АССОЦИАЦИИ miRNA И mRNA ГЕНОВ, УЧАСТВУЮЩИХ В РАЗВИТИИ НЕМЕЛКОКЛЕТОЧНОГО РАКА ЛЕГКИХ / - Niyazova, R. Y.; Atambayeva, Sh. A.; Pyrkova, A. Y.; Ivashchenko, A. T. (Experimental biology, 2016)
Адам өкпесінің ұсақ емес жасушалы обырдың түрлі субтиптерінің дамуына қатысатын гендердің mRNA-мен miRNA-дың байланысуы зерттелген. Гендердің mRNA-мен miRNA-дың байланысу сайттарын жоғары анықтықпен көрсететін компьютерлік бағдарлама зертханада өңделді. Бағдарлама ΔG/ΔGm қатынасты, анықтық мәнін, microRNA сайттың 5’-транслирленбейтін учаскіде (5’UTR), белок-кодтайтын бөлігінде (СDS) немесе 3’-транслирленбейтін учаскіде (3’UTR) орналасуын анықтайды. miRNA-ның нысана гендерін MirTarget бағдарлама бойынша іздестірдік. Жалпақжасушалы және іріжасушалы карциноманың дамуына қатысатын гендердің базалары құрастырылған. Осы гендердің mRNA-мен эффективті байланысатын miRNA-лар анықталған. Өкпенің жалпақжасушалы обыры кезінде жоғары және төмен экспрессиялайтын гендердің mRNA-мен miRNA-дың арнайы ассоциациялары анықталған. Ассоциацияларға қатысатын mRNA-мен miRNA-дың ең жоғары нысана гендердің саны келесі уникалды miRNA-лар үшін анықталған: miR-1273g-3p, miR-1273h-5p, miR-1273f, miR-1322, miR-1285-5p, miR-619-5p. miRNA-дың онкогенезге қатысатын гендер экспрессиясына әсер ету бойынша алынған нәтижелер ұсақ емес жасушалы обырдың субтиптерін ерте диагностикалау әдістерін өндеу үшін негіз болып келеді. Изучено связывание miRNA с mRNA генов, участвующих в развитии различных субтипов немелкоклеточного рака легких человека. Разработана компьютерная программа предсказывающая с высокой достоверностью сайты связывания miRNA с mRNA генов. Программа рассчитывает отношение ΔG/ΔGm, значение достоверности, определяет область расположения сайта microRNA в 5’-нетранслируемом участке (5’UTR), белок-кодирующей части (СDS) или 3’-нетранслируемом участке (3’UTR). Поиск генов-мишеней для miRNA проводили по программе MirTarget. Созданы базы генов, участвующих в развитии плоскоклеточного рака и крупноклеточной карциномы. Выявлены miRNA эффективно связывающиеся с mRNA этих генов мишеней. Установлены специфические ассоциации miRNA с mRNA генов повышенно и пониженно экспрессирующихся при плоскоклеточном раке легких. Среди участвующих в ассоциациях miRNA с mRNA наибольшее число генов мишеней установлено для уникальных miRNA: miR-1273g-3p, miR-1273h-5p, miR-1273f, miR-1322, miR-1285-5p, miR-619-5p. Полученные результаты влияния miRNA на экспрессию генов, участвующих в онкогенезе, служат основой разработки методов ранней диагностики субтипов немелкоклеточного рака легких.