Features of miRNA binding with mRNA of candidate genes of breast cancer subtypes

D. Aisina; R. Niyazova; Sh. Atambayeva; E. Imyanitov; A. Ivashchenko

doi:10.26577/EB-2017-4-1302

Авторлар

D. Aisina әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университетінің Биология және биотехнология мәселелерінің ғылыми-зерттеу институты, Қазақстан Республикасы, Алматы қ.
R. Niyazova әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университетінің Биология және биотехнология мәселелерінің ғылыми-зерттеу институты, Қазақстан Республикасы, Алматы қ.
Sh. Atambayeva әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университетінің Биология және биотехнология мәселелерінің ғылыми-зерттеу институты, Қазақстан Республикасы, Алматы қ.
E. Imyanitov Н.Н. Петров атындағы онкология ұлттық медициналық-зерттеу орталығы, Ресей, Санкт-Петербург қ.
A. Ivashchenko әл-Фараби атындағы Қазақ ұлттық университетінің Биология және биотехнология мәселелерінің ғылыми-зерттеу институты, Қазақстан Республикасы, Алматы қ.

DOI:

https://doi.org/10.26577/EB-2017-4-1302

Кілт сөздер:

miRNA, mRNA, сүт безінің қатерлі ісігінің субтиптері, нысана гендер.

Аңдатпа

miRNA мен олардың нысана гендерінің mRNAның ассоциацияларын анықтау үшін сүт безі қатерлі ісігінің төрт субтиптерінің кандидатты гендерінің mRNA мен miRNAның әрекеттесу сипаттамалары зерттелді. Тriple-negative субтипінің кандидатты гендердің жартысы бірнеше miRNA байланыстыратын сайттары болды. ATM генінің mRNA құрамында miR-5095, miR-619-5p, miR-5096, miR-5585-3p, miR-1273a, miR-1273g-3p үшін жеті байланысу сайттар бар, олардың барлығы 3'UTR-де байланысады. AXL генінің, тирозин киназаның рецепторының mRNAда бес miRNA байланыстыратын сайттары 3'UTR, CDS және 5'UTR-де локализацияланған болған. Бес miRNA-ның ішінен CBL протоонкогеннің экспрессиясының тиімді реттеуіне miR-1908-3p қатысуы мүмкін. СЕАСАМ5 генінің mRNA құрамында miR-5095, miR-619-5p, miR-5585-3p жоғары дәрежелі комплементарлығымен байланыстыру сайттары бар. F2RL1, IAPP гендердің mRNAда miR-5095, miR-619-5p, miR-5585-3p, miR-5096 байланыстыру сайттары бар. Маркерлар ретінде алынған мәліметтер негізінде triple-negative субтипінің кандидатты гендердің экспрессиясын miR-5095, miR-619-5p, miR-5585-3р, miR-5096 және miR-1273а, miR-1273е, miR-1273g-3p қатысуымен реттеу қажет. miR-6089 және triple-negative субтиптің RUNX1 мен SFN кандидатты гендерінің mRNA жұптары үшін байланысудың жоғары бос энергиясы анықталды. IL11, MAGEA10 и STMN1 гендердің mRNAда miR-619-5p и miR-1273a, miR-1273d, miR-1273e, miR-1273f байланыстыру сайттар анықталды.

Her2 субтиптің ADAM17, AURKA және BRCA2 кандидаттық гендердің mRNAары miR-619-5p күшті байланыстырады. BRIP1 генінің mRNAнда miR-1285-5p, miR-5095, miR-619-5p, miR-5585-3p, miR-1273a, miR-1273g-3p байланыстыру сайттары бар. CDK6 генінің mRNAнда miR-548 отбасын байланыстыратын сайттары және miR-466 байланыстыратын көптік сайттары бар. CDK6 генінің mRNAнда мұндай байланыстыру сайттарының болуы оның осы miRNA-мен әрекеттесуін бірнеше есе арттырады. Her2 субтиптің ERBB3 кілтті кандидатты гені miR-619-5p-мен жоғары комплементарлықпен байланысады. MAZ генінің mRNA-мен 12 miRNA 5'UTR және CDS-де байланыса алады. А, В luminal субтиптің кандидатты гендерінің mRNAмен байланысады: HMGA2 геннің - бес miRNA, MAPT геннің - алты miRNA, SMAD3 геннің - төрт miRNA, TGFB1 геннің - алты miRNA. TGFB1 және SMAD3 гендерінің mRNAнда сәйкесінше төрт және үш эффективті miR-6089 байланыстыратын сайттары болды. A, B luminal субтиптің кандидатты гендерінің ерекшелігі miR-1273 отбасының және mR-5095, miR-619-5p, miR-5585-3p, miR-5096, miR-1285-5p тобының уникалды miRNA байланысу сайттарының болмауы болып табылады.