Особенности сайтов связывания miRNA с mRNA генов, участвующих в апоптозе. Апоптозға қатысатын miRNA-ның mRNA гендерімен байланысу сайттарының ерекшеліктері

  • D V Zadubenko Национальная нанотехнологическая лаборатория КазНУ им. аль-Фараби,
  • O. A Berillo Национальная нанотехнологическая лаборатория КазНУ им. аль-Фараби,

Аннотация

Проведен поиск сайтов связывания 18 miRNA в mRNA 41 генов участвующих в апоптозе клеток человека.Используя программу MirTarget отобраны сайты связывания со свободной энергии гибридизации miRNA с mRNA равной 90% и более. Установлено, что miR-566, miR-619-5p, miR-1268a, miR-1268b, miR-1273a, miR-1273c, miR-1273d, miR-1273e, miR-1273f, miR-1273g-3p, miR-1273h-5p, miR-1285-3p, miR-1285-5p, miR-1972,miR-5095, miR-5096, miR-5585-3p и miR-5585-5p имеют от 2 до 21 генов-мишеней. Выявлено упорядоченное расположение нескольких групп сайтов связывания. В 2D-структуре mRNA гена SPN установлено расположение упорядоченных групп сайтов связывания в 3'UTR.

Адам клеткаларының апоптозына қатысатын 18 miRNA-ның mRNA 41 гендерімен байланысу сайттарын іздестіру жұмыстары жүргізілді. MirTarget бағдарламасын пайдалана отырып miRNA-ның mRNA-мен гибридизацияның бос энергиясы 90% жəне одан жоғары болатын байланысу сайттары іріктеліп алынды. miR-566, miR-619-5p, miR-1268a, miR-1268b, miR-1273a, miR-1273c, miR-1273d, miR-1273e, miR-1273f, miR-1273g-3p, miR-1273h-5p, miR-1285-3p, miR-1285-5p, miR-1972, miR-5095, miR-5096, miR-5585-3p жəне miR-5585-5p-ларының 2-ден 21-ге дейін нысана-гендерінің болатындығы анықталды. Бірнеше байланысу сайттарының кезектесіп орналасу орындары белгілі болды. mRNA-ның SPN генінің екінші реттік құрылымында 3'UTR-де байланысу сайттары топтарының кезектесіп орналасу реттілігі анықталды.

Литература

1 Li CY, Wang Y, Wang HL, Shi Z, An N, Liu YX, et al. Molecular mechanisms of Lycoris aurea agglutinininduced
apoptosis and G2/M cell cycle arrest in human lung adenocarcinoma A549 cells, both in vitro and in vivo //
Cell Prolif. 2013. - Vol. 46. - No. 3. - P. 272-282.

2 Berge EO, Knappskog S, Geisler S, Staalesen V, Pacal M, Børresen-Dale AL, Puntervoll P, Lillehaug JR, Lønning
PE. Identification and characterization of retinoblastoma gene mutations disturbing apoptosis in human breast cancers
// Mol Cancer. 2010. - Vol. 9. - P. 173.

3 Chen, Kevin; Rajewsky, Nikolaus. The evolution of gene regulation by transcription factors and microRNAs //
Nature Reviews Genetics 2007. - Vol. 8. - No. 2. - P. 93–103.

4 Bartel DP. MicroRNAs: target recognition and regulatory functions // Cell 2009. 136. - Vol. 2. - No. P. 215–233.

5 Blondal T, Jensby Nielsen S, Baker A, Andreasen D, Mouritzen P, Wrang Teilum M, Dahlsveen IK. Assessing
sample and miRNA profile quality in serum and plasma or other biofluids // Methods. 2013. - Vol. 59. - No. 1. – P.1-6.

6 Guan P, Yin Z, Li X, Wu W, Zhou B. Meta-analysis of human lung cancer microRNA expression profiling studies
comparing cancer tissues with normal tissues // J Exp Clin Cancer Res. 2012. - Vol. 6. - No. 31 – P. 54.

7 Sun Y, Wang M, Lin G, Sun S, Li X, Qi J, Li J. Serum microRNA-155 as a potential biomarker to track disease in
breast cancer // PLoS One. 2012. - 7. - No. 10 – P. e47003.

8 Jang JS, Simon VA, Feddersen RM, Rakhshan F, Schultz DA, Zschunke MA, Lingle WL, Kolbert CP, Jen
J.Quantitative miRNA expression analysis using fluidigm microfluidics dynamic arrays // BMC Genomics. 2011. -Vol. 9. - No. 12. – P. 144.

9 Kool E.T. Hydrogen bonding, base stacking, and steric effects in DNA replication // Annu. Rev. Biophys. Biomol.Struct. 2001. - Vol. 30. - P. 1-22.

10 Leontis N.B., Stombaugh J., Westhof E. The non-Watson–Crick base pairs and their associated isostericity
matrices // Nucleic Acids Res. 2002. - Vol. 30. - No. 16. - P. 3497-3531.
Как цитировать
ZADUBENKO, D V; BERILLO, O. A. Особенности сайтов связывания miRNA с mRNA генов, участвующих в апоптозе. Апоптозға қатысатын miRNA-ның mRNA гендерімен байланысу сайттарының ерекшеліктері. Вестник КазНУ. Серия биологическая, [S.l.], v. 59, n. 3/1, p. 262-265, apr. 2015. ISSN 2617-7498. Доступно на: <https://bb.kaznu.kz/index.php/biology/article/view/759>. Дата доступа: 18 jan. 2021
Раздел
Физико-химическая биология и нанотехнологии

Ключевые слова

mRNA; miRNA; сайты связывания; апоптоз.mRNA; miRNA;байланысу сайттары; апоптоз

Наиболее читаемые статьи этого автора (авторов)

Особенность: этот модуль требует, что бы был включен хотя бы один модуль статистики/отчетов. Если ваши модули статистики возвращают больше одной метрики, то пожалуйста также выберите главную метрику на странице настроек сайта администратором и/или на страницах настройки управляющего журналом.