Идентификация генетических маркеров лекарственной устойчивости на основе полных геномов клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis

U. A. Kozhamkulov; U. E. Kairov; S. E. Rakhimova; D. A. Yerezhepov; A. Zh. Akhmetova; A. B. Molkenov; A. Utyubayev; A. R. Akilzhanova

Авторлар

U. A. Kozhamkulov Назарбаев Университеті, "National Laboratory Astana" жеке мекемесі, Қазақстан Республикасы, Астана қаласы
U. E. Kairov Назарбаев Университеті, "National Laboratory Astana" жеке мекемесі, Қазақстан Республикасы, Астана қаласы
S. E. Rakhimova Назарбаев Университеті, "National Laboratory Astana" жеке мекемесі, Қазақстан Республикасы, Астана қаласы
D. A. Yerezhepov Назарбаев Университеті, "National Laboratory Astana" жеке мекемесі, Қазақстан Республикасы, Астана қаласы
A. Zh. Akhmetova Назарбаев Университеті, "National Laboratory Astana" жеке мекемесі, Қазақстан Республикасы, Астана қаласы
A. B. Molkenov Назарбаев Университеті, "National Laboratory Astana" жеке мекемесі, Қазақстан Республикасы, Астана қаласы
A. Utyubayev Назарбаев Университеті, "National Laboratory Astana" жеке мекемесі, Қазақстан Республикасы, Астана қаласы
A. R. Akilzhanova Назарбаев Университеті, "National Laboratory Astana" жеке мекемесі, Қазақстан Республикасы, Астана қаласы

Кілт сөздер:

туберкулез, туберкулез микобактериялары, ДНҚ, толықгеномдық секвенирлеу, дәрілік төзімділік, мутациялар,

Аңдатпа

Жаңа буынды секвенирлеудің заманауи әдістері мен құралдары көмегімен M. tuberculosis бактериясының 20 клиникалық изоляттарының толықгеномды секвенирленуі іске асырылды. Зерттелген үлгілердің көбісі (18) Beijing туыстастығына (шығу тегі шығыс азиялық), ал тек екі үлгі сәйкесінше Т (шығу тегі евро америкалық) мен MANU-1 (шығу тегі үнді-мухиттық) туыстастықтарына жатады. Дәрмектерге төзімді туберкулез формаларын (M. Tuberculosis-тің MDR мен XDR штамдары) диагностикалаудың генетикалық маркерлері зерттелді. Анықталған геномдық варианттар негізінде M. tuberculosis-тің клиникалық изоляттарының туберкулезге қарсы қолданылатын дәрілік препараттарға төзімділікті анықтайтын генетикалық локустары талданды және жауапты гендері анықталды. M. tuberculosis-тің 20 изоляттарының толықгеномдық мәліметтерінің негізінде геномдық варианттары бар 13-тен 30-ға дейін генетикалық локустар анықталды. РЕ/РРЕ туыстастығының белоктарын кодтайтын және бактериялардың Mycobacterium түріне ғана тән болатын PE_PGRS24, PPE24, PPE5, PE_PGRS56 гендерінің геномдық варианттары біз секвенирленген үлгілердің MDR және XDR клиникалық изоляттарына тән екені табылды. Осы туыстастықтың белоктары вируленттілік факторлары ретінде қарастырыла алады және сәтті инфекциялаудың себепкері бола алады.