Связывание microRNA c mRNA генов рост-регулирующих транскрипционных факторов некоторых сельскохозяйственных растений. Кейбір ауылшаруашылық өсімдіктердің өсуін реттейтін транскрипциялық факторлар гендердің mRNA мен microRNA байланысуы
Ключевые слова:
miRNA, mRNA, транскрипционный фактор, растения. miRNA, транскрипциялық фактор, өсімдіктерАннотация
Установлено связывание семейства miR396 с mRNA рост регулирующих транскрипционных факторов (GRF) Glycine max, Medicágo truncatula, Solánum lycopérsicum, Sorghum bicolor и Vítis vinifera. Определены сайты связывания miR396 с mRNA, вычислена свободная энергия их взаимодействия, составлены схемы связывания нуклеотидов miR396 с mRNA. В mRNA генов GRF всех изученных растений сайты связывания находятся в белок-кодирующей части и кодируют олигопептиды RSRKPVE или RSRKHVE. Полученные данные свидетельствуют, что экспрессия генов GRF в разных растениях регулируется с помощью семейства miR396. Glycine max, Medicágo truncatula, Solánum lycopérsicum, Sorghum bicolor жəне Vítis vinifera өсімдіктердің өсуін реттейтін транскрипциялық факторлар гендердің mRNA мен miR396 тұқымдасымен байланысуы анықталды. miR396 жəне mRNA-мен байланысу сайттары анықталды, олардың əрекеттесуінің бос қуаты есептелінді, нуклеотидтердің байланысу сызбанұсқасы құрастырылған. Зерттелген өсімдіктердің GRF гендердің mRNA-ында байланысу сайттары белок-кодтайтын бөлігінде орналасқан жəне RSRKPVE немесе RSRKHVE олигопептидтерді кодтайды. Қорыта айтқанда, əр түрлі өсімдіктерде GRF гендердің экспрессиясы miR396 тұқымдасы арқылы реттелінедіБиблиографические ссылки
1. Ding Y., Tao Y., Zhu C. Emerging roles of microRNAs in the mediation of drought stress response in plants // J.Exp. Bot. – 2013. doi: 10.1093/jxb/ert164
2. Hauser F., Chen W., Deinlein U., Chang K., Ossowski S., Fitz J., Hannon G..J., Schroeder J.I. A
genomic-scale artificial microRNA library as a tool to investigate the functionally redundant gene space in Arabidopsis
// Plant Cell . - 2013. - V.25. - P. 2848-2863.
3. Hwang D-G, Park J.H., Lim J.Y., Kim D., Choi Y., et al. The hot pepper (Capsicum annuum) microRNA
transcriptome reveals novel and conserved targets: a foundation for understanding microRNA functional roles in hot
pepper // PLoS ONE. – 2013. - V. 8, N.5. doi:10.1371/journal.pone.00642
4. Hwang E.-W., Shin S.-J., Kwon H.-B. Identification of microRNAs and their putative targets that respond to drought
stress in Solanum tuberosum // J. Korean Soc. Appl. Biol. Chem. – 2011. - V. 54. - P. 317-324.
5. Xia R., Zhu H., An Y.-G., Beers E.P., Liu Z. Apple miRNAs and tasiRNAs with novel regulatory networks //Genome Biology. – 2012. - V. 13. - P. 47-51
6. Haga N., Kato K., Murase M., Araki S., Kubo M., Demura T., Suzuki K., Muller I., Voss U., Jurgens G. et al. //
R1R2R3-Myb proteins positively regulate cytokinesis through activation of KNOLLE transcription in Arabidopsis
thaliana. Development - 2007. - V.134. - P.1101-1110.
7. Horiguchi G., Kim G. T. and Tsukaya H. The transcription factor AtGRF5 and the transcription coactivator AN3
regulate cell proliferation in leaf primordia of Arabidopsis thaliana // Plant J. - 2005. - V. 43. - P. 68-78.
8. Kim J. H. and Lee B. H. Growth-regulating factor 4 of Arabidopsis thaliana is required for development of leaves,
cotyledons, and shoot apical meristem // J. Plant Biol. - 2006. - V. 49. - P.463-468.
9. Kim J. H., Choi D., Kende H. The AtGRF family of putative transcription factors is involved in leaf and cotyledon
growth in Arabidopsis // Plant J. - 2003. - V. 36. - P. 94-104.
10. Kim J. H. and Kende H. A transcriptional coactivator, AtGIF1, is involved in regulating leaf growth and
morphology in Arabidopsis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2004. - V.101. - P. 13374-13379.
11. Rodriguez R.E., Mecchia M.A., Debernardi J.M., Schommer C., Weigel D., Palatnik J.F. Control of cell
proliferation in Arabidopsis thaliana by microRNA miR396 // Development. - 2010. - V. 137. - P. 103-12
.
12. Liu D., Song Y., Chen Z. and Yu D. Ectopic expression of miR396 suppresses GRF target gene expression and
alters leaf growth in Arabidopsis // Physiol. Plant. - 2009. - V. 136. - P. 223-236.
13. Minorsky P.V. Syncytium formation by cyst nematodes: involvement of a microRNA // Plant Physiology. -
2012. - V. 159. - P. 1-2.
2. Hauser F., Chen W., Deinlein U., Chang K., Ossowski S., Fitz J., Hannon G..J., Schroeder J.I. A
genomic-scale artificial microRNA library as a tool to investigate the functionally redundant gene space in Arabidopsis
// Plant Cell . - 2013. - V.25. - P. 2848-2863.
3. Hwang D-G, Park J.H., Lim J.Y., Kim D., Choi Y., et al. The hot pepper (Capsicum annuum) microRNA
transcriptome reveals novel and conserved targets: a foundation for understanding microRNA functional roles in hot
pepper // PLoS ONE. – 2013. - V. 8, N.5. doi:10.1371/journal.pone.00642
4. Hwang E.-W., Shin S.-J., Kwon H.-B. Identification of microRNAs and their putative targets that respond to drought
stress in Solanum tuberosum // J. Korean Soc. Appl. Biol. Chem. – 2011. - V. 54. - P. 317-324.
5. Xia R., Zhu H., An Y.-G., Beers E.P., Liu Z. Apple miRNAs and tasiRNAs with novel regulatory networks //Genome Biology. – 2012. - V. 13. - P. 47-51
6. Haga N., Kato K., Murase M., Araki S., Kubo M., Demura T., Suzuki K., Muller I., Voss U., Jurgens G. et al. //
R1R2R3-Myb proteins positively regulate cytokinesis through activation of KNOLLE transcription in Arabidopsis
thaliana. Development - 2007. - V.134. - P.1101-1110.
7. Horiguchi G., Kim G. T. and Tsukaya H. The transcription factor AtGRF5 and the transcription coactivator AN3
regulate cell proliferation in leaf primordia of Arabidopsis thaliana // Plant J. - 2005. - V. 43. - P. 68-78.
8. Kim J. H. and Lee B. H. Growth-regulating factor 4 of Arabidopsis thaliana is required for development of leaves,
cotyledons, and shoot apical meristem // J. Plant Biol. - 2006. - V. 49. - P.463-468.
9. Kim J. H., Choi D., Kende H. The AtGRF family of putative transcription factors is involved in leaf and cotyledon
growth in Arabidopsis // Plant J. - 2003. - V. 36. - P. 94-104.
10. Kim J. H. and Kende H. A transcriptional coactivator, AtGIF1, is involved in regulating leaf growth and
morphology in Arabidopsis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2004. - V.101. - P. 13374-13379.
11. Rodriguez R.E., Mecchia M.A., Debernardi J.M., Schommer C., Weigel D., Palatnik J.F. Control of cell
proliferation in Arabidopsis thaliana by microRNA miR396 // Development. - 2010. - V. 137. - P. 103-12
.
12. Liu D., Song Y., Chen Z. and Yu D. Ectopic expression of miR396 suppresses GRF target gene expression and
alters leaf growth in Arabidopsis // Physiol. Plant. - 2009. - V. 136. - P. 223-236.
13. Minorsky P.V. Syncytium formation by cyst nematodes: involvement of a microRNA // Plant Physiology. -
2012. - V. 159. - P. 1-2.
Загрузки
Выпуск
Раздел
Физико-химическая биология и нанотехнологии
