ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ГЕНА RBCL РАСТЕНИЙ РОДА AEGOPODIUM L.
DOI:
https://doi.org/10.26577/eb.2023.v97.i4.08Ключевые слова:
rbcL, Aegopodium L., Aegopodiumalpestre Ledeb., выделение ДНК, филогенетический анализАннотация
При многих заболеваниях лекарственные растения используются в лечении с древних времен. Актуальность исследований лекарственных растений растет день ото дня. Это связано с тем, что эффект лекарственных растений выше и действует шадяще химические препараты. В данное время имеются очень много исследований эффекты лекарственных растений и доказываются что они действует щадящее чем химические препараты. В этой связи генетическое таксономическое определение будет более эффективным, чем морфологическая идентификация лекарственных растений. Благодаря науке биоинформатики растет возможности идентифицировать ген, выделенные из растений, выравнивая с генами в базе данных и проводить филогенетический анализ. В нашей работе была выделена ДНК из листьев Aegopodium alpestre Ledeb., провели секвенирование гена rbcL, и провели филогенетический анализ с целью определения родства с Aegopodium L., а также с представителями семейства зонтичных. Исследование показало, что растение Aegopodium alpestre Ledeb. по последовательностям гена rbcL ближе к роду Aegopodium L в отличие от других представителей семейства зонтичных. Однако между ними не наблюдалось очень сильного сходства.
Библиографические ссылки
Abdel-Latif, A., Osman, G. Comparison of three genomic DNA extraction methods to obtain high DNA quality from maize. Plant Methods 13, 1 (2017). https://doi.org/10.1186/s13007-016-0152-4
«Aegopodium L.» Plants of the World Online. Royal Botanic Gardens, Kew. Retrieved 2022-12-16.
AlmiraZada, Puspasri S. Susanto, Raden L7 Putri, et al. DNA-FFPE isolation methods and performances of PCR kits// Cell MolBiol (Noisy le Grand) 2018, Volume 64, Issue 13
Andreas Kolter and Birgit Gemeinholzer. 2021. Plant DNA barcoding necessitates marker-specific efforts to establish more comprehensive reference databases. Genome. 64(3): 265-298. https://doi.org/10.1139/gen-2019-0198
Arslan M, Tezcan, Camcı H, Avcı MK. Effect of DNA Concentration on Band Intensity and Resolution in AgaroseGel Electrophoresis. Van Sag BilDerg 2021, 14, (3) 326-333. https://dergipark.org.tr/en/download/article-file/1874337
CBOL Plant Working Group. 2009. A DNA barcode for land plants. PNAS106(31): 12794-12797.DOI: 10.1073/pnas.0905845106
Che J, Chen H-M, Yang J-X, Jin J-Q, Jiang K, Yuan Z-Y, Murphy R W and Zhang Y-P 2012 Universal COI primers for DNA barcoding amphibians: UNIVERSAL COI PRIMERS FOR DNA BARCODING AMPHIBIANS Molecular Ecology Resources 12 247–58.
de Boer H, Rydmark MO, Verstraete B, Gravendeel B (2022) Molecular identification of plants: from sequence to species. Advanced Books. https://doi.org/10.3897/ab.e98875
Geary, J. and Bubela, T., 2019. Governance of a global genetic resource commons for non-commercial research: A case-study of the DNA barcode commons. The Commons Journal, 13(1), p.205-243.DOI: https://doi.org/10.18352/ijc.859
Gupta N. DNA Extraction and Polymerase Chain Reaction. J Cytol. 2019 Apr-Jun;36(2):116-117. doi: 10.4103/JOC.JOC_110_18. PMID: 30992648; PMCID: PMC6425773.
Grudzinskaya L.M., Gemedzhieva N.G., Nelina N.V., Karzhaubekova ZH.ZH.Annotated list of medicinal plants of Kazakhstan. – Almaty, 2014. – 200 p.
Gutteridge A and Burns M 2013 The Application of DNA Molecular Approaches for the Identification of Herbal Medicinal Products Journal of the Association of Public Analysts
Huang X.C., Ci X.Q., Conran J.G., Li J. Application of DNA barcodes in Asian tropical trees—A case study from xishuangbanna nature reserve, Southwest China. PLoSОNE. 2015;10:e0129295. doi: 10.1371/journal.pone.0129295.
Jianli Wang et al. Screening of universal DNA barcodes for identifying grass species of Gramineae// Front. Plant Sci., 2022 Sec. Plant Bioinformatics. Volum 13https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2022.998863/full
Kang, Y., Deng, Z., Zang, R. et al. DNA barcoding analysis and phylogenetic relationships of tree species in tropical cloud forests. Sci Rep 7, 12564 (2017). https://doi.org/10.1038/s41598-017-13057-0
Liu J, Shi L, Han J, Li G, Lu H, Hou J, Zhou X, Meng F, Downie SR. Identification of species in the angiosperm family Apiaceae using DNA barcodes. MolEcolResour. 2014 Nov;14(6):1231-8. doi: 10.1111/1755-0998.12262. Epub 2014 May 14. PMID: 24739357.
Mahima K, Sunil Kumar KN, Rakhesh KV, Rajeswaran PS, Sharma A, Sathishkumar R. Advancements and future prospective of DNA barcodes in the herbal drug industry. Front Pharmacol. 2022 Oct 21;13:947512. doi: 10.3389/fphar.2022.947512. PMID: 36339543; PMCID: PMC9635000.
Manhart JR. Phylogenetic analysis of green plant rbcL sequences. Mol Phylogenet Evol. 1994 Jun;3(2):114-27. doi: 10.1006/mpev.1994.1014. PMID: 8075831.
Marghali S, Zitouna N, Gharbi M, Fadhlaoui I, Trifi-Farah N. Evolution of rbcL among Lathyrus and Kupicha's classification. Genet Mol Res. 2014 Oct 27;13(4):8729-39. doi: 10.4238/2014.October.27.14. PMID: 25366764.
Nigmatullina N.V., Kuluev A.R., Kuluev B.R.Molecular markers used to determine the genetic diversity and video identification of wild plants// Biomika, 2018. – Vol. 10, No. 3. – pp. 290-318.
Samuel Kwawukume, Frank J. Velez, David Williams, Leqi Cui, Prashant Singh, Rapid PCR-lateral flow assay for the onsite detection of Atlantic white shrimp, Food Chemistry: Molecular Sciences,Volume 6,2023, 100164, ISSN 2666-5662,https://doi.org/10.1016/j.fochms.2023.100164.
Savolainen V, Chase MW, Hoot SB, Morton CM, Soltis DE, Bayer C, Fay MF, de Bruijn AY, Sullivan S, Qiu YL. Phylogenetics of flowering plants based on combined analysis of plastid atpB and rbcL gene sequences. Syst Biol. 2000 Jun;49(2):306-62. doi: 10.1093/sysbio/49.2.306. PMID: 12118410.
Schenk JJ, Becklund LE, Carey SJ, Fabre PP. What is the "modified" CTAB protocol? Characterizing modifications to the CTAB DNA extraction protocol. Appl Plant Sci. 2023 Jun 2;11(3):e11517. doi: 10.1002/aps3.11517. PMID: 37342162; PMCID: PMC10278931.
StevanusPharmawati M. 2021. Biodiversity and phylogenetic analyses using DNA barcoding rbcL gene of seagrass from Sekotong, West Lombok,Indonesia. Biodiversitas, Volum 22, /1, P: 50-57
W.John Kress. Plant DNA baecodes: Applications today and in the future// Journal of Systematics and evolution, 2017 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/jse.12254
