Features of the binding sites of miRNAs with the mRNA of genes involved in apoptosis

Abstract

Проведен поиск сайтов связывания 18 miRNA в mRNA 41 генов участвующих в апоптозе клеток человека.Используя программу MirTarget отобраны сайты связывания со свободной энергии гибридизации miRNA с mRNA равной 90% и более. Установлено, что miR-566, miR-619-5p, miR-1268a, miR-1268b, miR-1273a, miR-1273c, miR-1273d, miR-1273e, miR-1273f, miR-1273g-3p, miR-1273h-5p, miR-1285-3p, miR-1285-5p, miR-1972,miR-5095, miR-5096, miR-5585-3p и miR-5585-5p имеют от 2 до 21 генов-мишеней. Выявлено упорядоченное расположение нескольких групп сайтов связывания. В 2D-структуре mRNA гена SPN установлено расположение упорядоченных групп сайтов связывания в 3'UTR. Адам клеткаларының апоптозына қатысатын 18 miRNA-ның mRNA 41 гендерімен байланысу сайттарын іздестіру жұмыстары жүргізілді. MirTarget бағдарламасын пайдалана отырып miRNA-ның mRNA-мен гибридизацияның бос энергиясы 90% жəне одан жоғары болатын байланысу сайттары іріктеліп алынды. miR-566, miR-619-5p, miR-1268a, miR-1268b, miR-1273a, miR-1273c, miR-1273d, miR-1273e, miR-1273f, miR-1273g-3p, miR-1273h-5p, miR-1285-3p, miR-1285-5p, miR-1972, miR-5095, miR-5096, miR-5585-3p жəне miR-5585-5p-ларының 2-ден 21-ге дейін нысана-гендерінің болатындығы анықталды. Бірнеше байланысу сайттарының кезектесіп орналасу орындары белгілі болды. mRNA-ның SPN генінің екінші реттік құрылымында 3'UTR-де байланысу сайттары топтарының кезектесіп орналасу реттілігі анықталды.