B. taurus, E. caballus, O. aries MYB транскрипциялық факторларының miRNA мен байланысу ерекшеліктері

Аңдатпа

Транскрипция факторлары (TФ) - жалпы гендік және геномдардың реттелуіндегі ең маңызды белоктар болып табылады. Жануарлардағы MYB транскрипциялық факторлар жанұясы аз зерттелген және олардың қасиеттерін анықтау қажет. Соңғы жылдары miRNA-ның гендік реттелуге әсері белсенді түрде зерттеледі, себебі miRNA-ның экспрессияға әсер ету дәрежесі маңызды болып табылады және дифференцирлеу, пролиферация, жасуша циклі, апоптоз және басқа маңызды биологиялық процестерді айқындайды. MirTarget бағдарламасы mRNA-ның miRNA-мен байланыс сипаттамаларын жоғары тиімділігімен болжауға мүмкіндік береді, соның арқасында MYB жанұя транскрипциялық факторларының mRNA гендеріне байланыстыру арқылы miRNA-ның  қасиеттерін алуға болады. Жұмыста қазіргі күні белгілі miRNA мен Bos taurus, Equus caballus, Ovis aries MYB транскрипциялық факторлар mRNA гендерінің байланысу сипаттамалары орнатылған. B. taurus mRNA TФ гендерінің тек 13 miRNA ΔG/ΔGm мәнімен 87% астам байланысы бар аймақтары бар екені анықталды. mRNA гендері: DNAJC2, MYB, MIER2, MYBL1 және MYBL2 әр-түрлі miRNA үшін тек ғана бір байланысқа ие болды. mRNA NCOR1 генінде CDS-те бірнеше жүздеген нуклеотидтерден кейін орналасқан үш miRNA үшін байланысу сайттары болды. RCOR1 гені 14 байланысу сайттары бар бес miRNA-ның межесі болды. miR -2885, miR-11976 және miR-11975 байланысу аймақтары mRNA кластерінде нуклеотидті тізбектердің суперпозициясымен 147 нт-тан 168 нт-ға дейін орналасты. Бұл miRNA-ларда екінші кластерде 177-ден 216-ға дейін болатын бес байланыстыру аймақтары болды. miR-2305, miR-11976 және miR-11975 байланыстыру аймақтарының үшінші кластері 222-ден 256-ға дейін оқшауланған. E. caballus үшін MYB жанұясының он mRNA генінің 15 miRNA үшін байланыстыру орындары орнатылды. mRNA гендері MIER1, MYBL2, RCOR2, RCOR3, SMARCA5, SMARCC2 және TERF2 бір miRNA-дан әрекет етеді. O. aries үшін MYB жанұясының сегіз mRNA генінің он miRNA үшін байланыстыру сайттары орнатылды. mRNA CDC5L, MIER1, MYSM1, RCOR1, RCOR2, RCOR3 және SMARCA1 гендері ΔG/ΔGm қатынасы 86%-дан 89%-ға дейін бір miRNA арқылы байланысады.

Кілтті сөздер: miRNA, ген, MYB, B. taurus, E. caballus, O. aries.