I. et al. // Biotechnol. Lett. -1984.- Vol.2. –P. 43-48.
12 Evtjugin G.A. Razrabotka jelektrohimicheskih biosensorov dlja chuvstvitel'nogo obnaruzhenija specificheskih vzaimodejstvij DNK. -Dortmund, - 2002. - S.90.
13 Stojkova E.E, Gol'dfarb O.Je., Beljakova S.V.,Evtjugin G.A.,Budnikov G.K. // Vestnik TO RJeA.//- 2003.- №3.- S. 51-55.
14 Budnikov G.K, Goldfarb O.E., Beljakova S.V., // 17 Mezhdunarodnyj simpozium po Biojelektrohimija i biojenergetiki. Florencija, Italija, 19-24 ijunja, 2003.- S. 198.
15 Evtjugin G.A, Goldfarb O.E, Abdullin T.I., Budnikov G.K. // "Novye tendencii v biosensorov nukleinovyh kislot na osnove", - 2003.- S. 25.
16 D’Souza S.F. Microbial biosensors // Biosens. Bioelectron. -2001. –Vol.16. -P. 337–353.
17 Bourgeois W., Burgess J.E., Stuetz R.M. On-line monitoring of wastewater quality: a review // Journal of Chemical Technology and Biotechnology. -2001. –Vol. 76. –P. 337-348.
18 Yu Lei., Wilfred Chen., Ashok Mulchandani //Microbial Biosensors/ Analytica Chimica Acta -2006. –P. 200-210.
19 Merkoci A. // Biosensing Using Nanomaterials. – Hoboken: Wiley, 2009. –P. 499.
20 Karyakin A.A. / Electrochemical sensors, Biosensors and their Biomedical Applications. N.Y., -2008. -P. 411.
21 Farre M., Barcelo D., Characterizationof wastewater toxicity by means of a whole-cell bacterial biosensor, using Pseudomonas putida in conjunction with chemical analysis // J. basic Microbiol. -2006. -Vol.46 №5. -P. 339-347.
22 Budnikov G.K., Evtjugin G.A., Majstrenko V.N. Modificirovannye jelektrody dlja vol'tamperometrii v himii,biologii i medicine. -2010. – 416 s.
23 Manukhov I.V., Melkina O.E., Goryanin I.I, Zavilgelsky G.B. The N-terminal domain of the Aliivibrio fischeri LuxR is a target of the GroEL chaperon in. // Journal of Bacteriology. – 2010. – Vol. 192. – № 20. – P. 5549-5551.
24 Mel'kina O. E., Gorjanin I.I. GroEL shaperon neobhodim dlja foldinga N-koncevogo domena LuxR – aktivatora transkripcii lux-operona Vibrio fischeri. // Materialy V s#ezda Vavilovskogo obshhestva genetikov i selekcionerov. – Moskva. – 2009. – S. 71.
25 Gorjanin I.I., Mel'kina O.E., Manuhov I.V., Zavil'gel'skij G.B. Sravnitel'nyj analiz aktivnosti Trigger Faktora iz mezofil'nyh i psihrofil'nyh bakterij v processe renaturacii ljuciferaz. // VI S#ezd VOGiS i associirovannye geneticheskie simpoziumy. – Novosibirsk – 2014. – S. 45.
26 Hrul'nova S.A., Maryshev I.V., Manuhov I.V., Gorjanin I.I., Vasil'eva A., Salihova A., Zavil'gel'skij G.B. Mehanizmy Quorum Sensing u psihrofil'nyh bakterij Aliivibrio logei: sravnitel'nyj analiz aktivnosti belkov-reguljatorov LuxR1 i LuxR2. // VI S#ezd VOGiS i associirovannye geneticheskie simpoziumy. – Novosibirsk. – 2014. – S. 178.
27 Li Y.F., Li F.Y., Ho C.L., Liao V.H. Construction and comparison of fluorescence and bioluminescence bacterial biosensors for the detection of bioavailable toluene and related compounds / Y.F. Li [et al.] // Environ Pollut. -2008. -Vol.152. -№1. -P. 123–132.
28 Ormö M, Cubitt AB, Kallio K, Gross LA, Tsien RY, Remington SJ. Crystal Structure of the Aequorea victoria Green Fluorescent Protein. Science -1996. -№273(5280) http://www.sciencemag.org/content/273/5280/1392.long.
29 Osamu Shimomura - Nobel Lecture: Discovery of Green Fluorescent Protein, GFP: Nobelprize.org http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2008/shimomura-lecture.html.
30 Tsien R.Y., The Green Fluorescent Protein. Annual Reviews of Biochemistry. -1998.;-№67.-P.509-544. http://www.annualreviews.org/doi/pdf/10.1146/annurev.biochem.67.1.509.
31 Moskalev A., Shaposhnikov M., Snezhkina, A., Kogan V., Plyusnina E., Peregudova D., Melnikova N., Uroshlev L., Mylnikov S., DmitrievA., Plusnin S., Fedichev P., Kudryavtseva A., Mining Gene Expression Data for Pollutants (Dioxin, Toluene, Formaldehyde) and Low Dose of Gamma-Irradiation PLOS ONE 2014 | Volume 9 | Issue 1 | e86051.

Загрузки

Выпуск

Раздел

Экспериментальная биология. Биолог-кие осн. генофонда и развитие науч. исслед. в обл. селек-генетич. исслед. с/х культур

Наиболее читаемые статьи этого автора (авторов)