Features of bindings of miRNA with genes of MYB family transcription factors of B. taurus, E. caballus, O. aries

М. О. Мyrzabekova; R. Ye. Niyazova; А. Т. Ivashchenko

doi:10.26577/eb-2019-4-b3

Авторы

М. О. Мyrzabekova Казахский национальный университет имени аль-Фараби, г. Алматы, Казахстан
R. Ye. Niyazova Казахский национальный университет имени аль-Фараби, г. Алматы, Казахстан
А. Т. Ivashchenko Казахский национальный университет имени аль-Фараби, г. Алматы, Казахстан

DOI:

https://doi.org/10.26577/eb-2019-4-b3

Аннотация

Транскрипционные факторы (ТФ) являются важнейшими белками в регуляции экспрессии генов и в целом геномов. Семейство транскрипционных факторов семейства MYB у животных мало изучено и требуется выяснение их свойств. В последние годы активно изучается влияние miRNA на экспрессию генов, поскольку степень влияния miRNA на экспрессию оказывается ключевой и определяет дифференцировку, пролиферацию, клеточный цикл, апоптоз и другие важнейшие биологические процессы. Используемая программа MirTarget позволяет с высокой эффективностью предсказывать характеристики связывания miRNA с mRNA и благодаря ей можно получить высоко достоверные свойства miRNA при связывании с mRNA генов транскрипционных факторов семейства MYB. В работе установлены характеристики связывания известных в настоящее время miRNA с mRNA генов транскрипционных факторов семейства MYB Bos taurus, Equus caballus, Ovis aries. Было выявлено, что только 13 miRNA имели сaйты связывaния с величиной ΔG/ΔGm более 87% в mRNA генов ТФ B. taurus. mRNA генов DNAJC2, MYB, MIER2, MYBL1 и MYBL2 имели только по одному сайту связывания для разных miRNA. mRNA гена NCOR1 имела сайты связывания для трех miRNA которые расположены через несколько сотен нуклеотидов в CDS. Ген RCOR1 был мишенью пяти miRNA которые имели 14 сайтов связывания. Сайты связывания miR-2885, miR-11976 и miR-11975 располагались с наложением нуклеотидных последовательностей в кластере mRNA с 147 нт по 168 нт. Эти же miRNA имели пять сайтов связывания во втором кластере с 177 нт по 216 нт. Третий кластер сайтов связывания miR-2305, miR-11976 и miR-11975 локализован с 222 нт по 256 нт. Для E. caballus нами установлены сайты связывания 15 miRNA с mRNA десяти генов семейства MYB. На mRNA генов MIER1, MYBL2, RCOR2, RCOR3, SMARCA5, SMARCC2 и TERF2 действуют по одной miRNA. Для O. aries нами установлены сайты связывания десяти miRNA с mRNA восьми генов семейства MYB. С mRNA генов CDC5L, MIER1, MYSM1, RCOR1, RCOR2, RCOR3 и SMARCA1 связывается по одной miRNA с отношением ∆G/∆Gm от 86% до 89%.