УНИВЕРСАЛДЫ ПРАЙМЕРЛЕР ЖӘНЕ ФЛУОРЕСЦЕНТТІ ЗОНД БАРЛЫҚ ОМЫРТҚАЛЫЛАРДА 18S рРНҚ ГЕНІН АНЫҚТАДЫ
DOI:
https://doi.org/10.26577/eb.2022.v92.i3.010Кілттік сөздер:
Нақты-уақыттағы-ПТР, 18S рРНҚ, референстік ген, омыртқалылар, ішкі бақылау геніАннотация
Аннотация. Нақты-уақыттағы-ПТР негізіндегі сынақ жүйелері арқылы мақсатты гендерді анықтау жалған теріс нәтижелерді болдырмау үшін ішкі бақылау генін бір мезгілде анықтауды талап етеді. Эндогендік ішкі бақылау гендерінің (референстік гендер) экзогендік ішкі бақылауларға (IБ) қарағанда артықшылығы бар, өйткені олар ағзаның жасушалық хромосомалық ДНҚ бөлігі болып табылады. Референстік гендердің кемшілігі бар, өйткені олар әр биологиялық түр үшін өзгереді, бұл әрбір жеке биологиялық түр үшін праймерлер мен флуоресцентті зондтардың қосымша дамуын тудырады, бұл қосымша уақыт пен қаражатты қажет етеді. Соңғы жылдары көптеген зерттеулер биологиялық объектілердің кең ауқымында – тұтас класста немесе тіпті тірі патшалықта анықтамалық генді анықтауға қабілетті праймерлердің/зондтардың әмбебап жиынтықтарын әзірлеуге арналған. Праймерлердің/зондтардың мұндай әмбебап жинақтары диагностикалық мақсаттарда қолданылатын нақты-уақыттағы-ПТР негізіндегі сынақтарды біріктіруге әкеледі. Бұл құжат омыртқалылар қосалқы түріне кіретін түрлердегі 18S рРНҚ анықтамалық генін анықтауға арналған осындай жинақты ұсынады. Әзірленген жиынтықты пайдалана отырып, 18S рРНҚ гені зерттеу барысында сүтқоректілердің, савропсидтердің, қосмекенділердің және сүйекті балықтардың ДНҚ үлгілерінде анықталды; ол 100% ерекшелігін көрсетті. Жиын сонымен қатар әртүрлі мультиплексті нақты-уақыттағы-ПТР-де сыналған және тетраплекстік талдауда ерекшелік пен сезімталдық сақталды.
Библиографиялық сілтемелер
Ahmed W., Simpson S.L., Bertsch P.M., Bibby K., Bivins A., Blackall L.L., Bofill-Mas S., et al. (2022) Minimizing errors in RT-PCR detection and quantification of SARS-CoV-2 RNA for wastewater surveillance. Science of The Total Environment, vol. 805, 149877. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.149877.
Pecoraro V., Negro A., Pirotti T., Trenti T. (2022) Estimate false-negative RT-PCR rates for SARS-CoV-2. A systematic review and meta-analysis. Eur J Clin Invest. vol. 52(2), e13706. doi:10.1111/eci.13706.
Wilson C.C., Wozney K.M., Smith C.M. (2016) Recognizing false positives: synthetic oligonucleotide controls for environmental DNA surveillance. Methods in Ecology and Evolution, vol. 7, pp.23-29. doi: 10.1111/2041-210X.12452.
Dingle K.E., Crook D., Jeffry K. (2004) Stable and noncompetitive RNA internal control for routine clinical diagnostic reverse transcription PCR. Journal of Clinical Microbiology, vol. 42, pp. 1003-1011. https://doi:10.1128/JCM.42.3.1003-1011.2004
Kozera B., Rapacz M. (2013) Reference genes in real-time PCR. J Appl Genet., vol. 54(4), pp. 391-406. https://doi:10.1007/s13353-013-0173-x
Wang Y., Zhang J., Patrick K. et al. (2020) Hydroxymethylbilane synthase (HMBS) gene-based endogenous internal control for avian species. AMB Expr., vol. 10(181), https://doi.org/10.1186/s13568-020-01112-5
Modarelli J.J., Ferro P.J., Esteve-Gasent M.D. (2018) Development and application of a canine endogenous internal positive control for use in real-time PCR assays. J Vet Diagn Invest., vol. 30(5), pp. 789-792. https://doi: 10.1177/1040638718795206
Mittelberger C., Obkircher L., Oberkofler V., et al. (2020) Development of a universal endogenous qPCR control for eukaryotic DNA samples. Plant Methods, vol. 16(53), https://doi:10.1186/s13007-020-00597-2
Sochorová J., Garcia S., Gálvez F., Symonová R., Kovařík A. (2018) Evolutionary trends in animal ribosomal DNA loci: introduction to a new online database. Chromosoma, vol. 127, pp. 141-150. https://doi.org/10.1007/s00412-017-0651-8
Long E.O., Dawid I.B. (1980) Repeated genes in eukaryotes. Annu Rev Biochem., vol. 49, pp. 727-764. doi:10.1146/annurev.bi.49.070180.003455.
Smirnov E., Chmúrčiaková N., Liška F., Bažantová P., Cmarko D. (2021). Variability of Human rDNA. Cells, vol. 10(2), pp. 196. https://doi.org/10.3390/cells10020196
Ming L., Ying Zh., Xia H., Pengfei W., Peng S., Xianhua Z., Xiangqing M. (2020) Screening method of fir reference gene in different tissues and application of screening gene as reference gene. Patent CN108085409B (Application CN201711463831.2A, 2017-12-28).
Huipeng P., Chunxiao Y., Baoli Q., Jianhui W., Wen S., Xingmin W., Fengliang J. (2017) The reference gene combination and its application of Harmonia axyridia stable expression under the different factors. Patent CN107858438A (Application CN201710949106.XA, 2017-10-12).
Suthanthiran M., Ding R., Schwartz J.E., Shaked A. (2017) Methods to detect, treat and prevent acute cellular rejection in kidney allografts. Patent US9758828B2 (Application US14/170, 2013-01-31).
Wen Y., Tangbiao M., Rong L., Hongmei H., Jie Sh. (2020) Application of 18S RNA in qRT-PCR detection of gene expression before and after ovarian cancer cell hypoxia stimulation. Patent CN110951879B (Application CN201911347514.3A, 2019-12-24).
McKiernan H.E., Danielson P.B. Molecular Diagnostic Applications in Forensic Science. 3d ed. NY: Academic Press; 2017. Chapter 21, Molecular Diagnostics; p. 371-394. doi.org/10.1016/B978-0-12-802971-8.00021-3.
Mueller T., Wullimann M.F. (2016) Comparison of Vertebrate model systems: model systems, in: Mueller T., Wullimann M.F. (Eds.), Atlas of early Zebrafish brain development (Second Edition), Elsevier, pp. 205-226. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-418669-9.00004-0.
Humphray S.J., Scott C.E., Clark R., Marron B., Bender C., Camm N., Davis J., et al. (2007) A high utility integrated map of the pig genome. Genome Biol., vol. 8, R139. https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-7-r139
Warr A., Affara N., Aken B., Beiki H., Bickhart D.M., Billis K., Chow W., et al. (2020) An improved pig reference genome sequence to enable pig genetics and genomics research. Gigascience, vol. 9(6), giaa051. https://doi:10.1093/gigascience/giaa051.
Muller P.Y., Janovjak H., Miserez A.R., Dobbie Z. (2002) Processing of gene expression data generated by quantitative real-time RT-PCR. Biotechniques, vol. 32(6), pp. 1372-1378. PMID: 12074169.
Rebrikov D.V. and Trofimov D.Yu. (2006) Real-Time PCR: A review of approaches to data analysis. Prikl Biokhim Mikrobiol., vol. 42(5), pp. 455-463. PMID: 17066950. (in Russian).
Kralik P., Ricchi M.A (2017) A basic guide to Real Time PCR in microbial diagnostics: definitions, parameters, and everything. Front Microbiol., vol. 8, pp. 108. doi: 10.3389/fmicb.2017.00108.
Rothschild M.F., Ruvinsky A. (2010) The Genetics of the Pig, 2nd Edition. UK: CABI, 496 p. ISBN-13: 978-1-84593-756-0.
Sochorová J., Gálvez F., Matyášek R., Garcia S., Kovařík A. (2021) Analyses of the Updated “Animal rDNA Loci Database” with an Emphasis on Its New Features. International Journal of Molecular Sciences, vol. 22(21), pp. 11403. https://doi.org/10.3390/ijms222111403.
Mellink C.H.M., Bosma A.A., de Haan N.A., Zijlstra C. (1996) Physical localization of 5s rRNA genes in the pig by fluorescence in situ hybridization. Hereditas, vol. 124, pp. 95-97. https://doi: 10.1111/j.1601-5223.1996.00095.x.
