ӘУЛИЕКӨЛ ТҰҚЫМЫНЫҢ ГЕНЕТИКАЛЫҚ ӘРТҮРЛІЛІГІН SNP-МАРКЕРЛЕРДІ ҚОЛДАНА ОТЫРЫП БАҒАЛАУ

Б.О.  Бекманов; Т.Н. Карымсаков; П.Ж.  Сайлаубек; К.Ж.  Досыбаев; Қ. Ерғали; M.A.  Тореханов; Т. Қапасұлы; А. Қожахмет; А.  Тапелов; З.  Бектасов

doi:10.26577/bb107220266

Автор(и)

Б.О. Бекманов ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан https://orcid.org/0000-0002-2232-0481 (неавтентифікований)
Т.Н. Карымсаков Қазақ мал шаруашылығы және жемшөп өндірісі ғылыми зерттеу институты, Алматы, Қазақстан https://orcid.org/0000-0003-4398-8840 (неавтентифікований)
П.Ж. Сайлаубек Қазақ мал шаруашылығы және жемшөп өндірісі ғылыми зерттеу институты, Алматы, Қазақстан https://orcid.org/0000-0001-7852-1402 (неавтентифікований)
К.Ж. Досыбаев ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан https://orcid.org/0000-0003-1136-833X (неавтентифікований)
Қ. Ерғали ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан https://orcid.org/0000-0002-3581-2418 (неавтентифікований)
M.A. Тореханов ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан https://orcid.org/0000-0002-8632-8175 (неавтентифікований)
Т. Қапасұлы ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан https://orcid.org/0000-0002-6698-7894 (неавтентифікований)
А. Қожахмет ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан https://orcid.org/0000-0001-7872-4752 (неавтентифікований)
А. Тапелов ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан https://orcid.org/0009-0005-2431-9467 (неавтентифікований)
З. Бектасов ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан https://orcid.org/0009-0000-0165-5584 (неавтентифікований)

DOI:

https://doi.org/10.26577/bb107220266

Ключові слова:

Әулиекөл тұқымы, SNP-талдау, РСА, ADMIXTURE, IBD.

Анотація

Бұл зерттеуде Қостанай облысы Әулиекөл ауданы «Тимофеев-Агро» шаруашылығынан алынған 308 бас Әулиекөл ірі қара популяциясының генетикалық құрылымы BovineSNP50 микрочипінің негізінде алынған мәліметтер арқылы талданды. Сапалық бақылаудан кейінгі талдауда 22,865 аутосомалық SNP болды және үлгілердің орташа генотиптеу тазалығы 0.99947 мәнін құрады. Популяциялық құрылымды бағалау мақсатында негізгі компоненттерге талдау (PCA), ADMIXTURE және identity-by-descent (IBD) негізіндегі генетикалық ұқсастық зерттеулері жүргізілді. PCA нәтижелері үлгілердің басым бөлігінің орталық аймақта шоғырланып, айқын популяциялық стратификацияның жоқ болатындығын көрсетті, ал жекелеген үлгілердің орталық кластерден салыстырмалы түрде алшақ орналасуы популяция ішіндегі генетикалық вариацияның бар екенін аңғартты. IBD талдауы нәтижесінде алынған генетикалық ұқсастық қатнастары популяцияның тұтастығын және үлгілер арасындағы генетикалық жақындықтың үздіксіз сипатын көрсетті. ADMIXTURE талдауы (K=2-5) зерттелген популяцияда бір негізгі ата-тектік компоненттің басым болатындығын, ал қосымша компоненттердің әртүрлі пропорцияда көрінуі дербес субпопуляцияның болмайтындығын көрсетті. PCA, ADMIXTURE және IBD нәтижелері бірін-бірі толықтыра отырып, Әулиекөл ірі қара популяциясының генетикалық құрылымы біртекті екенін, айқын субпопуляциялық бөлінудің жоқтығын және популяция ішіндегі генетикалық әртүрліліктің табиғи деңгейде екенін көрсетті. Алынған нәтижелер бұл популяцияның әрі қарай геномдық зерттеулер мен селекциялық бағдарламалар үшін сенімді генетикалық негізге ие екенін айғақтайды.

Біографії авторів

автор Б.О. Бекманов, афіліація ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан

Бекманов Бақытжан Орақбайұлы (автор корреспондент) - б.ғ.к., профессор, Жетекші ғылыми қызметкер, ҚР ҒЖБМ ҒК «Генетика және физиология институты (Алматы қ., Қазақстан, e-mail: bobekman@rambler.ru).
автор Т.Н. Карымсаков, афіліація Қазақ мал шаруашылығы және жемшөп өндірісі ғылыми зерттеу институты, Алматы, Қазақстан

Карымсаков Талгат Николаевич - а.-ш.ғ.д., қауымдастырылған профессор, Басқарма төрағасының ғылым жөніндегі орынбасары, Қазақ мал шаруашылығы және жемшөп өндірісі ғылыми зерттеу институты, (Алматы қ., Қазақстан, e-mail: kartalgat@mail.ru)
автор П.Ж. Сайлаубек, афіліація Қазақ мал шаруашылығы және жемшөп өндірісі ғылыми зерттеу институты, Алматы, Қазақстан

Сайлаубек Пернебек Жеңісбекұлы - PhD-доктор, Ірі қара мал шаруашылығы секторының меңгерушісі, Қазақ мал шаруашылығы және жемшөп өндірісі ғылыми зерттеу институты, (Алматы қ., Қазақстан, e-mail: kazakh_93_bbn@mail.ru)
автор К.Ж. Досыбаев, афіліація ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан

Досыбаев Қайрат Жумагалиевич - PhD-доктор, Биоинформатика және биостатистика зертханасының меңгерушісі, ҚР ҒЖБМ ҒК «Генетика және физиология институты, (Алматы қ., Қазақстан, e-mail: doskairat1987.11@gmail.com)
автор Қ. Ерғали, афіліація ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан

Ерғали Қанағат - магистр, Кіші ғылыми қызметкер, молекулалық генетика зертханасы, ҚР ҒЖБМ ҒК «Генетика және физиология институты (Алматы қ., Қазақстан, e-mail: ergaly.qanagat@gmail.com)
автор M.A. Тореханов, афіліація ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан

Төреханов Мерей Әдепханұлы - PhD-доктор, Аға ғылыми қызметкер, экспериментальды мутагенез зертханасы, ҚР ҒЖБМ ҒК «Генетика және физиология институты (Алматы қ., Қазақстан, e-mail: merei_torehanov@mail.ru)
автор Т. Қапасұлы, афіліація ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан

Қапасұлы Тілек - магистр, Ғылыми қызметкер, Биоинформатика және биостатистика зертханасы, ҚР ҒЖБМ ҒК «Генетика және физиология институты, (Алматы қ., Қазақстан, e-mail: tilek.kapas@mail.ru).
автор А. Қожахмет, афіліація ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан

Қожахмет Алтынай - PhD-докторант, Кіші ғылыми қызметкер, Биоинформатика және биостатистика зертханасы, ҚР ҒЖБМ ҒК «Генетика және физиология институты (Алматы қ., Қазақстан, e-mail: altynaitg@gmail.com)
автор А. Тапелов, афіліація ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан

Тапелов Айдар - аға лаборант, Биоинформатика және биостатистика зертханасы, ҚР ҒЖБМ ҒК «Генетика және физиология институты, (Алматы қ., Қазақстан, e-mail: tapelov.aidar@gmail.com)
автор З. Бектасов, афіліація ҚР ҒЖБМ ҒК Генетика және физиология институты, Алматы, Қазақстан

Бектасов Зұлқарнай - аға лаборант, Биоинформатика және биостатистика зертханасы, ҚР ҒЖБМ ҒК «Генетика және физиология институты, (Алматы қ., Қазақстан, e-mail: bekhtasov2004@mail.ru)