Предсказывание сайтов связывания miRNA В CDS mRNA генов имеющих тринуклеотидные повторы (Experimental biology, 2019)
В изучении болезней и физиологии человека функция miRNA расширяется, однако роль miRNA при нарушениях, связанных с нуклеотидными повторами, остается неопределенной. Нарушения нуклеотидных повторов представляют собой группу доминантно наследуемых неврологических заболеваний, которые неизлечимы и в конечном итоге приводят к летальному исходу. Следовательно, необходимо выявить, какие гены-кандидаты заболеваний, связанных с нуклеотидными повторами и в какой степени могут взаимодействовать с miRNA. В связи с этим, мы представляем результаты по предполагаемым взаимодействиям 2567 miRNA с mRNA 102 генов-кандидатов, имеющих нуклеотидные повторы, полученные с использованием программы MirTarget. Показаны сайты связывания miRNA в mRNA CDS 36 генов из 102 генов-кандидатов с нуклеотидными повторами. Среди miRNA, связывающихся с высокой энергией взаимодействия с генами, имеющих нуклеотидные повторы, мы выбрали пять miRNA, которые имеют сайты связывания для двух или более генов: miR-3656 (ARX, EP400, HTT, NCOR2); miR-3960 (ARX, CACNA1I, HTT); miR-1322 (ATN, EP400, GIGYF2, HTT, NCOR2); miR-1281 (CACNA1I, HRC, HTT); miR-4279 (CACNA1I, NCOR2). Установлено, что рассматриваемые сайты связывания miRNA расположены в основном в областях, имеющих повторы CAG, GCG, GAG. Известно, что неврологические расстройства вызваны повышенным количеством повторов CAG, GCG, GAG, обычно в кодирующих областях других неродственных белков. Лучшее понимание специфичности взаимодействия miRNA и генов обещает более детально рассмотреть патогенные пути нарушений экспансии тринуклеотидных повторов.Ключевые слова: miRNA, mRNA, кодирующая последовательность, сайт связывания, тринуклеотидный повтор.