Идентификация генетических маркеров лекарственной устойчивости на основе полных геномов клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis

U. A. Kozhamkulov; U. E. Kairov; S. E. Rakhimova; D. A. Yerezhepov; A. Zh. Akhmetova; A. B. Molkenov; A. Utyubayev; A. R. Akilzhanova

Автор(и)

U. A. Kozhamkulov Назарбаев Университет, Частное учреждение «National Laboratory Astana», Республика Казахстан, г. Астана
U. E. Kairov Назарбаев Университет, Частное учреждение «National Laboratory Astana», Республика Казахстан, г. Астана
S. E. Rakhimova Назарбаев Университет, Частное учреждение «National Laboratory Astana», Республика Казахстан, г. Астана
D. A. Yerezhepov Назарбаев Университет, Частное учреждение «National Laboratory Astana», Республика Казахстан, г. Астана
A. Zh. Akhmetova Назарбаев Университет, Частное учреждение «National Laboratory Astana», Республика Казахстан, г. Астана
A. B. Molkenov Назарбаев Университет, Частное учреждение «National Laboratory Astana», Республика Казахстан, г. Астана
A. Utyubayev Назарбаев Университет, Частное учреждение «National Laboratory Astana», Республика Казахстан, г. Астана
A. R. Akilzhanova Назарбаев Университет, Частное учреждение «National Laboratory Astana», Республика Казахстан, г. Астана

Ключові слова:

туберкулез, микобактерии туберкулеза, ДНК, полногеномное секвенирование, лекарственная устойчивость, мутации,

Анотація

Проведено полногеномное секвенирование 20 клинических изолятов M. tuberculosis с использованием современных методов и инструментов секвенирования нового поколения. Большинство изученных изолятов M. tuberculosis (18) относятся к семейству Beijing (происхождение восточно-азиатское East Asian), только два изолята показали принадлежность к семействам Т (происхождение евро-американское Euro-American) и MANU-1 (индо-океанское Indo-Oceanic). Изучены генетические маркеры для диагностики лекарственно-устойчивых форм туберкулеза (MDR и XDR штаммы M. tuberculosis). Проведен анализ генетических локусов клинических изолятов M. tuberculosis определяющих устойчивость к противотуберкулезным лекарственным препаратам из числа найденных геномных вариантов, а также соответствующие гены. Обнаружено от 13 до 30 генетических локусов с геномными вариантами среди полногеномных данных 20 изолятов M. tuberculosis. Найдены геномные варианты в четырех генах PE_PGRS24, PPE24, PPE5, PE_PGRS56, кодирующие белки семейства РЕ/РРЕ и являющихся уникальными и представленными только для вида Mycobacterium, которые характерны только для MDR и XDR клинических изолятов. Белки данного семейства могут играть роль факторов вирулентности и способствовать успешному инфицированию.