Использование методов современной метагеномики в оценке микробиоты почв Западно-Казахстанской области. Батыс Қазақстан облысы топырақтарының микробиота жағдайын бағалауда заманауи метагеномика әдістерін қолдану
87 84
Ключевые слова:
микробиома, почвенные микроорганизмы, ПЦР, секвенирование, таксономия, тип почвы, ДНК, агроэкология, мониторинг, молекулярная биология. микробиома, топырақ микрорганизмдері, ПТР, секвенирлеу, таксономиялық, топырақ типтері, ДНҚ, мониторинг.Аннотация
В данной статье приведена методика по оценке микробиома почв с применением методов современной ме- тагеномики. Описан метод очистки почвенной ДНК с использованием сорбции на очищенном кремнии. Вы- явлены данные по оптимизации условий ПЦР и подбору праймеров. Для оценки метагенома почвы составлена ампликонная библиотека и проведен ее первичный анализ. Выявлены наиболее преобладающие филы в данных образцах почв. Мақалада заманауи метагеномика әдістерін колдану арқылы топырақ микробиомасын бағалау әдістері келтірілген. Тазаланған кремний негізіндегі сорбция қолдану арқылы топырақ ДНҚ тазалау әдісі көрсетілген.Топырақ метагеномын бағалау үшін ампликондық библиотека жасақталып оның алғашқы талдауы өткiзiлген, ПТР жағдайларын оңтайландыру және праймерлер таңдау бойынша мәліметтер алынған. Топырақ сынамаларындағы басым филдар анықталды.Библиографические ссылки
1 Acinas, S.G. PCR-induced sequence artifacts and bias: insights from comparison of two 16S rRNA clone libraries
constructed from the same sample [Text] / R. Sarma-Rupavtarm, V. Klepac-Ceraj // Appl. Environ. Microbiol. – 2005. –V.12, № 71. – P. 8966 – 8969. – ISSN 1098-5336.
2 Bartram, A.K. Generation of Multimillion-Sequence 16S rRNA Gene Libraries from Complex Microbial Communities
by Assembling Paired-End Illumina Reads [Text] / M.D. Lynch, J.C. Stearns // Appl Environ Microbiol. – 2011.
– V.11, № 77. – P. 3846 – 3852. – ISSN 1098-5336.
3 Brajesh, K. Singh, Soil genomics [Text] / Colin D. Campbell, Soren J. Sorenson et al. // Nature Reviews Microbiology
– 2009. – V.7 – P. 756. – ISSN 1740-1526.
4 Gerlach, W. WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled
metagenomic reads [Text] / S. Jünemann, F. Tille // BMC Bioinformatics. – 2009. – V.10. – P.430. – ISSN 1471-2105.
5 Warnecke, F. Metagenomic and functional analysis of hindgut microbiota of a wood-feeding higher termite [Text]
/ P. Luginbühl, N. Ivanova // Nature. – 2007. – V.450. – P. 560 – 565. – ISSN 0028-0836.
constructed from the same sample [Text] / R. Sarma-Rupavtarm, V. Klepac-Ceraj // Appl. Environ. Microbiol. – 2005. –V.12, № 71. – P. 8966 – 8969. – ISSN 1098-5336.
2 Bartram, A.K. Generation of Multimillion-Sequence 16S rRNA Gene Libraries from Complex Microbial Communities
by Assembling Paired-End Illumina Reads [Text] / M.D. Lynch, J.C. Stearns // Appl Environ Microbiol. – 2011.
– V.11, № 77. – P. 3846 – 3852. – ISSN 1098-5336.
3 Brajesh, K. Singh, Soil genomics [Text] / Colin D. Campbell, Soren J. Sorenson et al. // Nature Reviews Microbiology
– 2009. – V.7 – P. 756. – ISSN 1740-1526.
4 Gerlach, W. WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled
metagenomic reads [Text] / S. Jünemann, F. Tille // BMC Bioinformatics. – 2009. – V.10. – P.430. – ISSN 1471-2105.
5 Warnecke, F. Metagenomic and functional analysis of hindgut microbiota of a wood-feeding higher termite [Text]
/ P. Luginbühl, N. Ivanova // Nature. – 2007. – V.450. – P. 560 – 565. – ISSN 0028-0836.
Загрузки
Как цитировать
Sergaliev, N. H., Andronov, E. E., Pinaev, A. G., Kakishev, M. G., & Zaharyan, R. A. (2015). Использование методов современной метагеномики в оценке микробиоты почв Западно-Казахстанской области. Батыс Қазақстан облысы топырақтарының микробиота жағдайын бағалауда заманауи метагеномика әдістерін қолдану. Вестник КазНУ. Серия биологическая, 57(1), 133–138. извлечено от https://bb.kaznu.kz/index.php/biology/article/view/223
Выпуск
Раздел
МИКРОБИОЛОГИЯ
