УНИВЕРСАЛЬНЫЕ ПРАЙМЕРЫ И ФЛУОРЕСЦЕНТНЫЙ ЗОНД ВЫЯВЛЯЮТ РЕФЕРЕНТНЫЙ ГЕН 18S рРНК У ВСЕХ ПОЗВОНОЧНЫХ (Experimental biology, 2022)
Аннотация. Детекция генов-мишеней с помощью тест-систем на основе ПЦР-в-Реальном-Времени требует одновременного обнаружения гена внутреннего контроля, чтобы избежать ложноотрицательных результатов. Гены эндогенного внутреннего контроля (референсные гены) имеют преимущество перед экзогенным внутренним контролем (ВК), поскольку они являются частью клеточной хромосомной ДНК организма. Однако референсные гены имеют и недостаток, поскольку они различаются для каждого биологического вида, что приводит к дополнительной разработке праймеров и флуоресцентных зондов для каждого отдельного биологического вида, что требует времени и средств. В последние годы значительное количество исследований посвящено разработке универсальных наборов праймеров/зондов, способных обнаруживать референсный ген в широком круге биологических объектов – целого класса или даже живого царства. Такие универсальные наборы праймеров/зондов ведут к унификации тестов на основе ПЦР-в-Реальном-Времени, используемых в диагностических целях. В данной работе представлен такой набор для определения референсного гена 18S рРНК у видов, входящих в подтип Vertebrata. В ходе исследования с помощью разработанного набора в образцах ДНК млекопитающих, завропсид, амфибий и костных рыб ген 18S рРНК детектировался со 100%-ной специфичностью. Этот набор был также исследован в различных мультиплексных реакциях ПЦР-в-Реальном-Времени – специфичность и чувствительность набор сохранял вплоть до увеличения числа мишеней до четырёх в тесте (тетраплекс).
Keywords: ПЦР-в-Реальном-Времени; 18S рРНК; референсный ген; позвоночные; ген внутреннего контроля